«С-13» ушла в море в первых числах сентября. На ее борту находился командир дивизиона Е. Г. Юнаков, приложивший тоже немало сил, чтобы подготовить корабль к походам.
Сказалось тщательное изучение опыта предшественников: Маланченко понадобилось всего только трое суток на форсирование залива. Обогнув остров Гогланд с севера, лодка вышла на его западный плес и здесь произвела зарядку аккумуляторов.
В последующие дни лодка то и дело подвергалась атакам вражеских противолодочных кораблей, но благополучно отрывалась от преследования. Без особых трудностей был совершен переход в Аландское море, а затем через пролив Южный Кваркен в Ботнический залив. Штаб бригады получил ценнейшие разведданные об этом районе, о котором раньше у нас не было никаких сведений.
В южной части Ботнического залива лодка атаковала крупный транспорт. По-видимому, судно везло боеприпасы: над местом его гибели еще долго вырывались из воды облака огня. В ту же ночь на 12 сентября от метко пущенной советскими подводниками торпеды разломился и затонул второй транспорт. Третье вражеское судно — большой лесовоз с полным грузом — лодка уничтожила огнем артиллерии 18 сентября.
«С-13» пробыла в Ботническом заливе до 11 октября. Гитлеровцев так напугали действия советских подводников, что они перегородили пролив Южный Кваркен, на охрану которого раньше и внимания не обращали, пятью линиями минных заграждений, подтянули сюда часть своих сил из Финского залива. Уже одно это можно было считать блестящим успехом экипажа «С-13».
Правда, с 22 сентября она уже не одна действовала в Ботнике. По соседству с ней появилась подводная лодка «С-9».
Обратный путь был трудным. Взбудораженный противник держал под постоянным наблюдением все фарватеры и проходы, которыми могли воспользоваться паши подводные лодки.
Ночью 15 октября «С-13» на западном гогландском плесе всплыла для зарядки аккумуляторной батареи. Здесь на нее напали вражеские корабли. Лодка быстро ушла под воду, но это не спасло ее от бомбежки. Поврежденная, она на глубине шестидесяти пяти метров ударилась о скалистый грунт и лишилась хода. Вражеские корабли еще долго бомбили ее, затем удалились.
Не всплывая с грунта, подводники устранили многие повреждения, полученные кораблем. Только с одним ничего не могли поделать: от близкого взрыва сгорел электромотор и оборвался вал привода вертикального руля. С огромным трудом удалось поставить руль в нейтральное положение. Дальше шли, управляясь главными электромоторами. Несмотря на все трудности, П. П. Маланченко сумел довести лодку до Лавенсари. К этому времени в аккумуляторах оставалось так мало энергии, что лампочки в отсеках едва светились.
Тем временем подводная лодка «С-9», форсировавшая Финский залив за рекордный срок — всего за сорок шесть часов, «охотилась» в Ботническом заливе. Первого успеха экипаж, возглавляемый капитан-лейтенантом А. И. Мыльниковым, добился 27 сентября. После полудня неподалеку от маяка Норшер подводники обнаружили четыре транспорта в охранении четырех сторожевых кораблей. Транспорты двигались строем уступа, то есть не в кильватерной колонне (друг за другом), как бывало чаще всего, а каждый следующий транспорт шел позади и несколько в стороне от своего впереди идущего соседа. Мыльников решил атаковать самый крупный из них, водоизмещением в десять — двенадцать тысяч тонн. В момент залпа лодка попала под таран другого транспорта. К счастью, киль вражеского судна только чуть коснулся корпуса лодки, отчего ее сильно тряхнуло. Одна из торпед попала в цель. Мыльников отошел от места атаки и поднял перископ. Было хорошо видно, как тонул транспорт, изрыгая клубы пара и черного дыма.
На следующий день лодка атаковала крупный танкер. Торпеда не попала. Тогда командир приказал всплыть. Сорок минут длилась погоня за удиравшим на всех парах судном. Когда дистанция сократилась до двух кабельтовов, лодка открыла огонь из стомиллиметрового орудия. Первые же снаряды разорвались в районе машинного отделения, и танкер заметно сбавил ход. Вскоре на нем загорелись надстройки. Команда спешно покинула судно, пересев на шлюпки. И, надо сказать, вовремя, ибо через некоторое время пылающий танкер взорвался и затонул.
