Академию Р.Ш. Закиров окончил с отличием, получил назначение на должность заместителя командира полка в город Каган Туркестанского военного округа. Полк был базой подготовки летчиков для отправки в Афганистан. Воевать в Афганистане Закирову не пришлось, его участие в боевых действиях выразилось в выполнении отдельных задач. Вскоре он был назначен заместителем командира полка в ГДР, а в марте 1985 года стал командиром полка.
В 1998 году Рафаиль Шакурович возвратился на родину и был назначен командиром отдельного исследовательского инструкторского полка в Центре боевого применения и переучивания летного состава армейской авиации. Через год его назначили заместителем начальника центра по летнометодической и учебной работе, а еще через полгода перевели в Управление командующего армейской авиацией.
…В 90-е годы в стране была начата организация спасательной службы. Создавая такую службу, Сергей Шойгу ставил цель сделать ее высокомобильной и эффективной, для этого он планировал создать «чрезвычайную» авиацию. Единственную в стране структуру, которая соединила бы технические возможности авиационной и спасательной техники, могла экстренно реагировать на чрезвычайные ситуации в любых регионах страны и мира. Министр в первую очередь стремился подобрать команду единомышленников, профессионалов, способных справиться с самой сложной задачей, оказать помощь людям в любых условиях. Нужен был человек, который смог бы возглавить работу по созданию авиации МЧС. Таким человеком и стал военный летчик Рафаиль Закиров.
В 1991–1992 годах на Кавказе разразилась настоящая гражданская война. Для урегулирования военного конфликта была образована государственная комиссия, С.К. Шойгу назначили ее руководителем. Рафаилю Закирову как представителю Генштаба часто приходилось летать в Южную Осетию, тут он и познакомился с молодым председателем государственной комиссии. Ему импонировали смелость Шойгу в принятии решений, его жизненный принцип личного участия. Закиров, посвятивший четверть века военной службе, к тому времени успел не раз убедиться в том, насколько велико значение личных качеств человека, призванного руководить большим коллективом.
Наверное, в это время Закиров и задумался о возможности работы в команде Шойгу. Вскоре он подал рапорт о переводе из Управления авиации сухопутных войск в МЧС России. Пока решался вопрос перевода, Рафаилю Шакуровичу Закирову пришлось побывать в нескольких горячих точках.
В 1992 году он был командирован в качестве руководителя российской авиации в Камбоджу для работы под эгидой Организации Объединенных Наций. Российские вертолетчики под командованием Закирова выполняли самые ответственные и сложные задачи по эвакуации и перевозке людей, доставке гуманитарных грузов в различные регионы страны. Приходилось выполнять и уникальные операции, которые были не под силу западным специалистам (и западной винтокрылой технике), также выполняющим задания ООН.
Однажды в прибрежные воды океана упал Ми-8 камбоджийской компании: только винты торчали над водой. Нужно было поднять вертолет, но как и чем, вот вопрос! И тогда Закиров предложил использовать для спасения «восьмерки» вертолет Ми-26. Можно представить, насколько технически сложная и трудоемкая предстояла работа. Но огромный Ми-26 успешно справился с порученным делом: сначала он завис над затонувшей машиной, потом медленно, сантиметр за сантиметром, поднял ее из воды.
А на родине Рафаиля Шакуровича ждала радостная весть. За особые заслуги в освоении авиационной техники и многолетнюю безаварийную работу в военной авиации Указом Президента от 18 августа 1992 г. ему было присвоено почетное звание «Заслуженный военный летчик».
Министр ЧС С.К. Шойгу и Р.Ш. Закиров, смотр авиации ведомства, 2008 г.
В 1994 году Рафаиля Закирова снова направляют в горячую точку командовать авиационной группировкой миротворческих сил. На этот раз в Таджикистан, и опять он выступает в роли миротворца и спасателя.
Полковник Закиров пришел в МЧС по убеждению, с огромным желанием использовать свой богатый опыт руководителя для создания чрезвычайной авиации ведомства. Он пришел на работу в министерство, когда шло не только создание структуры авиации, но и формирование самой концепции авиационного обеспечения МЧС России. На долю Закирова пришлось создание органов управления авиацией, летных подразделений. Он смело ставил на всех уровнях вопросы о необходимости перевооружения авиационных частей региональных центров новой авиатехникой.