Успокоенный и умиротворенный этими злодеяниями, Иван Грозный на время (1566–1567 гг.) обуздал свои кровавые аппетиты. Это было связано не только с «усталостью» царя, а в большей степени с благотворным влиянием церковных иерархов, которые хоть и действовали по-разному, но в одном направлении. После смерти Макария митрополичий престол занимал Афанасий — усердный молитвенник, но безвольный пастырь, тем не менее осмелившийся в знак протеста против опричнины самовольно сложить с себя сан первосвященника. Правда, перед московским обществом царь попытался представить уход Афанасия «за немощью велией» или, как бы сейчас сформулировали, «по состоянию здоровья». Тем не менее это был ощутимый и болезненный удар по царскому самолюбию. На освободившееся место царь тут же выдвинул казанского архиепископа Германа. Он даже переселил его в митрополичьи палаты, которые тот через несколько дней вынужден был покинуть, так как при первом же разговоре с Иваном Васильевичем осмелился просить об отмене опричнины.
Этот церковный кризис состоялся как раз накануне Земского собора 1566 года, созывавшегося царем для того, чтобы получить земский приговор о продлении Ливонской войны. Хотя не нужно обольщаться такой «соборностью» — земство собиралось не для совета, Иван Васильевич лишь хотел принудить его раскошелиться на продолжение войны. Так вот, на этом соборе царь и углядел игумена Соловецкого монастыря Филиппа, в миру — Федора Степановича Колычева, представителя могучего боярского рода. Сначала игумен отказался от митрополии, ссылаясь на слабость своих сил. Когда же собор и царь стали настаивать на принятии сана, Филипп высказался откровеннее, потребовав восстановить целостность государства. Тут уже Иван Грозный не намерен был уступать. В итоге нашли компромисс: Филипп не вмешивается в опричнину — «домовый обиход» царя, но в качестве компенсации возвращает себе древнее право ходатайствовать перед царем за опальных. На том и порешили.
Похоже, уже через несколько дней после поставления в митрополиты Филипп воспользовался выговоренным правом. Дело в том, что Земский собор, выдавая деньги на продолжение войны, потребовал взамен отмены опричнины. Челобитную подписали триста человек. Все «подписанты», естественно, тут же оказались в тюрьме. Их ждала серьезная кара, но, благодаря вмешательству Филиппа, они отделались сравнительно легко: только два смертных приговора да пятьдесят человек, отведавших батагов. Остальные по истечении пяти дней ареста были освобождены. Правда, кое-кто из них потом как бы по служебной надобности был выслан из Москвы, тем не менее все нашли это решение беспрецедентно мягким. Было бы логично предположить, что арест трехсот участников собора и «уламывание» Филиппа взаимосвязаны между собой. Арестованные являлись как бы заложниками у царя, их судьба была в его руках, а тут поставлением Филиппа решалось сразу несколько проблем: церковь получает достойнейшего митрополита, земство «скидывается» на войну, митрополит с первых своих шагов получает ореол защитника страждущих, а над всем этим витает грозный самодержец.
Целый год между Иваном Грозным и митрополитом царили мир и согласие, пока не возникла угроза обострения русско-литовских отношений. Король знал, что царь готовит новое наступление, поэтому решил ослабить русское войско. Многие бояре и дворяне стали получать от короля и его вельмож письма с предложением оставить царскую службу и отъехать в Литву. Кто-то об этих грамотах доложил Ивану Васильевичу, а кто-то нет. Но уже одно только получение подобных писем накладывало тень подозрения на адресата: «Если получил такое предложение, значит, дал повод надеяться, что можешь изменить». Началось следствие, однако розыск не дал убедительных доказательств измены бояр, поэтому царь решил реализовать решение Земского собора и провести крупномасштабную операцию в Ливонии. В начале ноября 1567 года Иван Васильевич с войском стоял на ливонской границе, намереваясь овладеть Ригой и Вильной, но что-то заставило его спешно покинуть военный лагерь и возвратиться в Москву. Московская версия — плохая погода, бездорожье, отставание артиллерии; западная версия — раскрытие нового боярского заговора. Якобы бояре сговорились схватить Ивана Грозного и передать его польскому королю, спешившему со своим войском им навстречу. Источники даже указывают, что царским доносчиком оказался не кто другой, как сам Владимир Андреевич Старицкий, в пользу которого этот заговор и составлялся.
