В декабре того же года царь с царевичем Иваном Ивановичем и опричным войском выступил из Александровской слободы. Первой жертвой этого похода стал Клин, с жителями которого «кромешная орда» поступала хуже, чем иноземные захватчики. Кровавая полоса погрома с горами трупов и факелами пожаров протянулась через Городню до самой Твери. Бывший митрополит Филипп, находившийся в Отроч-монастыре, за отказ благословить поход на Новгород был задушен Малютой Скуратовым. Ограбление Твери началось с духовенства и закончилось мелкими торговцами и ремесленниками, преимущественно из числа тех, кто или подружился, или породнился с пленными инородцами. Все, что нельзя было взять с собой, уничтожалось. Человеческая жизнь не ставилась ни в грош. Убивали без вины, походя, в забаву и в развлечение. Все ливонские и крымские пленники, как содержавшиеся в тюрьмах, так и проживавшие во дворах местного населения, были умерщвлены. Та же судьба ожидала и всех путников, попадавшихся на пути движения опричного войска. Убивали только для того, чтобы поход этот оставался тайной для других областей Руси. Участь Твери разделили Медное, Торжок, Вышний Волочек и все населенные пункты до Ильменя.
Второго января 1570 года передовой отряд опричников вошел в Новгород, предварительно выставив вокруг него крепкие заставы, чтобы никто не мог спастись бегством. Все церкви и монастыри, все дома именитых горожан были опечатаны. Подозревая, что основная крамола кроется в первую очередь среди священнослужителей, о чем и доносил волынец Петр, царь обложил двадцатирублевым штрафом каждого иерея и монаха. Тех, кто не мог заплатить, ставили на правеж. Но этого показалось мало. Все приказные, все богатые купцы и промышленники были взяты под арест. Город в ужасе затаился. Седьмого января все священники и монахи, не заплатившие штраф, были зверски умерщвлены и развезены по монастырям для погребения. На следующий день царь прибыл в город, выслушал литургию в Софийском соборе, после чего пошел в архиепископские палаты, где во время обеда по его приказу был схвачен новгородский архипастырь с чиновниками и слугами. Церковную казну, посуду, иконы, книги, богатое убранство — все забрали в царскую казну.
На Городище открылся суд над мнимыми изменниками, растянувшийся на пять недель. Ежедневно перед неправыми судьями, царем Иваном и его сыном, представали до тысячи новгородцев, которых били, мучили, жгли, привязывали к лошадям за ноги или за голову и волокли в Волхов. Казнили целыми семьями. Грудных детей привязывали к матерям и сталкивали под лед. Выплывавших добивали баграми и секирами.
В разных источниках мы встречаем разные данные о количестве жертв новгородского погрома: 60 тысяч в Псковской летописи, 27 тысяч у опричника Иоанна Таубе и 1,5 тысячи в поминальнике самого Ивана Грозного. Истина, надо полагать, лежит где-то посередине. Псковский летописец писал по слухам, а царь мог посчитать за жертвы лишь именитых новгородцев без жен, детей, слуг и работников. Так что 10–20 тысяч — цифра вполне реальная.
Двенадцатого февраля, оставив князя Петра Пронского наместником и воеводой Новгорода, царь двинулся в сторону Пскова, намереваясь и там учинить подобное. А в Александровскую слободу отправился огромный обоз с награбленным имуществом и арестованными новгородцами, подозреваемыми в измене. Среди них находился и архиепископ Пимен, так усердствовавший на суде против Филиппа. О масштабе разграбления Новгорода свидетельствуют признания одного из немецких опричников, Генриха фон Штадтена: «Я был с великим князем (в новгородском походе) с одним конем и двумя слугами… Я возвращался в мое имение с сорока девятью конями, из которых двадцать два были запряжены в сани с добром». Неплохая добыча. После такой «отеческой заботы» Новгород опустел, его торговля пришла в упадок, как и знаменитые ранее ремесла.
Пскову повезло, если можно так сказать. «Намаявшегося» в Новгороде царя совместными усилиями мудрого наместника князя Юрия Токмакова, юродивого Салоса и покорного верноподданного населения удалось умилостивить. Как дар были восприняты адресные ограбления богатых псковитян да монастырских касс.
