К этому времени капитан 2-го ранга Л.Хоменко, спасая людей и подводную лодку, выбросил ее на песчаный берег бухты в районе мыса Гранитного. Боцману было приказано приступить к снятию съемного листа, предусмотренного для загрузки аккумуляторной батареи над 2-м отсеком. Когда его отодвинули, резко пахнуло хлором: в отсеке стояла вода, но вверху, под съемным листом, сантиметров на 30 образовалась воздушная подушка, где и скопился хлор. В этой ситуации не было никаких шансов выжить. В отсек спустились водолазы. Веревками стали вытаскивать погибших и, заворачивая в одеяла, класть их на палубе в носу лодки. У тех из них, кто имел на голове седые волосы, от хлора они стали розовыми. Капитана 1-го ранга Л.Сучкова и капитана 1-го ранга А.Логинова из ракетного управления ТОФ обнаружили у заблокированных переборок. Первого – у дверей, ведущих в 3-й отсек, второго – у дверей в 1-й. Они, очевидно, встали там на тот случай, если у кого-то во 2-м отсеке сдадут нервы и будет предпринята попытка в надежде на спасение отдраить переборку в соседний отсек. К аварийной подводной лодке подошли несколько буксиров и кораблей, спасатели. Прибыли представители особого отдела КГБ СССР. Срочно составлялись и уточнялись списки всех оставшихся в живых подводников.
Из показаний И.Марченко, бывшего капитана БМРТ «Академик Берг»: «…13 июня 1973 года в 21 час. 30 мин. НПС «Академик Берг» снялся с якоря в Находке в рейс и пошел на выход из залива Америка. Подводной лодки на острых курсовых углах видно не было (пару раз какая-то цель мелькнула по экрану РЛС и все, больше не появлялась).
Наблюдая визуально ходовые огни, мы думали, что идет катер, тем более что подводную лодку и катер по ходовым огням практически не отличишь. В 00 часов на вахту заступил 2-й помощник С.Куксенко. Тогда же видимость ухудшилась до 1–1,5 мили. В 00 часов 05 минут видимость уже ухудшилась до 0,5 мили. Я покинул мостик и пошел сначала в штурманскую рубку, а затем к себе в каюту переодеться. В этот момент и произошло столкновение. Часы показывали 01 час. 00 минут… Я тотчас выскочил на мостик. Лодка тащила, разворачивая, за собой наше судно (у нее водоизмещение раза в 3 больше нашего). После этого я сразу же принял управление судном на себя. Здесь же в горячке чуть было не ударил 2-го помощника. Дело в том, что, когда я покинул мостик, он для проверки района на предмет выявления наличия косяков рыбы на 20 градусов самостоятельно изменил курс и не поставил меня об этом в известность. Вскоре после столкновения лодка исчезла из нашего поля зрения, и мы, было, подумали, что она затонула. Потом получили сообщение о ее местонахождении, и пошли к ней…».
Из показаний командира подводной лодки капитана 2-го ранга Л.Хоменко:
«…14.06.73 г. 00.00. Видимость полная, работает РЛС, наблюдение повышено. 00.30. Выключили РЛС. Включили поисковый приемник и в течение 20 минут ничего не наблюдали, кроме крейсера, шедшего слева. Видимость полная, штиль, ветер 1 балл.
00.30. Слева начал находить туман. Поворотный был ясно виден.00.30. По согласованию с контр-адмиралом Кругликовым, находившимся на крейсере «Владивосток», капитан 1-го ранга Сучков дал распоряжение старпому капитану 2-го ранга Петрову следовать самостоятельно, но командиру лодки об этом доложено не было. На этот момент на лодке уже имелось предупреждение с крейсера о встречном судне. 00.55. Включен поисковый радиолокационный приемник. До его выключения, кроме работы РЛС на крейсере, работу других РЛС не обнаружили. 00.56. По часам командира на лодке начали подачу туманных сигналов. 00.56. Командир подводной лодки услышал, что лодка стала отрабатывать задний ход. 00.58. РЛС лодки начала работать на обзор…».
В отношении действий старшего помощника командира С-56 В.Петрова капитан 2-го ранга Л.Хоменко показал, что старпом вместо того, чтобы повернуть вправо и дать турбинами ход назад, замешкался в кризисный момент с выяснением обстановки, в результате чего упустил драгоценное время, а затем принял неверное решение. (Впоследствии старший помощник
В.Петров, по имеющимся свидетельствам, сокрушался, что сам не может понять, как в той ситуации из нескольких возможных команд выбрал самую неприемлемую). Это была уже последняя, роковая ошибка. До этого, как показало расследование причин трагического инцидента, было невыполнение Международных Правил по Предупреждению Столкновений Судов в море (МППСС), которые распространяются и на подводные лодки, идущие в надводном положении, выключенная на 28 минут радиолокационная станция на подводной лодке в тумане, ночью, низкая организация дежурно-вахтенной службы, беспечность. В той ситуации подводная лодка должна была уступить «дорогу», подождать, пока пройдет судно «Академик Берг». В свою очередь на судне, видя, что этого не происходит и лодка продолжает опасно маневрировать по курсу, обязаны были хотя бы застопорить ход и дать предупреждение световыми сигналами. Ничего этого сделано не было. А ссылка капитана судна на то, что их РЛС подводную лодку не обнаружила и они думали, что это катер, выглядит, по меньшей мере, неубедительно, так как размеры цели «подводная лодка» и «катер» явно несоизмеримы. Беспечность была проявлена и с той, и с другой стороны…