Большие затруднения представил для Золя выбор заглавия для нового произведения. В его бумагах можно найти около шестидесяти названий, которые затем были отвергнуты: «Пробуждение волка», «Хищники», «Те, которые убивают», «Без разума», «Во власти инстинкта», «Страсть к убийству», «Наследственное зло» и др. Одно время Золя думал остановиться на заглавии «Человек, который убил». Только в процессе непосредственной работы над романом он находит удовлетворяющее его название — «Человек-зверь». Весной 1889 года Золя разрабатывает подробный план романа («Набросок»), а летом начинает писать. 5 июня он сообщает Полю Алексису: «Я серьезно принялся за работу, уж окончил первую главу „Человека-зверя“ и атакую вторую. Всего будет двенадцать глав». 27 августа он пишет своему издателю Шарпантье: «Я с остервенением работаю над романом. Закончу его, наверное, к первому декабря… Мне безумно хочется как можно скорее разделаться с „Ругон-Маккарами“. Я испытываю большой творческий подъем, чувствую себя прекрасно, и мне кажется, что я еще все тот же двадцатилетний юноша, готовый, как и раньше, своротить горы».
Весь большой фактический материал, собранный для романа «Человек-зверь», оказался подчиненным главным образом физиологической проблеме. В «Наброске» Золя следующим образом определил окончательный замысел книги: «Прежде всего изучение наследственной преступности у Этьена, затем описание судейских и железнодорожной администрации и, наконец, поэма большой магистрали… Вот три задачи; я хочу, чтобы изучение преступности Этьена играло бы главную роль, стало бы центром всего».
Роман «Человек-зверь» во многом является возвращением к ранним произведениям Золя, к тезису «Экспериментального романа» — «наследственность оказывает определяющее влияние на интеллект и эмоциональную деятельность человека».
Поступки персонажей определяются не сердцем, не разумом, наконец, не бытием, а каким-то «роковым» стремлением к разрушению, насилию, убийству. Все они, начиная с Северины и кончая Кабюшем, примитивные «люди-звери», живущие бессознательно, подчиняясь лишь физиологическим законам. Как и в ранних романах Золя, описание темпераментов, физиологических казусов подменяет, по сути дела, изображение духовной жизни человека. Не случайно сам Золя несколько раз и в письмах и в «Наброске» сопоставляет роман «Человек-зверь» с «Терезой Ракен».
Влиянию наследственности Золя подчиняет характер и судьбу центрального персонажа. Как можно видеть выше, по первоначальному замыслу, героем романа должен был быть Этьен Лантье. «Я могу сделать героем только Этьена Лантье, Этьена из „Жерминаля“», — записывает Золя в «Наброске» и добавляет, что Этьен после подавления забастовки на шахте становится машинистом на железной дороге. Однако характер Этьена Лантье, руководителя забастовки, никак не соответствовал образу человека, носящего в себе патологическую страсть к убийству. Логика развития образа, художественная правда не вместилась в искусственные рамки натуралистической концепции. И в связи с этим Золя решает изменить генеалогическое древо Ругон-Маккаров, опубликованное в 1878 году. Он наделяет Жервезу Маккар еще одним сыном, о котором раньше не было и речи ни в «Карьере Ругонов», ни в «Западне», и вводит в окончательный вариант генеалогического древа (опубликован как приложение к роману «Доктор Паскаль», 1893) новый персонаж — Жака Лантье, перенеся на него первоначальную характеристику Этьена: «Алкоголическая наследственность, приводящая к безумной страсти убийства. Состояние преступности. Машинист».
Жак Лантье — прирожденный преступник, его патологическая страсть роковым образом предопределена, противоречит его робкой и скромной натуре, не зависит ни от воспитания, ни от профессии; он убивает безо всякой причины, повинуясь лишь страшному инстинкту живущего в нем человека-зверя. Такая трактовка привела к упрощению характера: по сути дела психология Жака в романе не раскрыта, так как она подменена патологической физиологией.
Увлекшись биологической темой, Золя тем самым неизбежно обеднил все свое произведение. Изучение жизни железнодорожников давало ему богатейший материал для интересного и глубокого изображения рабочих. Однако по сравнению с «Западней» и «Жерминалем» картина жизни здесь значительно сужена. Маниакальные убийцы (в романе из десяти главных персонажей шесть умирают насильственной смертью, а двоих присуждают к пожизненной каторге) заслонили писателю острейшую социальную проблему его времени — положение рабочего класса. Да и Жак интересует его не как представитель нового класса, а лишь как патологический казус. Во время работы над «Человеком-зверем» Золя получил письмо от одного служащего бельгийской железнодорожной компании, который предлагал ему сведения об условиях жизни и труда железнодорожных рабочих. Автор письма добавлял, что рабочие приняли бы новый роман Золя, рассказывающий правду о злоупотреблениях, несправедливостях и бесправии на железных дорогах, с такой же радостью, с какой шахтеры встретили выход «Жерминаля». Однако Золя не воспользовался этим материалом.