Мысли о возможной навигационной аварии, об изношенности систем и отсутствии дополнительных гарантий безопасности их работы не придавали оптимизма командованию ВМС США и участникам поисковой операции. Лодка должна была прибыть в Норфолк 27 мая 1968 года в 13.00. Последняя радиограмма с ее борта поступила 21 мая - лодка закончила слежение за группой кораблей ВМФ СССР и следует в базу. Командующий подводными силами на Атлантике вице-адмирал Шейд начал проявлять беспокойство уже с 23 мая, когда 589-я не ответила на контрольную радиограмму и молчала в последующие двое суток. Мрачные предчувствия нарастали... В назначенное время лодка не прибыла в Норфолк. В 15.15 "Скорпион" объявляется пропавшей и начинается полномасштабная поисковая операция. Самолеты-разведчики детально исследуют пятидесятимильную полосу по всему предполагаемому маршруту пропавшей лодки. Особое внимание при этом уделяется советским кораблям и самолетам. Вице-адмирал Шейд лично участвует в поисках на борту атомной подводной лодки "Пёрго". В это время Джон Крэйвен был назначен председателем группы научно-технических советников в поисковой операции. Он подчинялся только начальнику штаба ВМС и командующему Атлантическим флотом.
Начальник штаба ВМС США Мурер поручил Крэйвену возглавить аналитическую группу и сделать все возможное, чтобы найти лодку. "Она может быть в любой точке 3000-километрового пути. Проверка записей СОСУС ничего не дала. Сделайте что угодно, если можете", - так ему была сформулирована задача. Действительно, главная надежда была на то, чтобы найти какой-либо след пропажи в записи данных гидроакустических систем наблюдения.
Крэйвен был хорошим аналитиком, и все, в чем он нуждался для начала работы, это хоть какая-либо информация, относящаяся к возможной катастрофе, сколь угодно малая, любая... В данных СОСУС ничего обнаружено не было, надо было искать другие источники. Он связался со специалистами управления военно-морских исследований и от них узнал о наличии постоянно работающего гидрофона научной станции на Канарских островах. "Но с момента последнего сообщения с лодки прошло шесть суток, а обслуживающий персонал должен уничтожать каждые трое суток огромные рулоны бумаги, где самописцами поминутно зафиксированы все шумы в пределах радиуса действия гидрофона", высказали сомнение сотрудники управления. "Мало кто детально выполняет все инструкции", - подумал Крэйвен и немедленно связался с начальником островной станции. И действительно, через два часа поисков были обнаружены записи, которые могли бы помочь найти "Скорпион"! На бумажной ленте самописца были зафиксированы восемь взрывов, или ударов, или чего-то такого, что похоже на взрывы. Ориентировочное место этих взрывов находилось на больших глубинах...
Немедленно были посланы разведывательные самолеты в указанный район, однако следов "Скорпиона" обнаружено не было. Да и место было слишком неточным. Чтобы хоть сколько-нибудь эффективно производить поиск, надо было бы найти еще одну линию положения, и хорошо бы от другого источника. У Крэйвена источников информации больше не было... Но тем не менее вторая линия нашлась! Ее предоставил в группу анализа Уилтон Харди - главный специалист по гидроакустике элитной исследовательской лаборатории ВМС США. Он знал о наличии двух гидрофонов, дислоцированных в районе острова Ньюфаундленд, которые принадлежали ВВС США и были предназначены для фиксирования испытательных ядерных взрывов на советских полигонах. Несмотря на то, что гидрофоны находились на значительном удалении от предполагаемого места катастрофы и между двумя этими точками проходил Северо-Атлантический подводный хребет, акустическая информация о катастрофе "Скорпиона" была зафиксирована! Харди связался с Крэйвеном, записи были проанализированы в совокупности с предыдущими. И вот они - взрывы, точно на пути "Скорпиона". Сначала глухой, но достаточно сильный взрыв. Начало катастрофы? Через 91 секунду пошла уже серия взрывов, казалось более сильных. Первый взрыв мог бросить лодку на глубину, и тогда серия взрывов могла означать гибель ее отсеков от огромного давления. Одного за другим... Первый взрыв, через 4 секунды другой, дальше взрыв через 5 секунд, очередной через 2 секунды, далее через 3 и последний через 7 секунд. Спустя 3 минуты 10 секунд после первого взрыва океан уже был тихим и спокойным...
