Однако значимость этого духовного центра для северного края и стойкий непобедимый дух иноков не могли не вызвать восхищение Петра, который не только полностью простил и восстановил обитель, но и сделал ее важным звеном в Северной войне со Швецией. На рубеже XVII–XVIII вв. на севере страны, под Архангельском, Петр начал строительство флота для войны со Швецией, победа в которой позволила бы России получить свои древние территории на побережье Финского залива. Покровителем русского флота был провозглашен апостол Андрей Первозванный. В честь этого святого на одном из островов Соловецкого архипелага — Большом Заячьем — в 1702 г., перед началом активных действий по взятию Нотебурга, возвели деревянную церковь и произвели освящение флага российского флота.
Именно отсюда 10 первых судов военного флота России отправились к Онежской губе Белого моря, чтобы частично по озерам, частично по проложенным в лесах гатям преодолеть вместе с войсками, кораблями и пушками многокилометровое расстояние до стоявшей у истока Невы крепости Нотебург. Именно со взятия этого старинного русского города-крепости Орешка начинаются первые победы русского флота, и уже через год в устье Невы Петр основывает свою новую столицу Санкт-Петербург.
Однако монастырь все это время живет своей активной жизнью, хотя подобно остальной части страны переживает настоящий духовный кризис при переходе от старинных вольностей к новой упорядоченной европейской жизни, в которой большую часть доходов стали приносить паломничество и развитие рыболовного и других промыслов. Постепенно Соловки превращались из монастыря в настоящую самостоятельную автономию, со своими правилами, экономикой, населением.
На протяжении всего развития Соловкам не раз приходилось выдерживать осады вражеского флота; после шведов стены крепости вновь подверглись серьезному испытанию в середине XIX столетия, когда их пытались штурмом взять англичане. Самое удивительное, что ни один из 1800 снарядов, выпущенных по стенам монастыря, не убил и даже не ранил ни единого человека из бывших в то время в монастыре. Правда, самый последний снаряд угодил прямо в хранившуюся в храме чудотворную икону «Знамение Пресвятой Богородицы», после чего эскадра отступила, убедившись в том, что обычные заряды отступают перед божьим покровительством. После явленного чуда, перед которым оказалась бессильна вся мощь первого в мире флота, слава острова быстро разнеслась по всей России и к Соловкам ринулись богомольцы со всех уголков страны, дабы почтить святое место.
Однако это было не единственное явленное людям чудо святой земли. На протяжении сотен лет на этой омываемой холодными водами Белого моря земле не лилась кровь ни человека, ни зверя. За все время существования монастыря здесь не знали грабежей, убийств, даже хищные звери и птицы обошли эту землю стороной.
Не удивительно, что тихая, но полная лишений жизнь способствовала нравственному совершенствованию и просветлению монахов: за 6 столетий 48 монахов были прославлены как святые, казалось, сама атмосфера располагала к общению с небом.
По подсчетам ученых, в концентрационных лагерях Соловков за неполные 20 лет погибли более 1 млн советских граждан. Выжить удалось единицам, и почти все они не смогли умолчать об ужасах тюремной жизни, невыносимой тяжести работ, пытках и унижениях человеческого достоинства. Одной из первых книг стали мемуары бывшего белого офицера Юрия Бессонова «26 тюрем и побег с Соловков», вышедшие в 1928 г.
И все же соловецкой земле пришлось увидеть не только подвижническую иноческую жизнь, но и пройти через все круги ада концентрационных лагерей Советской России, созданных на Соловках в 1920-х гг. для перевоспитания контрреволюционных элементов. Сюда отправляли белых офицеров и солдат, не согласных с новыми правилами общественного устройства интеллигентов и крестьян. Оторванность от материка и удаленность от центра способствовали процветанию на острове произвола по отношению к узникам, и вскоре некогда святые Соловки стали именовать островом пыток и смерти.
Однако лагеря здесь просуществовали недолго, в конце 1930-х гг. исправительные учреждения были переведены в другие, более удаленные от границ страны районы, а остров превратился сначала в военное поселение, а затем стал понемногу обживаться мирными гражданами. Начиная с 1960-х гг., на острове стали восстанавливать уцелевшие монастырские постройки, и к концу 1960-х гг. Соловки превратились в краеведческий музей-заповедник.