На следующий день после гибели политика демонстрации и манифестации переросли в беспорядки и волнения. В ходе этих беспорядков был убит монсеньор Пальма, секретарь римского папы. Под давлением таких обстоятельств понтифик вынужден был назначить министра, которого желал народ, но другая часть населения тем не менее продолжала требовать роспуска швейцарской гвардии и отставки самого Пия IX. И наконец, 17 ноября гражданская гвардия заняла Святой престол и изгнала швейцарцев. Папа был объявлен арестантом революции. А 24 ноября 1848 года Пий IX, как это ранее случалось с папами Пием VI и Пием VII, вынужден был покинуть Рим и укрыться в портовом городе Гаэта в королевстве Неаполь.
Новое временное правительство решило принять Конституцию, которая объявляла о создании Римской Республики. Конституционная Ассамблея передала всю полноту власти триумвирату, в который вошли Маццини, Карло Армеллини и Аурелио Саффи. А 9 февраля 1849 года был издан декрет, по которому папа объявлялся лишенным всяких прав и власти во Временном правительстве Римского Государства; римский папа получал все гарантии, необходимые для исполнения обязанностей духовного отца; Римское Государство объявлялось демократическим государством, которое должно было принять славное название Римская Республика.
По инициативе Испании в Гаэте была созвана конференция католических держав: Франции, Австрии, Испании и Неаполя. А 3 июля 1849 года французский и испанский генералы Николя Шарль Виктор Удино и Фернандо Фернандес де Кордова-и-Балькарсель высадились, не без помощи агентов Священного Альянса, в Чивиттавекье, прорвали линию римской обороны, которую возглавлял Джузеппе Гарибальди, и взяли Рим. В это же время войска остальных союзных держав заняли остальную территорию папских областей. Пий IX смог возвратиться в Рим 12 апреля 1850 года, но было ясно, что конец правления пап приближается неотвратимо.
Ключевую роль в объединении Италии и прекращении существования папских областей сыграл Камило Бенco, граф де Кавур. Первый министр Пьемонта с 1852 года составил четкий план, основанный на двух простых положениях: Chiesa libera in Stato libero (свободная церковь в свободном государстве) и Рим — столица объединенной Италии.
Виктор Эммануил II Савойский, король Пьемонта, отвоевывал с помощью Гарибальди все новые земли для молодой Италии. Он просил папу дать своим подданным те же права, которыми пользовались граждане Пьемонта, а также согласиться на отпадение некоторых территории, входивших в папские области, например Романьи. По совету кардинала Антонелли Пий IX отклонил эту просьбу. «Я не могу отдать то, что мне не принадлежит», — объяснял он Наполеону III. Кроме того, папа боялся, что светская политика, проводимая правительством Турина, распространится на территорию папских областей.
В энциклике Nullus certi, выпущенной 19 января 1860 года, Пий IX разоблачает «святотатственные покушения на авторитет римской церкви» и требует «возвращения того, что было неправедно отторгнуто (т. е. Романьи)». Энциклика заканчивалась угрозой отлучения от церкви узурпаторов прав Святого престола. К концу 1860 года в распоряжении папы оставалось не более трети его прежних областей.
Одним из первых агентов Священного Альянса, заметившим то непростое равновесие, которое устанавливалось между Францией, Австрией и Пьемонтом, был монсеньор Антонино де Лука. Этому нунцию римского папы сначала в Мюнхене (1853–1856), затем в Вене (1856–1863) суждено было стать одним из наиболее полезных источников информации той эпохи.
Этот сицилийский прелат, обладавший глубокими познаниями в области истории, философии и теологии и прекрасно владевший несколькими языками, был в 1829 году призван в Рим для того, чтобы издавать теологическую газету и консультировать ряд департаментов Римской курии. В 1853 году де Лука был послан в качестве нунция в Баварию, а затем, через три года, в Вену — на самый важный в те годы участок папской дипломатии. Краткий курс дипломатии, который он прошел в Мюнхене, помог ему попасть в столицу Австрии.
Когда в 1859 году британский посол во Франции лорд Коули прибыл в Вену в поисках разрешения военного конфликта между Австрией и Францией, государственный секретарь и ответственный за функционирование папской разведывательной службы кардинал Джакомо Антонелли написал де Луке: «С тех пор как дела итальянские перестали быть вопросом дипломатии, нунций должен принимать на себя труды и более тонкого характера». Так и произошло.
