Однако с началом военных действии английские лодки стали широко использоваться в системе противолодочных дозоров на подходах к портам и базам своего флота, которые в это время являлись основными районами боевых действии «серых волков». Именно такие дозоры сыграли важную роль в противолодочной обороне Англии до конца 1941 года. Помимо того, в первом периоде войны английские субмарины широко использовались на линиях противолодочного патрулирования Исландия — Шотландия и Шотландия — Юго-Западная Норвегия, когда через эти районы проходили пути развертывания германских субмарин для действий в Атлантике, а также для перехода в операционные зоны Бискайского залива и Средиземного моря. Позже, с введением постоянного патрулирования авиации, лодочные дозоры были сняты из опасения понести потери от своих же самолетов.
В ходе военных действий подводные лодки англичан и американцев неоднократно привлекались для прикрытия конвоев и соединений боевых кораблей от ударов «волчьих стай». Иногда подводные лодки включались и в непосредственное охранение конвоев.
Американцы привлекали свои субмарины для борьбы с немецкими и японскими лодками в районе Виргинских островов, в Карибском море и на восточных и западных подходах к Панамскому каналу. Эти действия прекратились в конце 42-го года, когда были организованы воздушные и надводные противолодочные силы и Дениц надолго вынужден был отказаться от использования подводных лодок у побережья Америки.
Когда после падения Франции немецкие подлодки, используя базы Бискайского залива, значительно активизировали свою деятельность в Атлантике, ответной мерой англичан, как известно, было создание Бискайского противолодочного рубежа, начинавшегося между прибрежными минными заграждениями и зоной действия противолодочной авиации союзников. Немецкие лодки, считаясь с реальной подводной угрозой, проходили районы позиций английских субмарин в подводном положении и вынуждены были всплывать в зонах воздушного патрулирования для зарядки аккумуляторов, вследствие чего часто обнаруживались и атаковывались противолодочной авиацией союзников.
Несмотря на активное участие в противолодочной обороне, реальных побед у субмарин было немного. Скорее всего это потому, что субмарины в противолодочной борьбе действовали чрезмерно осторожно.
Подводные лодки действовали в основном одиночно и самостоятельно в строго ограниченных районах, где запрещались атаки своим надводным кораблям и авиации.
Противолодочная деятельность немецких субмарин носила случайный характер. Штаб руководства войной на море не привлекал свои подлодки к поискам иностранных субмарин, исходя из трудностей взаимного опознавания. Дениц и слышать ничего не хотел об участии его субмарин в подводных или надводных дуэлях — каждая лодка была на счету! К тому же он всегда считал торговые суда и крупные надводные корабли противника более ценными объектами, нежели подводные лодки.
При встрече с подлодкой союзников немецкие подводники, как правило, старались погружением и уходом на глубину уклониться от боевого столкновения и как можно быстрее оторваться от опасного противника. Оружие при этом использовалось только в особо благоприятных условиях при полной уверенности в успехе атаки. Достаточно вспомнить поединок английской субмарины с U-617 Альбрехта Бранди, происшедший в январе 1943 года в Средиземном море, который длился три часа и закончился ничем, поскольку Бранди первым прекратил опасную игру.
А вот англичане как раз в Средиземном море и добились наибольших успехов в противолодочной борьбе. Несмотря на то, что там вели боевые действия в среднем не более 25 британских подводных лодок, они потопили 23 итальянские и германские лодки, что пропорционально являлось самой высокой цифрой побед на единицу противолодочных сил.
В Атлантике английские подводники потопили всего 14 подводных лодок, в том числе одну свою по ошибке, хотя на этом театре в борьбе против немецких субмарин принимало участие гораздо большее число британских подводников. Причем пять лодок из этого количества было потоплено в последний год войны у норвежских баз.