Война еще не началась, а американцы, проживавшие в Калифорнии, провозгласили там независимую республику 15 июня 1846 года и подняли флаг с изображением медведя. (С тех пор на флаге Калифорнии изображен медведь и имеется надпись "Калифорнийская республика".) 23 июня в Калифорнию вошли американские войска во главе с капитаном Фремонтом. 7 июля коммодор Слоут отдал приказ американским судам овладеть Сан-Франциско. В считанные дни американцы овладели севером Калифорнии.
В этой войне силы были неравными. Американские войска насчитывали 115 тысяч солдат, мексиканские – от 18 до 40 тысяч. Американцы были лучше вооружены: у них были современные винтовки, произведенные на американских оружейных заводах. Мексиканцы же использовали британские мушкеты времен наполеоновских войн. В ходе этой войны американцы применили так называемую "летучую артиллерию": пушки размещались на конных повозках, и оттуда велся огонь. Такие повозки представляли нечто вроде боевых тачанок и они наносили немалый урон мексиканцам. Слабости мексиканской армии усугублялись политической нестабильностью в стране. Фактически армия была расколота на "централистов" и "республиканцев", между которыми не прекращались стычки. В ходе войны в Мексике произошел очередной переворот и президентом вновь стал Санта-Ана. И все же несмотря на слабости мексиканцев и свои преимущества американские войска под командованием З. Тейлора лишь после тяжелых боев сумели продвинуться в глубь мексиканской территории.
Решительный поворот в войне произошел после высадки десанта из 12 тысяч американских солдат под командованием генерала Скотта в районе порта Вера-Круз в марте 1847 года. В течение 12 дней осады американцы подвергли город массированному обстрелу. Репортер новоорлеанской газеты "Дельта" писал: "Мексиканцы оценивают число жертв от 500 до 1000 убитыми и ранеными, но все согласны в одном: потери среди солдат сравнительно невелики, но зато огромны потери среди женщин и детей". Разрушив город с помощью артиллерии, американцы взяли Вера-Круз. После этого Скотт 1 мая взял город Пуэбла, второй по величине город в тогдашней Мексике.
В сентябре начались бои за Мехико. По свидетельству очевидцев, в окрестностях мексиканской столицы "поля были покрыты тысячами трупов людей, частями лошадей и мулов… Четыре тысячи мексиканцев лежали убитыми и ранеными. Три тысячи были взяты в плен… Американцы потеряли около одной тысячи убитыми, ранеными или пропавшими без вести". 14 сентября войска Скотта вошли в столицу страны, а сам Скотт стал губернатором Мехико.
2 февраля 1848 года был подписан мирный договор, по которому Мексика уступала Соединенным Штатам Калифорнию, Аризону, Техас, Нью-Мексико, на долю которых приходилось половина территории страны. Так как в 1846 году был достигнут компромисс с Англией по вопросу об Орегоне, то теперь американская территория шла широкой полосой от Атлантического до Тихого океана. Планы экспансионистов были реализованы. Эта была первая победа над целой страной, а не племенами индейцев, которую США выиграли без внешней помощи. В США царил разгул шовинистических настроений.
При этом забывали о значительных потерях в войне. Как отмечалось в "Википедии", хотя в боях американцы потеряли лишь 1 700 человек, т.е. около 1,5% личного состава, свыше 11,5 тысяч (10% личного состава) погибли от разных болезней, особенно от желтой лихорадки. К тому же около 12% были ранены или уволены из-за болезней. В "Википедии" говорилось, что "ветераны Мексиканской войны продолжали страдать от тяжелых болезней, полученных в ходе войны. Поэтому число потерь можно довести до 25% в первые 17 месяцев войны. Общее число потерь возможно достигло 35 – 40%, если принять во внимание смерти, вызванные ранениями или болезнями в последующие годы. В этом отношении эта война стала самой тяжелой за всю американскую историю". Следует учесть, что в ходе войны американцами было убито около 25 тысяч мексиканских солдат, что составляло более половины всей армии страны.
Виги постарались забыть о своей оппозиции к войне и поддержали кандидатуру Захари Тейлора в президенты США. Он стал 12-м президентом США (4 марта 1849 – 9 июля 1850). После победы никто не попытался разобраться в причинах войны, ее ходе и ее последствиях. Об аргументах антивоенной оппозиции (фальсификация предлога для объявления войны, корыстные интересы южных плантаторов, толкнувших страну к войне и т.д.) никто уже не вспоминал. Никто не пытался выяснить, почему столько американских солдат погибло от болезней и как это можно предотвратить в дальнейшем.