В ходе своих дальнейших экспедиций Смит попал в плен к индейцам. Позже утверждалось, что индейцы чуть не убили Смита, но за него вступилась любимая дочь вождя индейских племен Паухэтана – Покахонтас. Вследствие ли этого, или же по иным причинам, но, по словам Смита, индейцы обращались с ним "со всей возможной добротой… Чем больше мы знакомились, тем лучше друг к другу относились". Индейцы даже раскрыли Смиту свой план нападения на Джеймстаун.
Вернувшись целым и невредимым к колонистам, Смит продолжал свои экспедиции к индейцам для пополнения продовольственных запасов Джеймстауна. Вскоре, под руководством индейцев, колонисты научились сами сеять кукурузу и стали питаться ею.
От полного экономического краха Вирджиния была спасена благодаря созданию плантаций по выращиванию табака. Несмотря на яростное сопротивление английского короля Якова I курению, привычка к табаку распространялась в Англии. Производство вирджинского табака быстро росло, а вместе с тем увеличивался приток капитала и новых эмигрантов в Вирджинию.
Хотя преступники, как подчеркивал Слезкин, составляли немалую часть среди первоначального населения Вирджинии, в дальнейшем "они далеко не составляли большинства населения колонии, не они задавали тон… Многие из них вовсе не были преступниками в современном понимании слова. То были просто обездоленные люди, никому никогда не причинившие вреда, сами пострадавшие и за это наказанные (согнанные с земли "бродяги", "нищие", не находившие работы). Колония заселялась главным образом теми, кто надеялся поправить свое положение или спастись от голода, преследований и лишений, кто имел мужество искать счастье в Америке, кто рассчитывал получить там землю".
Между тем отъезд капитана Смита в Англию показал, что отношения между колонистами и индейцами покоились на шаткой основе. Доктор богословия Уильям Симмондс вспоминал: "Теперь мы поняли, что означало потерять капитана Смита: вместо зерна, провизии и другой помощи от дикарей мы получали только смертельные раны от их дубинок и стрел". Дело в том, что вместо обмена продуктами колонисты стали все более откровенно грабить индейцев. В 1611 году под руководством губернатора колонии Дейла англичане ворвались в индейскую деревню Апаматук, убили несколько ее жителей и разграбили ее дома.
Такие налеты повторялись. Во время одного из них колонисты захватили в плен Покахонтас, которая заступалась в свое время за Смита. Удерживая в заложниках любимицу индейского вождя, англичане навязали индейцам выгодные для себя соглашения. (Впоследствии Покахонтас крестили, назвав Ребеккой. Она вышла замуж за англичанина Джона Ральфа и приехала в Англию, где вскоре умерла от оспы.)
Тем временем колонисты Уэссагассета уличили одного из своих товарищей в ограблении лесного склада индейцев. Он был казнен колонистами. Однако, как писал Мортон, такие ограбления происходили не раз, чем были естественно возмущены индейцы. Вождь Массасойта сообщил в Плимут, что индейцы из некоторых племен решили перерезать белых "за причиненный ими вред и несправедливость". Они предлагали Массасойта присоединиться к ним, но тот, будучи верным договору, отказался от этого.
Соглашения, которые стали заключать англичане с индейцами, превращали их в подданных и данников британской короны: с началом урожая индейцы должны были пополнять склад поселенцев кукурузой "в качестве дани, за что они будут получать ножи и топоры". Однако эти соглашения были разорваны внезапным нападением индейцев 22 марта 1622 года на английское поселение. 347 мужчин и женщин были убиты. Уцелел лишь Джеймстаун. Как указывает Слезкин, непосредственным поводом для нападения индейцев 22 марта 1622 года стала гибель индейца на ферме колониста Моргана. Индейцы считали, что их соплеменник был убит белыми колонистами.
Комментируя это событие, американские историки пишут о "вероломстве" индейцев. Однако английские историки, писавшие по свежим следам этих событий 250 – 300 лет назад, говорили об "отпоре" индейцев, их "мести". Объясняя причины "индейской мести", Л. Ю. Слезкин напоминает о вероломных нападениях колонистов, в том числе и во главе с Джоном Смитом на индейские деревни. Историк замечал: "Доброжелательство индейцев, их гостеприимство отмечали все первые английские путешественники в Америку. До начала раздоров, спровоцированных колонистами, они не раз спасали последних от голодной смерти… В течение 10 лет после основания Джеймстауна потенциально силы индейцев превосходили силы англичан. Будь первые более сплоченными, менее простодушными, сознавай они последствия чужеземного влияния, Джеймстаун мог, вероятно, погибнуть, как погибла первая английская колония Рэйли на острове Роанок".