В последний год своей жизни свободомыслящий принц все чаще обращался к религии и проводил свое время в компании Боссюэ. Около тридцати лет прошло с тех пор, как молодой студент из Дижона выдержал перед принцем публичный диспут и поступил в Наваррский колледж. С тех пор между ними завязалась дружба, которая становилась крепче, несмотря на большую разницу в идеях и принципах. Известно, что Конде, скептически относясь к религиозной практике, пренебрегал католическими обрядами, но это не значит, что у него отсутствовал интерес к изучению религии. С годами этот интерес усилился: собственная немощь, непрерывные жалобы на здоровье герцогини де Лонгвилль, уход в религию после многих лет вызывающего атеизма принцессы Пфальцской, наконец, мода на религиозность, охватившая двор при мадам де Ментенон, способствовали размышлениям о смерти, и что будет после нее. Несколько отцов-иезуитов постоянно пребывали в Шантийи и вели долгие беседы с принцем. В 1685 г. он даже посетил мессу в церкви Сен-Сюльпис. Тем не менее, Луи не бросался из крайности в крайность, переходя от полюса свободомыслия к полюсу религиозного смирения. Ни отцы-иезуиты, ни даже епископ Мо, не ощущали его психологической зависимости от них, не отдалили его от друзей.
В 1685 г. единственный выживший внук полководца Луи де Бурбон женился на Луизе-Франсуазе, Мадемуазель де Нант, старшей дочери короля и его фаворитки мадам де Монтеспан. Будучи еще не так стар, Конде не знал, что следующий год станет для него последним. Осенью 1686 г. Луиза-Франсуаза, позже известная как Мадам Герцогиня, пребывая в Фонтенбло, где находился и король, заболела оспой. Именно принц вернул покорившую его сердце маленькую (ей было всего 10 лет) герцогиню к жизни. Прибыв в Фонтенбло, он проводил дни возле ее постели и кормил ее с ложки. Конде даже запретил Людовику XIV ради его безопасности видеть собственную дочь. «Вы пройдете в эту комнату только через мое бездыханное тело», — в не терпящем возражений тоне сказал он королю. То же касалось и супруга больной. Луиза-Франсуаза выжила и продолжила род Конде, подарив своему супругу 10 детей, но Конде заболел сам.
Когда ей стало лучше, валившийся с ног от лихорадки и усталости принц назначил дату отъезда в Шантийи — 12 декабря, сделал все необходимые приготовления и договорился о встрече с друзьями. Но за три дня до отъезда его охватило предчувствие, что он никогда не увидит свой замок живым. Он видел смерть от болезни и смерть на войне, и знал, когда она приходит. Поэтому Луи сказал своему окружению: «Я накануне долгого путешествия, которого ждал», и подготовился к переходу в мир иной столь же хладнокровно, как и в Шантийи. Он должен был уйти и как добрый католик, и как первый принц крови дома Бурбонов.
Скончался он в Фонтебло 11 декабря 1686 г. Утром 10 декабря посетивший его доктор сказал его сыну: «Он должен подумать о таинствах». Послали за отцом Дешампом, который, однако, смог появиться только через 24 часа. Ощущая дыхание смерти, принц в этот день написал Людовику: «Я нисколько не щадил себя… и старался выполнять с удовольствием обязанности, к которым меня призывали мое происхождение и искреннее стремление приумножить славу Вашего Величества. Правда, в середине моей жизни мое поведение было предосудительно, и я сам первый его осудил, а Ваше Величество меня простили. Я пытался искупить вину нерасторжимой привязанностью к Вашему Величеству, и всегда сожалел, что мне не удается совершить великие подвиги, которые оправдали бы милости, которыми Вы меня осыпали». Завершив земные дела, он исповедался и получил прощение от капеллана Бержье, бывшего с ним постоянно, и попросил его всю ночь читать молитвы за него. Он был в сознании, но речь уже подводила. Утром следующего дня он искренне сказал герцогу Энгиенскому: «Мой сын, если я был хорошим отцом для Вас, то и Вы были для меня хорошим сыном, но не трудитесь понапрасну — Вы не будете выше отца». Около полудня прибыл долгожданный отец Дешамп: все ушли и он второй раз исповедовал Конде. За несколько часов до кончины Луи заметил: «Я никогда по-настоящему не знал тайн веры, и сейчас меньше, чем когда-либо: мой ум стал еще более ясным». А последними его словами были: «В справедливости своей освободи меня». К ночи того дня в окружении духовников первый принц крови и великий полководец мирно испустил дух.
