Только в 1646 г., когда ей было далеко за тридцать, и она вышла из детородного возраста, Мария Гонзага стала женой Владислава. Новая польская королева принялась преобразовывать варшавский двор на французский манер и подбивала супруга на войну с турками, но в целом влияние ее было ограничено вопросами культуры и образования. В частности, не без её участия в речи Посполитой с 1652 г. стала выходить первая газета. После смерти Владислава в 1648 г. королем был избран его брат Ян II Казимир. Привыкшая к новой жизни и ничего не ожидавшая от возвращения на родину, Мария Людовика согласилась стать и его супругой.
Жизнь в Речи Посполитой нельзя было назвать скучной. Польская шляхта ценила и любила вкусный и обильный стол, горячительные напитки, злоупотребляя тем и другим. Уровень образованности сильно колебался, но латынь знали поголовно, что касалось и женщин, которые обязаны были быть приятными собеседниками мужчин и блистать остроумием. Шляхта отличалась любовью к вольности, переходившей в самоуправство, и особенно к привилегиям. Ее поместья были разбросаны, дороги были годны разве что для езды верхом, поэтому любой гость, званый или случайный, был радостью для хозяина. Дружба завязывалась легко и быстро, после нескольких кубков вина. Пиры были шумными и многолюдными, с великим множеством кушаний, не всегда, правда, высокого качества. Безудержное пьянство было неотъемлемой частью «программы», как и сабельные побоища, ибо за стол садились с оружием. Но женщины принимали участие в застольях до момента «выяснения отношений» мужчин, а затем вставали из-за стола. Если же трапеза проходила «на высоте», соблюдались правила хорошего тона, то в честь женщин произносились тосты, полные изящных и не очень комплиментов. Понятно, что и на изысканных пиршествах магнатов и королей женщины были украшением: «Соль, вино, добрая воля — банкетов приправа. И четвертая — панночка милого нрава», — как писал польский поэт XVII в. В. Коховский. Кончались застолья обычно танцами. Дурной пример злоупотребления спиртным подавал королевский двор. Приемы гостей были пышными, обставленными замысловатым церемониалом. На приеме 1646 г. в Гданьске прибывшую в Польшу на венчание с Владиславом Марию Людовику поразило обилие драгоценной посуды, которой был заставлен стол, и то, что каждое блюдо, состоявшее из нескольких кушаний, подавалось на новой скатерти.
В этом браке она родила сына и дочь, которые умерли во младенчестве. По отзывам современников, новый король был довольно красив, но обладал неуравновешенным характером и был весьма падок на чужих жен. Ян Казимир стал одной из самых трагических фигур на польском престоле. Уже современники толковали его вычеканенные на монетах инициалы «I.C.R.», то есть «Ян Казимир Король», как «Initim Calamitatis Regni», что переводится как «начало несчастий королевства». При нем начался упадок Речи Посполитой, положенный восстанием запорожских казаков в 1648 г., которое возглавил гетман Богдан Хмельницкий. В 1654 г. Хмельницкий привлек к войне с поляками Московское государство, и на фоне успехов московских и казацких войск на территории Великого княжества Литовского во второй половине 1654 — начале 1655 гг. Яну Казимиру объявил войну Карл X Шведский.
Шляхта и магнаты отрекались от его власти и добровольно приносили присягу шведскому королю. Ян Казимир и Мария Людовика были вынуждены спасаться бегством из страны. Именно в это время, когда Ян Казимир изрядно пал духом и вынашивал планы добровольного отречения от королевской короны, возрастает влияние на государственные дела его амбициозной супруги, не терявшей присутствия духа даже в самые угрожающие моменты своей жизни. Чтобы не быть заложницей воли своего неуравновешенного мужа и не утратить при его отречении власть, в голове у королевы зарождается план возведения на польский престол своего протеже. Она остановила выбор на родственнике правящей династии Бурбонов во Франции и сыне своего бывшего возлюбленного. Мария Людовика и ее окружение задумали беспроигрышный вариант — ввести в государственную жизнь Речи Посполитой принцип vivente rege, то есть избрание преемника престола при жизни и правлении его предшественника. Это предоставляло большие возможности королевской партии добиться возведения на престол не человека, который стал бы разменной монетой в предвыборной борьбе шляхты, а претендента, наиболее устраивавшего существующую власть. Введение vivente rege означало бы кардинальную реформу государственного строя Речи Посполитой, реформу, существенно усиливавшую королевскую власть и серьезно ограничивавшую «золотые шляхетские вольности» — понятие, во второй половине XVI–XVII вв. ставшее нарицательным в Польше и за ее пределами.