А в марте 1941 года его вызвали в Москву и назначили заместителем наркома внутренних дел. Завенягин курировал Главное управление лагерей металлургической промышленности, Дальстрой, управление лагерей тяжелой промышленности и управление лагерей по строительству предприятий черной металлургии. После войны его подключили к созданию ядерного оружия. В мае 1945 года Завенягин повез в поверженную Германию группу советских физиков, чтобы определить, каковы успехи немцев в ядерных делах.
19 декабря по записке Берии правительство приняло постановление о привлечении немецких специалистов для работы в СССР по урановой проблеме. Поручили это Завенягину. Всего в Советский Союз отправили на работу около трехсот немцев, среди них было несколько видных ученых, в том числе один лауреат Нобелевской премии. Но особой роли в советском ядерном проекте они не сыграли, потому что Курчатов хотел, чтобы все было сделано руками советских ученых.
Завенягин возглавлял образованное в январе 1946 года Управление специальных институтов НКВД, работавших на атомный проект.
Он оставался заместителем министра внутренних дел, потому что вся ядерная империя создавалась руками заключенных.
Строило объекты атомной промышленности Главное управление лагерей промышленного строительства (Главпромстрой) НКВД. Разведкой, добычей и переработкой урана занималось Спецметуправление, входящее в состав Главного управления лагерей горно-металлургической промышленности (ГУЛГМП) НКВД. Иначе говоря, атомная бомба делалась руками заключенных. Все они были в распоряжении Берии, и он не знал недостатка в безотказной и дешевой рабочей силе.
Комбинат по добыче урановой руды в Таджикистане, комбинат по обогащению урановой руды на Урале, завод по получению плутония и все другие объекты тоже строились заключенными. Их привозили, создавали лагерь и строили…
Первую советскую атомную бомбу создали в городе Сарове (Мордовия), где тоже был размещен лагерь Министерства внутренних дел СССР.
— В распоряжении Берии был свой ГУЛАГ, — рассказывал профессор Наумов. — Мы до сих пор не можем получить сведения, сколько там было людей, и я понимаю почему. Не хотят раскрывать масштабы этой атомной империи. Сколько заключенных работало на урановых рудниках? Мы не знаем. Конечно, организаторская жилка у него была. Но нетрудно быть организатором, имея за спиной все финансы, всю промышленность и необъятные ресурсы. Всякий, кто занимался атомным проектом, знал, что его жизнь зависит от настроения Лаврентия Павловича. Сегодня он работает, паек особый получает, а завтра его Берия в лагерную пыль превратит…
Богатейшие запасы урана нашли на границе Восточной Германии и Чехословакии. Добыча урановой руды была поручена советско-германскому акционерному обществу «Висмут». В его распоряжении находились урановые рудники и обогатительная фабрика. По соглашению между СССР и Восточной Германией первые десять лет уран отправлялся только в Советский Союз, после чего право на уран получали немцы. Но за десять лет основные запасы выбрали…
Один только академик Петр Леонидович Капица попросил Сталина избавить его от участия в атомном проекте, мотивировав свою просьбу невозможностью работать под хамским и невежественным руководством главы Спецкомитета Лаврентия Берии. Но и Капица отдавал должное его организаторским данным.
Академик Андрей Дмитриевич Сахаров вспоминал, что всеми атомными делами Берия занимался сам и даже Маленкова, который стал человеком номер два в стране, к ним не подпускал. Его подписи было достаточно, чтобы оформить любое принятое им решение как постановление ЦК и Совета министров. Никто не смел с ним спорить. Он внушал страх.
Сахаров до конца жизни помнил, как на одном совещании по атомным делам Берия обратился к чиновнику, который провалил производство нужного материала:
— Мы, большевики, когда хотим что-то сделать, закрываем глаза на все остальное. Вы, Павлов, потеряли большевистскую остроту! Сейчас мы вас не будем наказывать. Мы надеемся, что вы исправите ошибку. Но имейте в виду, у нас в турме места много…
Берия говорил «турма» вместо «тюрьма», пишет Сахаров, и это звучало еще страшнее. Человек, которому Берия это сказал, был в предынфарктном состоянии. Он знал, что Лаврентий Павлович может осуществить свою угрозу.