Для отмщения казанцам царь Иван Васильевич летом 1549 года отправляет к ним лучших воевод, князей Василия Серебряного и Семена Микулинского, с большим войском. Он повелел им не трогать Казань, но пройтись по татарским улусам и разорить их. Казанцы не могли видеть и терпеть такое, вышли из города и 20-тысячным войском бросились догнать и побить русских. Но вскоре сами почти все были побиты. Однако Казань еще стояла и не желала покориться русскому государю, хотя трижды просила подданства и трижды изменяла своему клятвенному слову.
Зимой 1550 года Иван Васильевич с огромным войском двинулся к Казани, но не смог взять город. На обратной дороге царь присмотрел неподалеку от Казани удобное место и повелел там заложить, в устье реки Свияги, город.
Весной 1551 года Иван Грозный во главе большого войска снова направился к Казани. По Волге в то же время плыли сотни барж, везя заготовленные загодя срубы. 14 мая они были сгружены возле устья Свияги. Далее царь повелел отрядам конных под водительством Ших-Алея нести охрану, а пешим воинам рубить на берегу лес, очищать место для будущего города.
Дело пошло с таким успехом, что к 10 июня того же года «преизрядный город и в нем соборная церковь во имя Рождества Богородицы, шесть приходских церквей да один монастырь внутри города были поставлены».
Русский город рос на глазах казанцев и приводил их в ужас. Помешать строительству силой они уже не могли, поэтому по обычаю своему пошли на новое коварство. Они предложили Ших-Алею жениться на красавице Сумбек и принять их казанское царство. Тот, посоветовавшись с московскими воеводами, согласился жениться и стать царем в Казанском царстве. Сумбек послала Ших-Алею якобы в знак радости и мира подарки — различные яства, приготовленные своею рукой. Но Ших-Алей, много раз испытавший на себе коварство казанцев, проявил осторожность. Прежде чем отведать того яства, он дал его собаке, и та тотчас издохла.
В Казань было послано большое войско. Гнусную Сумбек арестовали и доставили в Москву. Короче, свадьба не состоялась. Однако Ших-Алей согласился принять Казанское царство. Оставив в Свияжске основные войска, он взял с собой одного московского воеводу, 22 тысячи служивых верных ему татар и несколько тысяч стрельцов и вошел в Казань. Встретили его татары торжественно, с почестями и тут же присягнули, передавая город свой и царство в самодержавную власть московского государя Ивана Васильевича, обещая жить в покое и послушании.
Первым делом Ших-Алей распорядился отпустить на родину сто тысяч русских — молодых мужчин и женщин, находившихся у татар в качестве невольников. На разные должности он выдвинул верных ему людей. Ключи от городских ворот велел содержать у воеводы. Всюду расставлены были усиленные караулы из отрядов стрельцов: днем на карауле их стояла тысяча, а ночью — три тысячи.
Такая строгость Ших-Алея казанцам, привыкшим к своеволию, показалась несносною. И начали они тайно совещаться, как погубить или хотя бы согнать его с царства. Ших-Алей вовремя раскрыл их заговор и казнил пять тысяч казанцев, отчего гнев населения не уменьшился, а лишь ушел в глубины людских душ и затаился.
В ту пору к московскому царю Ивану Васильевичу обратился беглец из Казани, служивый Чапкун. Он просил отпуск для поездки в Казань, где желал повидаться с родственниками, забрать жену и детей своих. Государь отпустил его. В Казани Чапкун подговорил татар написать донос, обвинить Ших-Алея в измене царю Ивану Грозному. Клевета подействовала. Ших-Алей был отозван в Москву, а на его место в Казань царь назначил князя Петра Шуйского и пять воевод.
Перед отъездом из Казани Ших-Алей ласково пригласил всех татарских мурз и начальников на прощальный обед, по окончании которого попросил их проводить его до Свияжска, где якобы приготовлены для них такие же богатые столы с угощениями. Те согласились. В Свияжск прибыло около семисот знатных татарских чинов. Как только они въехали в город, крепостные ворота за ними закрылись. Ших-Алей приказал всех взять под стражу. 90 человек тотчас были закованы и отправлены в Москву на суд, а остальным он велел отсечь головы. Воеводам он приказал срочно выступить с войском и занять Казань. Но те выступили лишь через день и, подойдя к Казани, оповещенной уже о гибели семисот своих знатных людей, встретили такие ожесточенные угрозы и решимость сражаться, что повернули домой, в Свияжск. К тому ж они не имели государева повеления брать город приступом.