После этого Старк решил оставить транспорты с сухопутными частями в Гензане, поручив командование ими контр-адмиралу Безуару. Сам же он с остатками флотилии стал готовиться к уходу.
Перед уходом из Гензана, командующий флотилией произвел распределение кораблей по дивизионам:
1-й дивизион: «Байкал», «Свирь», «Батарея», «Магнит», «Взрыватель».
2-й дивизион: «Илья Муромец», «Патрокл», «Улисс», «Диомид»;
3-й дивизион: «Лейтенант Дыдымов», «Фарватер», «Парис», «Аякс»;
4-й дивизион: «Страж», «Стрелок», «Резвый», «Ординарец», «Надежный».
20 ноября последовал приказ Старка об уходе из Гензана, и утром следующего дня флотилия вышла в Фузан. Японские конвоиры — два эсминца — следовали за флотилией.
23 ноября корабли благополучно прибыли в Фузан, где вновь повторилось то же, что и в Гензане. Японские власти встретили флотилию со всеми присущими им вежливостью и предупредительностью, но съезд на берег разрешили ограниченному числу лиц, и то по японским пропускам и под личную гарантию Старка, что никто из них не останется на берегу.
После совещания с японскими властями было решено, что корабли покинут Фузан 2 декабря. Все поставки на флотилию угля и других материалов взяла на себя городская управа. Правда, уголь оказался самого плохого качества и по ценам выше, чем предлагали частные компании.
В Фузане к адмиралу Старку приезжал по поручению комиссара Военно-морских сил В.И. Зофа его бывший сослуживец по крейсеру «Аврора» и Минной дивизии бывший капитан 2-го ранга Российского Императорского флота В.А. Белли. Он имел поручение провести переговоры с командующим флотилией о возвращении кораблей обратно во Владивосток. При этом и самому Старку, и его подчиненным обещали амнистию. Как вспоминал Белли, «Ю.К. Старк ответил мне приблизительно следующее: „Вы знаете, что я не служил ни одного дня у красных. С оружием в руках я воевал на стороне Колчака. Вы должны понять, что я не могу вернуться в Россию“». По воспоминаниям Старка, он «…предложил ему [Белли. — Н.К.] немедленно покинуть Фузан во избежание плохих для него лично последствий».
С начала эвакуации и вплоть до ее окончания единственную информационную поддержку командующему флотилией оказывал русский морской агент в Японии и Китае контр-адмирал Б.П. Дудоров, находившийся в Токио. Он смог договориться с американским послом в Японии о возможности принятия русских кораблей и беженцев в порту Манила на Филиппинах.
В итоге адмирал Старк окончательно решил с большей частью кораблей идти в Манилу, сделав один заход в Шанхай на несколько дней. Там он рассчитывал устроить на стоянку мелкие корабли и катера и уволить ту часть личного состава флотилии, которая хотела попасть именно в Шанхай.
Из Фузана в Шанхай вышло 16 кораблей. Утром 4 декабря, когда отряд находился в 150–180 милях от Шанхая, внезапно начался сильнейший шторм, во время которого погиб охранный крейсер «Лейтенант Дыдымов». Обстоятельства ею гибели остаются до конца невыясненными. Сам командующий флотилией писал следующее: «Последний раз его видел „Парис“ на закате солнца 4 декабря. „Дыдымов“ сильно штормовал, поворачивая то по волне, то против, не имея почти никакого хода. К несчастью, на „Парисе“ был пробит волною машинный кожух, и он, сам находясь в критическом положении, не мог оказать помощи „Дыдымову“ или даже держаться около него». На «Дыдымове» погиб командир 3-ю дивизиона капитан 1-го ранга А.В. Соловьев, командир корабля старший лейтенант Б.И. Семенец, 9 офицеров, 3 гардемарина, 34 человека команды и 29 пассажиров (23 кадета Хабаровского и Омского корпусов и 6 женщин — членов семей офицеров).
Не испытали шторма только канонерская лодка «Свирь» с катером «Резвый» на буксире. Вследствие малого хода «Свири» шторм застал ее у острова Квельпарт (Чечжудо), за которым она и отстоялась.
Последствия шторма оказались очень тяжелыми: «Диомид», «Магнит», «Свирь», «Парис» и «Улисс» имели повреждения в машинах, требовавших заводского и докового ремонта, запасов угля почти не осталось. Непривычные к морю пассажиры, переполнявшие корабли, испытав свирепый шторм и зная о гибели «Лейтенанта Дыдымова», находились в паническом состоянии и умоляли оставить их в Шанхае.
