Речной Боевой флот Народной армии Комитета членов Учредительного собрания (до 1 августа 1918 г. — Речная оборона) был создан в инициативном порядке морскими офицерами, оказавшимися в Самаре после занятия города чешскими частями. Флот подчинялся Главному штабу Народной армии (впоследствии Военному ведомству). Командующий — мичман В.А. Ершов (с августа 1918 г. — командующий 1-ми 3-м дивизионами, а фактически — всего флота, контр-адмирал Г.К. Старк). К октябрю в составе флота насчитывалось более 40 вооруженных пароходов, вспомогательных судов и катеров.
Первоначально Речной боевой флот состоял из одного дивизиона. В июле он был разделен на два — 1-й, Северный (командующий — мичман Мейрер), и 2-й, Южный (мичман Дмитриев). 1-й дивизион действовал вверх по Волге в сторону Симбирска и Казани, а 2-й — вниз по реке на Хвалынск и Вольск. 10 августа, вскоре после взятия Казани, в связи с увеличением количества пароходов началось формирование 3-го дивизиона под командованием капитана 2-го ранга П.П. Феодосьева. Также был сформирован штаб Речного боевого флота. При штабе имелось отделение контрразведки (начальник — полковник Кафаров).
10 августа был сформирован Казанский водный район, в который вошли районы Волги и Камы, находящиеся под властью Комуча. Начальником района стал капитан 1-го ранга В.В. Ковалевский. Таким образом, можно говорить о том, что к августу 1918 г. в руках командования флотом сосредоточилось управление не только военными кораблями, но и транспортным судоходством.
Суда Речного боевого флота сражались под Георгиевскими флагами (согласно воспоминаниям Мейрера — «в виде ленты большого размера»), и только в августе или сентябре на них подняли Андреевские флаги. Возможно, это произошло уже после образования Временного Всероссийского правительства — Уфимской директории 23 сентября 1918 г. и назначения генерала В.Г. Болдырева верховным главнокомандующим.
Даже на импровизированных судах малочисленные команды буквально творили чудеса. Уже в начале июля в бою у деревни Климовка флотилия существенно помогла отряду В.О. Каппеля, обстреливая красных со стороны реки картечью. Затем последовали бой 10 июля под Сызранью, походы 17–22 июля на Симбирск и 1–7 августа на Казань. В этих боях белая флотилия своими решительными и успешными действиями способствовала победам отряда Каппеля и чехов.
В сентябре, после оставления Казани, 1-й и 3-й дивизионы отошли на Каму, а оттуда — на реку Белую. 2-й дивизион прикрывал эвакуацию Самары; 8 октября корабли были разоружены, а артиллерия и личный состав погружены в эшелоны и отправлены в Сибирь. Но по дороге, в Уфе, эшелоны с личным составом Речного боевого флота были задержаны по приказанию командующего войсками Камской группы генерал-лейтенанта С.Н. Люпова. Между ним и морским начальством разыгрался конфликт, причем адмирала Г.К. Старка отдали под суд за слишком поспешный уход из Камы в реку Белую, оголивший фланги сухопутных частей. Впрочем, суд его полностью оправдал. Речной боевой флот прекратил существование в октябре 1918 г., после отступления армии из района его действий и окончания навигации.
С 14 по 31 августа 1918 г. на озере Байкал действовала Байкальская флотилия во главе с лейтенантом М.М. Комеловым, и состоявшая из четырех вооруженных пароходов и четырех барж. Также в составе флотилии находились восемь офицеров и гардемарин Российского флота. Флотилия вела успешные боевые действия против Байкальской флотилии красных, а также обеспечивала высадку десанта русских и чешских войск в районе Посольского монастыря.
С развитием успехов белых армий на Восточном фронте и увеличением числа моряков, входивших в их состав, возникла необходимость создания централизованных органов управления морскими частями. Объединенное Военно-морское министерство было организовано еще 1 июля 1918 г. Временным Сибирским правительством В сентябре 1918 г., после объединения всех вооруженных сил, действовавших на территории Урала, Сибири и Дальнего Востока, военное министерство Временного Сибирского правительства и военное ведомство Народной армии Комитета членов Учредительного собрания перешли в подчинение военно-морского министерства Временного Сибирского правительства. После прихода к власти адмирала Колчака (18 ноября 1918 г.) постановлением Совета министров от 28 декабря 1918 г. Военно-морское министерство разделили на два самостоятельных органа: Военное и Морское министерства. Управляющим последним назначили контр-адмирала М.И. Смирнова. В течение всего существования Морское министерство колчаковского правительства не только осуществляло руководство морскими частями, расположенными на подконтрольной ему территории, но и пыталось наладить взаимодействие между всеми белыми флотами и флотилиями. В условиях Гражданской войны, полыхавшей на огромных просторах России, данные действия министерства оказались малоэффективными. Поэтому все взаимодействие, за редким исключением, ограничивалось перепиской между штабами и управлениями. Формально, вплоть до начала 1920 г., находившийся в Омске морской министр возглавлял весь Российский флот. Ему же подчинялись и все военно-морские агенты (по современной терминологии — атташе), продолжавшие работу в не признававших правительство большевиков странах.
