Флотилия прекратила существование в конце июня 1919 г., когда после общего отступления армии ее корабли были большей частью уничтожены (сожжены) в устье реки Чусовой (близ Перми), а личный состав и часть имущества эвакуировали в Тюмень. Впоследствии они послужили основой для других морских частей.
На сибирских реках Обь, Иртыше и Енисее также действовали военные флотилии. Основой для создания Обь-Иртышской речной боевой флотилии послужил Отряд судов особого назначения для действий на реках. Его сформировали 8 июля 1919 г. из личного состава Речной боевой флотилии, действовавшей на Каме. 2 августа Отряд расформировали, а его личный состав был направлен на формирование Обской флотилии (первоначально соединению присвоено именно такое наименование) и действовавших на суше морских подразделений.
Флотилии следовало действовать на Оби, Иртыше, Тавде, Тоболе и других обских притоках. Она должна была состоять из двух дивизионов, причем 1-й предназначался для ведения активных боевых действий, 2-й — для обороны. 18 августа управляющий Морским министерством контр-адмирал М.И. Смирнов утвердил временный штат Обской флотилии. По штату она состояла из штаба командующего, 1-го и 2-го дивизионов вооруженных судов (по 6 единиц в каждом), службы связи, плавучей мастерской и базы. Главная база флотилии находилась в Томске. Административно флотилия подчинялась морскому министерству — именно по его линии шло ее снабжение. В оперативном плане она подчинялась командованию тех сухопутных подразделений, с которыми приходилось взаимодействовать. Командующим стал капитан 1-го ранга П.П. Феодосьев. На 18 октября 1919 г. в составе флотилии числилось 147 офицеров и 17 чиновников. Точных данных по общей численности рядового состава Обь-Иртышской флотилии не имеется, однако можно предположить (исходя из количества кораблей), что она не превышала 1000 человек.
Всего в состав флотилии входили 15 вооруженных пароходов, 2 бронекатера, 11 катеров, 2 теплохода-базы и 1 баржа.
Удачные действия Тобольской группы и Обь-Иртышской флотилии, направленные во фланг всему красному фронту, не смогли, однако, отвлечь на себя достаточно сил, чтобы способствовать общей устойчивости белых войск на Тоболе. В связи с общим отступлением сухопутных армий 22 октября Тобольск был вновь оставлен. К тому же приближался ледостав, и кораблям флотилии пришлось отойти к Омску и Томску, где их разоружили. В начале ноября флотилия закончила свое существование, а месяц спустя ее пароходы, вмерзшие у пристаней, достались наступающей 5-й армии красных.
Формирование Енисейской речной боевой флотилии началось согласно приказанию командующего антипартизанскими операциями командующего войсками в Енисейской губернии генерал-лейтенанта С.Н. Розанова от 18 апреля 1919 г. Подготовка флотилии завершилась к 25 мая. Она состояла из мобилизованных и вооруженных судов гражданского флота и находилась в ведении Военного министерства. Денежное, пищевое и вещевое довольствие личный состав флотилии получал от штаба командующего войсками Енисейской губернии. Штаб также оплачивал стоимость топлива для кораблей флотилии, обеспечивал ее артиллерией и боезапасом. Согласно «Положению о Енисейской Речной Боевой флотилии» ее возглавлял командующий со своим штабом. На каждом корабле имелся командир, обладавший всеми правами согласно морскому уставу. База флотилии находилась в Красноярске.
До 22 мая обязанности командующего флотилией исполнял лейтенант Покровский, затем — капитан 2-го ранга М.И. Щербицкий, командовавший флотилией до 26 июля, после чего командующим стал вновь Покровский.
Всего в сентябре 1919 г. в составе флотилии числился 21 офицер и 147 человек рядового и унтер-офицерского состава, а также команды, состоящие из работников гражданского флота, включенных в состав флотилии по военно-судовой повинности. Флотилия состояла из мобилизованных и вооруженных судов гражданского флота. По состоянию на 3 сентября 1919 г. в ее составе числилось: 2 вооруженных трехдюймовыми орудиями парохода (бывшие буксирные), 1 пароход, вооруженный пулеметами, 5 катеров, 2 баркаса, 1 моторная лодка.
