Как и следовало ожидать, армада капитана 1-го ранга Шуберта, состоявшая из 10 „рыбниц“, Астрахань не взяла, но с помощью Николая Угодника и благодаря храбрости молодых моряков, она в нужный момент помогла войскам генерала Драценко, наступавшим на Астрахань в направлении к северу от пристани Серебряковской. „Рыбницы“ доставляли для отряда генерала Драценко муку, боевые припасы, перевозили раненых в ближайший тыл и пр. Несмотря на слабое вооружение (пулеметы, а на некоторых горные трехдюймовые пушки на колесных лафетах), армада выдержала не один „морской бой“ с превосходящими силами красных, при минимальных потерях, как тяжелое ранение инженера-механика мичмана А. Ильина и двух-трех матросов. Эта армада была, в сущности, началом боевой Каспийской флотилии под Андреевским флагом!»[24]
После расформирования британского отряда в июне — августе 1919 г. английское командование передало его корабли русским морякам. В корабельный состав флотилии вошли переданные англичанами вооруженные пароходы, ранее принадлежавшие обществу «Кавказ и Меркурий», сильнейшими из которых были «Дмитрий Донской» и «Князь Пожарский». Флотилия также включала вооруженные пароходы «Азия», «Европа», «Кама», «Ока», «Волга», «Орленок», «Африка», «Америка», «Австралия», «Слава», «Президент Крюгер», «Араг», «Надежда», «Мануфактура», катера-истребители №№ 1—10, катера «Доброволец», «Ретвизан», «Петровск», «Успех», «Михаил», «Литта», «Орлик», «Рыбак», «Крепыш», транспорты «Ленкоранец» и «Кизил-Агач».
1 сентября 1919 г. вступило в действие «Положение о флоте Каспийского моря», согласно которому основными задачами флота являлась защита каспийского побережья, обеспечение свободы плавания торговых судов и господства антибольшевистских сил на море. В состав флота входили: штаб командующего, собственно военная флотилия в составе четырех отрядов вооруженных судов, транспортная флотилия, состоявшая из трех отрядов, охрана Петровского рейда, морская инспекция, Управление Петровским портом, Служба связи, Дирекция маяков и лоций, воздушный отряд.
В дальнейшем Каспийская флотилия провела ряд боев с кораблями Волжско-Каспийской флотилии красных в районе дельты Волги и 12-футового рейда, установила морскую блокаду Астрахани, поставив заграждение из 200 мин, оказывала поддержку войскам на приморском фланге. К началу 1920 г. флотилия насчитывала 9 вспомогательных крейсеров, 7 канонерских лодок, 2 плавбатареи, 10 торпедных и 11 сторожевых катеров, 10 плавбаз и военных транспортов, 2 авиатранспорта с 10 гидросамолетами. Артиллерийское вооружение кораблей состояло из более чем 80 орудий, в том числе 56 — калибром от 76 до 152 мм.
В начале 1920 г. Красная армия провела успешное наступление на Северном Кавказе. 5 января был занят Гурьев, 6 февраля — Красноводск. Потеря основных пунктов базирования, а также трех подорвавшихся на минах кораблей, вынудили флотилию в апреле 1920 г. перейти в Баку. Отсюда корабли ушли в находившийся под контролем англичан иранский порт Энзели. Вспомогательный крейсер «Австралия» и посыльное судно «Часовой» перешли на сторону большевиков. В Энзели флотилия фактически оказалась интернированной англичанами, а значительная часть личного состава покинула корабли. В результате проведенной 18 мая 1920 г. Красным флотом Энзелийской операции Каспийская флотилия белых прекратила свое существование, а ее корабли пополнили военно-морские силы РСФСР и Азербайджанской ССР. Личный состав (80 офицеров и свыше 200 матросов) эвакуировался через Месопотамию и 23 сентября 1921 г. прибыл на пароходе в занятый белыми Владивосток, где продолжил службу в составе Сибирской флотилии.