Вокруг повести сталкивались литературные мнения; толкования были различны. Особенно это выявилось, например, когда повесть была втянута в орбиту полемики, связанной с начинающимся русским декадентством.
Если Скабичевский считал, что в повести есть «сигнал к психиатрической беллетристике», «обещание будущего декадентства», то Волынский (признавая в целом достоинства повести), напротив, провозгласил ее апофеозом умеренности и здравого смысла: Чехов, внушая читателям, что психически здоровый Громов – сумасшедший, поддается «мнению большинства читателей», «ненавидящих <…> свистящие удары безумной критики», держащихся «во всем середины», боящихся всякого стремления «к правде безусловной, окончательной», к «последним, крайним выводам» и считающих это сумасшествием. Эта же мысль усматривалась критиком и в изображении второго центрального персонажа – Андрея Ефимыча. «…он сумасшедший! Кто всю жизнь философствует и разум ставит выше всего на свете, не может быть назван нормальным человеком! <…> Г. Чехов ударил по открытому, совершенно беззащитному нерву русской жизни, и тихий, осторожный смех его над собственным философствующим героем сольется с громким, раскатистым хохотом над философствующими людьми всей разнузданной интеллигентной черни» («Литературные заметки». – «Северный вестник», 1893, № 5, стр. 137). В связи со всем этим идея «Палаты № 6» представлялась Волынскому «узкою и фальшивою».
«Литературные заметки» (и не только в части, касающейся Чехова) были встречены в штыки. «Г. Волынский находит узкую тенденцию, – писал в „Новом слове“ (1894, № 1) Голосов. – Я не усматриваю ровно никакой тенденции, а вижу прекрасную идею» (стр. 360). Меньшиков, найдя у Волынского «все внутренние признаки декаданса», резко критиковал его выводы. «Ненависть к нормальному, здравому смыслу, это приписыванье только расстроенному уму стремления к правде – характерная черта декадентов» («Критический декаданс». – «Книжки Недели», 1893, № 7, стр. 221). Меньшиков оспаривал вывод Волынского, будто Чехов считает выражение протеста, высказывание правды прерогативой душевнобольных.
Позднейшая критика во многом повторяла мнения первых рецензентов «Палаты № 6». Об осуждении в повести пассивности, пессимизма, равнодушия («формализма») писали в своих книгах С. Столяров («Новейшие русские новеллисты. Гаршин. Короленко. Чехов. Горький». Киев, 1901, стр. 53–57), Вс. Чешихин («Современное общество в произведениях Боборыкина и Чехова». Одесса, 1899, стр. 43). О разоблачении несостоятельности квиетизма (хотя и с оговоркой, что это – не основная идея повести) писал Альбов («Два момента в развитии творчества Антона Павловича Чехова. Критический очерк». – «Мир божий», 1903, № 1, стр. 93). О холодности, отсутствии определенного авторского отношения писал в большой статье, посвященной Чехову, Е. А. Ляцкий («А. П. Чехов и его рассказы. Этюд». – «Вестник Европы», 1904, № 1, стр. 133). Отголосками рассуждений Волынского выглядят утверждения Г. Качереца: «Он смотрит на людей, рвущихся к идеалу <…> как на больных душою» (Г. Качерец. Чехов. Опыт. М., 1902, стр. 71).
Но были и новые толкования, рассматривающие повесть в иных ракурсах. Е. В. Аничков видел в повести изображение потребности, права личности «реагировать» («Литературные образы и мнения». – «Научное обозрение», 1903, № 5, стр. 158). Иначе, чем в предшествующей критике, расценивались центральные персонажи; иной, в связи с этим, виделась основная мысль повести. «Двойной ужас испытываешь при чтении превосходнейшего психологически-психиатрического этюда „Палата № 6“, – замечал С. А. Венгеров. – Сначала при виде тех чудовищных беспорядков, которые в земской больнице допускает герой рассказа – бесспорно лучший человек во всем городе <…> а затем, когда оказывается, что единственный человек с ясно сознанными общественными идеалами – это содержащийся в палате № 6 сумасшедший Иван Дмитриевич» («Антон Чехов. Литературный портрет». – «Вестник и библиотека самообразования», 1903, № 33, стлб. 1371). Альбов одну из главных мыслей повести видел в том, что общество выделяющихся из него людей или сводит с ума, как Громова, или «зачисляет в число сумасшедших» («Мир божий», 1903, № 1, стр. 94).