В повести старались обнаружить прямые оценки самого автора, центральных героев пытались разделить на тех, кто высказывает его идеи, и других, кого автор безусловно осуждает. Невозможность сделать это ощущалась как очевидный недостаток. Скабичевский замечал, что автор «ни разу не промолвился, какая основная мысль рассказа и какого мнения он о своем герое» («Новости и биржевая газета», 1892, № 334, 3 декабря). Михайловский также отмечал «иронические нотки», мешающие читателю «обнять душой» «настоящих страдальцев». Приведя рассказ Рагина о себе, М. Южный недоумевал: «Самое странное во всем этом бесспорно то, что никак не уловишь, что все это означает: есть ли это со стороны автора тонкая, ядовитая ирония над современным Кифой Мокиевичем <…> или же автор и впрямь принимает своего героя за гордого страдальца <…>, которому мировая скорбь терзает сердце? <…> Автор себе самому не уяснил этого вопроса, и оттого это колеблющееся отношение к своему герою: то он будто возводит его на пьедестал мученика, то будто посмеивается над ним. И чем дальше подвигается рассказ, тем эта двойственность в отношении автора к изображаемому им лицу выступает резче и резче» («Гражданин», 1892, № 325, 24 ноября).
Сложность, необычность авторской позиции по отношению к героям («то будто возводит на пьедестал, то будто посмеивается») в сравнении с предшествующей литературной традицией была замечена большинством критиков повести. Но как новое литературное качество это не расценивалось.
М. А. Куплетский утверждал, что в основе повести лежит «ложная мысль»: «умственно здоровых людей и сумасшедших различить почти невозможно и что все люди в некотором роде сумасшедшие» (М. К-ский. Журнальная хроника. – «Сын отечества», 1892, № 337, 10 декабря).
Скабичевский значительную часть своих двух фельетонов о «Палате № 6» («Новости и биржевая газета», 1892, №№ 334, 341, 3 и 10 декабря) посвятил раскрытию основной идеи повести, заключающейся, по его мнению, в том, «что десятки, сотни сумасшедших гуляют на свободе потому, что наше невежество не способно отличить их от здоровых <…> Вы положительно теряете сознание, кого в этой среде можно считать здоровыми, кого душевнобольными людьми, где кончается палата № 6 и начинается область якобы здравого смысла?..» (№ 341). Такое изображение было оценено им высоко, но два года спустя Скабичевский эти же самые черты повести оценивал уже иначе, считая их «обещанием будущего декадентства» («Литературная хроника». – «Новости и биржевая газета», 1895, № 274, 5 октября).
Михайловский, считая, что сказать, который из героев «доктор и который сумасшедший, довольно <…> трудно», в целом в понимании повести оказался близок Скабичевскому: «Может быть, значит, сумасшедший Иван Дмитрич прав, когда изумляется, почему он в больнице, а другие, в том числе и доктор, гуляют на свободе? Может быть, и доктор прав, отвечая, что тут нет логики, а одна только пустая случайность? Может быть, здесь именно лежит центр всего рассказа г. Чехова» («Русские ведомости», 1892, № 335, 4 декабря).
Многие видели в повести критику философии равнодушия, непротивления – «крушение философии квиетизма» (Перцов), осуждение пассивности и созерцательности (Ю. Николаев), ведущих «к погибели самого философа» и увеличивающих страдания «окружающих его» (Голосов). Наиболее подробно эта мысль развивалась в большой статье Меньшикова «Без воли и совести» («Книжки Недели», 1893, № 1). По мнению Меньшикова, Андрей Ефимыч, представляющий собой «в нравственном смысле дальнейшую, несравненно более низкую стадию вырождения» обломовского типа, уже не угрызающегося совестью, «просто не хочет помочь несчастным <…> Это болезнь не воли, а <…> болезнь совести» (стр. 212).
Меньшиков впервые высказал мысль, получившую столь широкое распространение в позднейшей (посмертной) чеховской критике, – о направленности повести против принципа «непротивления злу». Но, в отличие от последующих авторов, он считал, что доктор Рагин – носитель лишь «ходячего», упрощенного понимания непротивления, «в котором Лев Толстой <…> неповинен. Знаменитая формула имеет другой, глубокий смысл» – «нравственную борьбу со злом». Андрей Ефимыч и ему подобные «только мнимые непротивленцы злу. На самом деле это пособники злу» (стр. 221).
