В соответствии с общим замыслом Верховного главнокомандования генерал Говоров решил во второй половине сентября 1944 года провести наступательную операцию на таллинском направлении силами 2-й ударной и 8-й армий. В ходе первого этапа операции предусматривалось нанесение удара силами 2-й ударной армии из района Тарту в направлении Раквере, выход в тыл главным силам оперативной группы «Нарва» и, совместно с 8-й армией, уничтожение группы «Нарва».
Второй этап операции включал поворот главных сил фронта на запад и овладение Таллином.
30 августа 1944 года генерал Пэрн был вызван на доклад к командующему фронтом. Говоров сообщил командиру Эстонского корпуса, что в ближайшие дни корпус будет передислоцирован в первый район и ему предстоит осуществить сложный маневр на расстояние до 400 км. На подготовку Говоров отводил до пяти — шести суток. Из резерва фронта, корпус, сказал Говоров, будет передан в состав 2-й ударной армии, командующий которой генерал-лейтенант И.И. Федюнинский и даст Пэрну конкретные указания[506].
4 сентября приказом командующего Ленинградским фронтом Эстонский корпус был включен в состав 2-й ударной армии, как один из ее четырех стрелковых корпусов (8-й Эстонский, 30-й гвардейский Краснознаменный, 108-й и 116-й стрелковые корпуса).
Армии предстояло нанести в Южной Эстонии удар в тыл главным силам оперативной группы немцев «Нарва» и уничтожить их. После этого фронт планировалось повернуть на запад, овладеть Таллином и выйти к Балтике.
Согласно плану начавшейся 4 сентября перегруппировки войск, корпус, вместе с другими соединениями армии, был передислоцирован с Нарвского участка в район восточнее Тарту[507], на рубеж реки Эмайыги. Начав передислокацию из-под Нарвы в Кроотузе — Ляммиярве — Мехикорма в ночь на 8 сентября, соединения корпуса к рассвету 14 сентября полностью сосредоточились в назначенном районе: мыза Хейзри, мыза Вана — Пийгасте — Вески. Штаб корпуса вместе с частями 7-й дивизии расположился в районе Выну. Внимания заслуживает то обстоятельство, что перегруппировка проходила в очень сложных условиях. Войскам 2-й ударной армии со средствами усиления необходимо было скрытно преодолеть за 10 дней расстояние в 300 километров при наличии только одной железной дороги. Все это в равной мере касалось и Эстонского корпуса.
8-й Эстонский корпус в ходе перегруппировки войск удалось перевезти с частью легкой артиллерии по железной дороге через станцию Кингисепп до Гдова. Дальше 8-й Эстонский и 30-й гвардейский корпуса следовали к месту назначения походным порядком. Корпусу пришлось проделать трудный марш: он прошел с артиллерией, моторизованными частями и конным обозом ночными переходами более 200 км за шесть суток по грунтовым дорогам, размытым сильными дождями. Через пролив между Чудским и Псковским озерами их переправили 25-я отдельная бригада речных катеров и 5-й тяжелый понтонно-мостовой полк.
Таллинская операция Ленинградского фронта развивалась драматически.
Войсковая разведка группы армий «Север» к 6 сентября вскрыла начавшуюся переброску войск 2-й ударной армии с позиций у Нарвы к реке Эмайыги на юг, на тартуское направление. Разведка доложила точно, но немецкий штаб не принял эти сообщения во внимание, не допуская мысли, что 3-й Прибалтийский фронт мог готовить наступление под Валгой и Тарту. Немецкое командование, не зная о передаче Тартуского участка Ленинградскому фронту, до 9 сентября считало приостановку наступления маскировочным маневром для отвлечения немецких сил от Валги на север. Следуя этой логике, немецкое командование, не зная о передаче Туртуского участка Ленинградскому фронту, сняло часть сил из армейской группы «Нарва» и бросило их под Валгу тогда, когда 3-й Прибалтийский фронт стал там наступать. Таким образом, Тартуский участок оказался ослабленным.
Эстонский корпус принимал участие в Таллинской наступательной операции 2-й ударной и 8-й армий Ленинградского фронта, в результате которой была освобождена вся материковая часть Эстонии и ее столица — Таллин, с 17 по 26 сентября 1944 года.
Перед началом боев за освобождение Эстонии личный состав дивизии корпуса состоял: из эстонцев — на 89,5 %, русских — на 9,3 %, других национальностей — на 1 %. 82 % личного состава, по состоянию на 1 июля 1944 года, раньше жили на территории Эстонской ССР.