Работа опекунов, и в данном случае Потемкина, была тесно связана с его деятельностью в Синоде. Там на заседаниях постоянно поднимались вопросы о взаимоотношениях церкви и «иноверцов» в составе одного государства. В течение XVIII в. положение мусульман (их в данном случае и именуют иноверцами) в России постепенно менялось. Государство от политики наступательной христианизации перешло к смягчению межконфессиональной атмосферы. В апреле 1764 г. Екатерина прекратила деятельность Новокрещенской конторы, и для Потемкина участие в рассмотрении наказов «иноверцов» послужило прекрасной базой для формирования своего взгляда на национальную политику, успешно реализовать который он смог в Крыму. 3 декабря 1767 г. состоялось 70-е заседание Комиссии, где было объявлено о выборе депутатами-«иноверцами» разных губерний своим опекуном двора Его императорского величества камер-юнкера Потемкина, и собрание дало свое согласие. Будучи опекуном депутатов от «иноверцов», Потемкин, в качестве так называемых помощников, участвовал в заседаниях Большой и Дирекционной комиссий и, по предложению маршала Уложенной комиссии, был включен в состав частной Духовно-гражданской комиссии, причем вакансия, которую он занимал, не предусматривала жалованья.
Частная Духовно-гражданская комиссия работала с 27 мая 1768 г. по 18 октября 1771 г., проведя за это время 299 заседаний. Согласно «Начертанию о приведении к окончанию Комиссии проекта нового Уложения» (СПб., 1768), задача комиссии состояла в том, чтобы систематизировать «все то, в чем гражданские законы в сохранении доброго порядка имеют сношение и сопряжение с духовными, или в чем сии последние от светских занимают помощь», а также разработать общее новое положение «духовенства вообще, установив, в том числе, и начало свободы вероисповедания для благоденствия общества». В «Большом наставлении» Дирекционной комиссией обращалось внимание на то, чтобы при установлении прав других вероисповеданий никоим образом не умалялась бы «непорочность и целость» православной веры, а также на необходимость пересмотреть правовые характеристики уголовных посягательств и проступков в отношении вероучения, церковных порядков и, частично, благочиния. По сути, ей предстояло разработать целостный свод законов о положении церкви, о правах духовенства во всем объеме мыслимых общественных связей, а также определить новые рамки отношения государства и церкви.
Сохранившиеся «Дневные записки» частной Духовно-гражданской комиссии дают нам прекрасную возможность проследить, причем по каждому заседанию, работу Потемкина непосредственно в этой комиссии. За время участия в ней Григория Алексеевича состоялось 64 заседания, из которых он присутствовал на 15. Обращая внимание на столь редкое его посещение заседаний, надо не забывать, что одновременно с работой в комиссии он исполнял полковую должность и все еще состоял в Синоде. Так, например, в дни, когда проходили 5-е, 10-е, 15-е, 18-е, 20-е, 21-е заседания (июнь — июль 1768 г.) отмечено, что Потемкин отсутствовал «за отправлением полковой должности»; 6, 7 и 9 октября (38—40-е заседания) он не был «за отправлением должности при дворе Ея императорского величества»; при этом 17 заседаний Потемкин пропустил «за болезнью».
Особенно активно Потемкин посещал Духовно-гражданскую комиссию в мае — июне 1768 г., присутствуя почти на каждом заседании. Пропустив 1-е собрание, будучи «на карауле», Потемкин прибыл 28 мая на 2-е заседание в 9 часов 15 минут. В этот день члены комиссии занялись разработкой регламента заседаний, согласившись собираться по вторникам и четвергам, «потом разсуждали, каким образом наилутче приступить Духовно-гражданской комиссии ко исправлению наложенной на нее должности и поставить наиудобнейшей порядок общим своим упражнением и особыми трудами каждого члена, чего ради согласно положено, чтоб прочесть прежде обряд, …наставление, а после того общее для всех комиссий начертание и, наконец, Большой наказ, замечая при том все те пункты и статьи, которые прямо принадлежат до сведения Духовно-гражданской комиссии, дабы выписав единожды все до ея упражнения касающияся правила, иметь всегда пред глазами своими, как для сбережения времени в приискании приличных статей, кое туне потерено быть может, а наипаче ради избежания могущих от забвения последовать погрешностей и ошибок». В ходе заседания был прочитан обряд до 9-го пункта и наставление до 5-го пункта.
