Утвердив план работы, комиссия приступила к его осуществлению. Уже на 3-м заседании, 29 мая, члены комиссии при обсуждении наставления оказались в затруднительном положении: входит ли в их компетенцию вопрос о бракосочетании «иноверцов» с русскими? Являясь опекуном «иноверцов», Потемкин и вместе с ним депутат от Судиславского дворянства Василий Баскаков отправились в Дирекционную комиссию, чтобы испросить ее мнение. Вернувшись, они объявили, что решение о том, «каких вер представители могут вступать в союз с русскими», принадлежит к ведению Комиссии о разных установлениях, а все остальное касается до Духовно-гражданской комиссии. 3 июня состоялось 6-е заседание, на нем рассуждали о том, что ни в начертании, ни в наставлении нет точного упоминания о предполагаемых наказаниях за преступления для духовных лиц. Как и в предыдущем случае, Потемкин и Баскаков были отправлены в Дирекционную комиссию, чтобы затребовать от нее словесного наставления, принадлежит ли этот вопрос к их ведению, а также о том, «каким образом с Синодом сношения и советования держать». Надо полагать, что в данном случае должность Потемкина в Синоде позволила ему проявить свою компетентность в этих вопросах. Постепенно работа в комиссии усложнялась, и для рассмотрения некоторых вопросов 10 июня 1768 г. из Дирекционной комиссии были получены затребованные ранее книги: «Кормчая, Духовный регламент и выписка о расколах».
После продолжительного отсутствия на заседаниях комиссии Потемкин появился 19 августа 1768 г. и участвовал в обсуждении вопросов, требовавших применения классического церковного законодательства (Кормчей книги), а 26 августа, на 33-м заседании, присутствовал депутатский маршал и беседовал о «разных сумнительствах, о коих Духовно-гражданская комиссия, выписав, представить намерена Дирекционной комиссии для испрошения себе на оныя поставления». К сожалению, «Дневные записки» не фиксировали участие тех или иных членов в обсуждении и рассмотрении вопросов, но позволим себе предположить, что Потемкин мог высказываться со знанием дела, используя полученные сведения и опыт заседаний в Синоде.
Осенью 1768 г., уже после своего пожалования в действительные камергеры по случаю годовщины коронации Екатерины II (22 сентября) и после объявления Турцией войны (25 сентября), Потемкин принял участие еще в трех заседаниях Духовно-гражданской комиссии (30-й, 37-й и 49-й). На них продолжалось чтение Большого наказа, правил из Кормчей, в частности решений «Карфагенского собора», экстрактов старых законов и выписок «по материям» из наказов городских жителей, обсуждались вопросы о браках христиан с «иноверцами», о причинах, побуждавших «простолюдинов» к разным суевериям и расколам, и о средствах, удобных к удержанию их от этого. Располагавший высоким статусом государственного чиновника — второго человека в Синоде, Потемкин не мог не быть ключевой фигурой во всех этих дискуссиях. Суть обсуждаемых вопросов сводилась к взаимоотношениям церкви и государства, в развитии которых можно выделить три периода:
1. От начала христианства на Руси до утверждения московского единодержавия в XVI в. Это период наибольшей церковной самостоятельности.
2. От начала московского единодержавия до Петра I. В это время отношения между духовной и светской властью характеризуются решительным стремлением правительства подчинить церковь своему влиянию.
3. От Петра I и учреждения Синода. Именно в это время церковное управление принимает формы государственного управления и даже делается частью последнего. Постепенно государство занимает главенствующее положение по отношению к церкви. Часть предметов, относящихся к классическому церковному праву, перешла к ведению светского государства. Так, например, внутренняя организация церкви определялась «Духовным регламентом» (1721 г.) и контролировалась Синодом.
Вынося на обсуждение Частной Духовно-гражданской комиссии вопросы о браках христиан с «иноверцами», государство переводит их также из области церковного права в светское. Проводником государственной политики, вероятно, и являлся Потемкин. Он должен был стать связующим звеном между церковью и государством.
