Некоторые магистры и студенты высших факультетов получали церковные бенефиции — фиксированные доходы, специально выделяемые для обучения. Большинство же вынуждено было рассчитывать на помощь родственников (при изучении риторики важно было овладеть искусством писать жалостливые письма родителям), искать покровителей, зарабатывать самостоятельно. Кроме трат на получение степеней, приходилось платить за обучение, отчислять деньги в казну «нации». Дорого стоили книги, столь важные для обучения. Впрочем, университеты быстро приспособились — стали давать книги напрокат, переписывать сразу десяток экземпляров под диктовку, делать самые дешевые книги. Самых больших расходов требовали жилье и питание.
Неизменную зависть у студентов и магистров вызывали монашеские ордена. Они проявляли повышенный интерес к университетам, устраивали там коллегии — общежития для студентов-членов ордена. Монахи жили на всем готовом, имели залы для занятий, библиотеки. При этом они не приносили присяги на верность университету, не поддерживали корпорацию во время сецессий. В середине XIII в. в Париже произошел серьезный конфликт между «нищенствующими» орденами — доминиканцами, францисканцами и университетом. За монахов вступился сам папа, изгнать их из Парижа не удалось. Но враждебность к монахам сохранялась во многих университетах до конца средних веков. Соперничая с монахами, магистры заимствовали у них практику создания коллегий. Большую известность получила коллегия для бедных студентов-теологов, основанная в 1256 г. духовником короля Людовика IX Робером де Сорбоном. Его примеру последовали и в Париже, и в университетах других городов и стран. Разбогатевшие прелаты, вельможи, аристократы, короли основывали коллегии для одаренных студентов, жаловали деньги на помощь бедным магистрам, на закупку книг. В Англии коллегии получили такое развитие, что к концу XIV в. университеты Оксфорда и Кембриджа превратились в федерации отдельных коллегий.
Первые университеты не имели никакой собственности. Магистры снимали для занятий помещения у горожан, арендовали монастырские залы, читали лекции в церковных притворах. В XIV, и особенно в XV вв., появляются солидные здания коллегий, земельные угодья, пожалованные королями для оплаты стипендий. Это помогало обучению, но делало университеты более зависимыми от властей — «сецессия» была теперь трудно осуществима.
Основная проблема, стоявшая в XIII в. перед университетской наукой, заключалась в усвоении наследия Аристотеля, в его согласовании с христианством. Из трудов Аристотеля и его арабских комментаторов, особенно Ибн Рушда (Аверроэса), философы университета делали выводы, пугавшие церковные власти. В трудах преподавателей "свободных искусств" Сигера Брабантского и Боэция Дакийского содержалось учение о двойственной истине: есть истина религиозная, которая по определению не может быть понятна человеку и не является предметом изучения, и истина философская, зависимая не от божественных, но от природных законов, которую должны изучать философы. Эти идеи с энтузиазмом принимались студенческой средой. Среди тезисов, осужденных в 1270 и 1277 гг. епископом Парижа, были и такие: "философы — истинные мудрецы мира", "мир — вечен, никогда не существовало первого человека", "индивидуальная душа смертна" и др.
В ХШ в. церковь уже по-иному смотрела на слишком смелое проникновение логиков в вопросы веры. Это был век крестовых походов против еретиков-альбигойцев, создания инквизиции. Против злоупотребления разумом вновь выступили мистики. Ученики святого Франциска Ассизского, такие как Бонавентура, настаивали на мистическом истолковании богословия. Особенно сильны были позиции францисканцев в Оксфорде. Францисканец Роджер Бэкон едко критиковал схоластов, главное место в познании отводя созерцанию природы, опытному наблюдению, что позволило сделать ему ряд открытий, обогнавших свое время.
В начале XIII в. по инициативе папства новые книги Аристотеля были временно запрещены в университетах. Одна за другой создавались комиссии богословов, призванные отделить зерна от плевел в учении философа. Обойтись без его философии не представлялось возможным, но ряд его выводов никак не согласовывался с догматами христианства. Для такого согласования требовались всесторонние знания, владение логикой, а богословы более сильны были в вопросах морали.
