Ярославль был крупнейшим городом Заволжья, поднявшимся после того, как установился морской путь из Западной Европы в Россию через Белое море. Через Ярославль проходила сухопутная дорога из Москвы к Архангельску. Важное значение сохранял и Великий Волжский путь. В дневнике Марины Мнишек, которая после свержения с московского престола какое-то время содержалась в Ярославле под стражей, сохранилось описание города: «В Ярославле есть крепость довольно обширная, но слабая. Каменных зданий нет, кроме одного монастыря, обнесенного каменной стеной. Замок сгнил, ограда его обвалилась. Стоит он при впадении Которосли в великую реку Волгу. Крепость обнесена валом, за которым мы остановились…» Известно, что в начале XVII столетия в Ярославле был деревянный рубленый город, непосредственно примыкавший к укрепленному Спасскому монастырю, и большой острог, окружавший обширный посад.
Для ярославского периода жизни Дмитрия Пожарского характерно органическое сочетание политической и военной деятельности. Чтобы придать освободительной войне общенациональный характер, необходимо было создать новое общерусское правительство, новый административный аппарат. В Ярославле сформировали «Совет всей земли», свои приказы: Поместный приказ, Казанский дворец, Новгородская четверть. Оскудевшие дворяне наделялись новыми поместьями. Регулярно собирались налоги. Устроили даже собственный Двор, учредили новый герб (все самозванцы использовали прежний герб — двуглавого орла). Большая земская печать имела изображение «двух львов стоячих», а меньшая дворцовая печать — «льва одинокого».
Сам воевода Дмитрий Пожарский получил титул, который подчеркивал его общерусскую власть: «По избранию всей земли московского государства всяких чинов у ратных и у земских дел стольник и воевода князь Пожарский». Но предводитель земского ополчения проявлял большую скромность, не желая раздражать знатных бояр, которые начали съезжаться в Ярославль: для него важнее местничества было единство всех русских сил. Такой же линии придерживался и Кузьма Минин. Известно, что под соборной грамотой Дмитрий Пожарский подписался десятым, а Кузьма Минин — пятнадцатым. Не это было главным, а реальная власть над ополчением. Эту власть Пожарский и Минин не отдали никому.
Две основные задачи стояли перед полководцем: постоянное расширение территории, на которую распространяется власть «Совета всей земли», и продолжение формирования освободительной армии. Ту и другую задачу решал Пожарский во время «ярославского стояния».
В Пошехонье засели казаки, верные атаману Заруцкому. В мае 1612 года посланный из Ярославля воевода Лопата-Пожарский разгромил их.
Горожане Переяславля-Залесского сами попросили защитить их от казаков атамана Заруцкого. Вскоре туда пришел отряд ополчения во главе с воеводой Иваном Наумовым.
Земские воеводы пошли в Тверь, Владимир, Ростов, Рязань, Касимов, держали под контролем основные дороги, связывавшие Ярославль с севером. Поморье и северные города стали постоянной базой снабжения ополчения.
Одновременно Дмитрию Пожарскому приходилось забояться о северо-западных рубежах: шведы, обосновавшиеся в Новгородской земле, вели себя враждебно. Срочно укреплялись Каргополь, Белоозеро, Устюжна, Углич. Много забот было у «избранного всей землей стольника и воеводы князя Пожарского»!
Но главной оставалась все-таки забота о войске…
И Дмитрий Пожарский энергично набирал новые и новые отряды дворянской конницы, собирал в сотни стрельцов, призывал ополченцев из посадских людей и крестьян, обучал их военному делу, проводил смотры. По подсчетам военных историков, ему удалось собрать двадцать — тридцать тысяч человек, в том числе около десяти тысяч служилых людей, до трех тысяч казаков, примерно тысячу стрельцов. Это была уже внушительная сила.
Но и трудностей встречалось немало. Деньги для раздачи служилым людям поступали нерегулярно, «выборному всей землей человеку» Кузьме Минину приходилось принимать крутые меры к неплательщикам. 6 мае на Ярославль обрушилась моровая язва, которая замедлила сбор ополчения.
Но были и обнадеживающие вести. В подмосковном лагере атамана Ивана Заруцкого и Дмитрия Трубецкого усиливались раздоры, все чаще и чаще их бывшие сторонники переходили на сторону земского ополчения. В конце концов Заруцкий с двумя тысячами казаков бежал по Коломенской дороге.
