Операция началась неудачно. В намеченный срок провести ее не удалось, поскольку многие из ее участников прибыли на место с опозданием. Пилсудский, несмотря на возражения некоторых боевиков, предлагавших не рисковать еще раз и попытать счастья немедленно, перенес осуществление акции на 29 сентября 1908 года. На этот раз, несмотря на некоторые «накладки», акция с участием 17 боевиков была проведена в соответствии с планом. Добыча налетчиков составила 200 тысяч рублей ассигнациями, серебром и ценными бумагами. Так много денег в ходе одного «экса» Боевая организация еще не захватывала. «Монеты» сразу же после акции были спрятаны в лесном тайнике, в нескольких десятках километров от Бездан, и спустя два месяца привезены в Галицию Александрой Щербиньской, активно участвовавшей в операции. В ходе операции погиб один жандарм, пять человек из охраны были ранены. У боевиков потерь не было. Однако впоследствии шестеро из них были арестованы и приговорены к различным срокам каторги.
Р. Сьвентек, проанализировав все обстоятельства операции боевиков ППС в Безданах, высказал неожиданную гипотезу. Он не исключает, что охранка знала о готовящейся операции, поскольку ей еще в апреле 1908 года удалось арестовать и склонить к сотрудничеству одного из ее участников. Но она оставила полученную информацию без последствий, желая использовать факт нападения на курьерский поезд для того, чтобы еще раз продемонстрировать царю жизненную необходимость своего существования. Говорить о том, насколько эта версия имеет право на существование, при нынешнем состоянии источниковой базы, не приходится, с чем, впрочем, согласен и сам ее автор[68].
В начале октября 1908 года Пилсудский был уже на территории Австро-Венгрии. Судя по всему, операция в Безданах далась ему непросто. Встретившийся с ним в ноябре Сокольницкий отметил, что его здоровье было подорвано, взгляд погрустнел, но зато в высказываниях появилось больше твердости. Хотя полученная в ходе операции в Безданах сумма и была меньше той, о которой он мечтал, но ее хватило, чтобы расплатиться с партийными долгами, помочь арестованным и вплотную заняться реализацией овладевшей Пилсудским новой идеи.