Помимо помощи американской армии и операций, проводимых в тесном взаимодействии с ней, партизаны провели несколько серьезных операций самостоятельно, в тех районах, где силы американской армии были особенно слабы, — на западе и на юге.
Командир британского поста в Детройте Гамильтон организовал набеги индейцев на американцев-пограничников с целью вытеснить их с запада, за Аллеганы. Джордж-Роджерс Кларк, смелый охотник, прирожденный вождь таких людей, как пограничники, решил положить этому конец и вместе с тем захватом английских постов на северо-западе отвоевать Иллинойс у англичан. С разрешения губернатора Виргинии Патрика Генри он навербовал отряд партизан, главным образом из пограничников, и в мае 1778 г. на плоскодонных судах спустился вниз по реке Огайо, затем прошел 120 миль прериями и в начале июля появился у Кэскэскья — главного британского поста в Иллинойсе. Внезапно обрушившись на гарнизон, Кларк захватил этот пост. Тогда другой пост, Венсенн, сам поднял американский флаг. Но генерал Гамильтон с помощью мичиганских и висконсинских индейцев взял обратно пост Венсенн и начал готовиться к походу на Кэскэскья. Кларк решил не ожидать нападения, а предупредить его. В феврале 1779 г. он отправился со своим отрядом навстречу англичанам к посту Венсенн, отстоявшему от Кэскэскья на 230 миль. Это был страшный переход. Партизаны страдали от голода, холода и усталости, часто шли по шею в ледяной воде, проводили много дней без пищи и даже без огня, но песнями и прибаутками поддерживали друг в друге мужество. Внезапное появление отряда перед городом (Кларк разместил своих людей в лесу так, что создавалось впечатление их большой численности) дезорганизовало гарнизон, и Венсенн сдался Кларку. Захватом этих главных английских постов Кларк со своим отрядом закрепил власть американцев на северо-западе до мирных переговоров и, таким образом, сохранил эту часть страны для Соединенных Штатов.
Особенно большую роль партизанское движение сыграло в последние годы войны, когда театром военных действий стали южные колонии. Не добившись за 2 года войны сколько-нибудь заметных успехов на севере, англичане в 1778 г. решили перенести свои действия на юг, где они рассчитывали на помощь довольно значительной на юге прослойки лоялистов, преимущественно из среды крупных землевладельцев. Английское командование предполагало быстро завоевать южные колонии и создать там базу для продвижения на север. В декабре 1778 г. англичане захватили Саванну, столицу Георгии и крупнейший портовый город, в мае 1780 г., после прибытия английского флота с подкреплением, английские войска взяли второй крупнейший порт на южном побережье — столицу Южной Каролины Чарльстон. Чарльстон обороняла крупная часть американской армии под командованием генерала Линкольна, насчитывавшая до 7 тыс. человек. После ее поражения и сдачи в плен на юге не осталось американской армии. Грозила опасность, что английский план удастся и штаты Георгия и обе Каролины будут отрезаны от американской конфедерации. И вот в этот решающий и крайне опасный для дела борьбы за независимость момент на сцену опять выступили партизаны. Небольшими отрядами они выходили из лесов и горных долин и беспрестанно тревожили британцев, нападали на их посты, производили отчаянные атаки и снова исчезали в лесах и горах. Самыми славными вождями в этой партизанской войне были Фрэнсис Мэрион, по прозвищу «Болотная лисица», который внезапно появлялся с горстью своих последователей, одним броском, как тигр, наносил удар и исчезал, как тень; Томас Семтер, по прозвищу «Боевой петух Южной Каролины», давший свое имя известному форту, ставшему ареной первых сражений в период гражданской войны в США; Эндрью Пикхенс и др. Особенно сильно разгорелось партизанское движение в Южной Каролине. Несмотря на то, что там совсем не было американских войск, все границы были в огне. Партизаны поддерживали дело патриотов до прибытия в июле на юг новой армии под начальством Гэйтса, набранной в Мериленде, Виргинии и Северной Каролине. Но и эта армия в середине августа была разгромлена англичанами. И снова над южными штатами нависла смертельная опасность. Поворот в ходе военных действий создали партизаны.