В начале ноября при ВЧК был создан институт уполномоченного по санитарной части и специальная разъездная санитарная комиссия. 15 ноября 1919 г. Ф. Э. Дзержинский подписал приказ всем местным органам ВЧК «О мерах борьбы с разрухой в санитарном отношении». «Ввиду широко развивающейся эпидемии сыпного тифа и других болезней, — говорилось в приказе, — одной из главнейших задач губчека, РТЧК и УТЧК должна быть борьба с разрухой в санитарном отношении…» В приказе подробно перечислялись мероприятия, которые должны были быть проведены местными органами ВЧК по организации санитарных кордонов, наблюдению за санитарным состоянием воинских эшелонов, станций, госпиталей, казарм, обеспечению бесперебойной работы бань и т. д. В случае необходимости местным органам ВЧК предоставлялось право мобилизации всех пассажиров для проведения тех или иных мероприятий, право мобилизации подвод, воинских частей и т. д.
В заключение Ф. Э. Дзержинский выражал в приказе уверенность, что «при деятельном контроле и содействии ЧК борьба с невидимыми врагами окажется такой же благотворной, как и борьба с видимыми врагами».
Сложность и ответственность работы чрезвычайных комиссий, все новые и новые задачи, встававшие перед ними по мере изменения обстановки в стране, требовали укрепления органов ВЧК новыми проверенными кадрами.
ЦК Коммунистической партии 24 декабря 1919 г. обратился ко всем партийным организациям с циркулярным письмом, в котором вновь указал на исключительно важную роль чрезвычайных комиссий в борьбе Советской власти против своих врагов. «ЧК, — говорилось в письме, — железной метлой должны выметать все признаки измены, саботажа, преступления по службе и спекуляции».
Однако, отмечал ЦК, чрезвычайные комиссии могут иметь всегда положительные результаты в своей работе только в том случае, если в ЧК «на всех ответственных местах будут коммунисты — вполне сознательные, стойкие борцы за рабоче-крестьянскую власть».
К сожалению, в результате неорганизованных мобилизаций, проводимых местными партийными организациями, число коммунистов, работавших в ЧК, порою значительно сокращалось. Отмечая это ненормальное положение, могущее ослабить борьбу ЧК с заговорами, разрухой транспорта, преступлениями и т. д., Центральный Комитет предлагал всем губернским и уездным партийным комитетам:
«Во-первых, немедленно направить на работу во все ЧК (транспортные, губернские и их отделения) наибольшее количество наиболее стойких, могущих быть вполне ответственными, товарищей, чтобы заместить коммунистами все ответственные должности в ЧК.
Во-вторых, при последующих партийных мобилизациях ни в коем случае не мобилизовать комиссаров, разведчиков, следователей и членов коллегии ЧК (транспортных, губернских и их отделений) без согласия на то их коллегий и без замены мобилизованных равноценными работниками.
В-третьих, одновременно с этим начать постепенную планомерную смену давно работающих в ЧК товарищей товарищами новыми…»
Центральный Комитет обязал местные партийные организации «с чрезвычайной внимательностью отнестись к подбору личного состава ЧК». Вместе с тем ЦК указал коммунистам, работавшим в чрезвычайных комиссиях, на необходимость «сделать все возможное для того, чтобы не замыкаться в узкий круг и не отрываться от жизни местных партийных организаций».
Циркулярное письмо ЦК РКП от 24 декабря 1919 г. имело громадное значение для укрепления чрезвычайных комиссий и улучшения партийного руководства всей их деятельностью. Оно с новой силой подчеркивало, что только большевистская партийность и руководство партии могут обеспечить успех мероприятий, осуществляемых ВЧК и ее органами.
Изменение военно-политической обстановки в стране к концу 1919 г. не могло, разумеется, не повлиять и на изменение мер воздействия ВЧК на антисоветские и другие преступные элементы.
17 декабря 1919 г. Ф. Э. Дзержинский издал приказ, представляющий исключительный интерес для понимания основ революционной законности Советского государства. Этим приказом вносилась ясность в вопрос о заложниках и об арестованных вообще, а также об отношении к специалистам.