На этом съезде наиболее ярко проявилось соперничество между ЦДУМ РСФСР и ЦДУМ БАССР, искусственно подогреваемое органами советской власти. 1927 год стал годом начала решительной борьбы против ислама: повсеместно были закрыты медресе, коренным образом изменены школьные программы (в их основу был положен принцип атеистического воспитания детей), начали уничтожаться мечети как рассадники «религиозных пережитков прошлого». К 1930 году было закрыто 87% мухтасибатов, более 70% мечетей, от 90 до 97% мулл и муэдзинов лишены возможности осуществлять свою деятельность. Советская власть прилагала все усилия, чтобы ослабить мусульманские структуры, и сознательно разжигала конфликт между ЦДУМ РСФСР и ЦДУМ БАССР. Однако даже перед лицом общей опасности эти управления не смогли забыть свою вражду и менее чем за десять лет пришли в полный упадок. В 1936 году ЦДУМ БАССР прекратило свое существование, и только Великая Отечественная война спасла от полного исчезновения ЦДУМ РСФСР. 25 октября 1948 года в Уфе открылся IV Всероссийский съезд мусульманского духовенства, по итогам которого ЦДУМ РСФСР было переименовано в Духовное управление мусульман Европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС).
Новый устав муфтията, принятый на том же съезде, лишал его многих полномочий: права выдачи разрешений на открытие новых приходов, образования мухтасибатов, ведения метрических книг, открытия духовных школ и курсов по подготовке служителей культа, организации мероприятий по улучшению материального положения мусульманского духовенства. К этому времени Уфимский муфтият уже не был единственной централизованной мусульманской организацией в СССР. В 1944 году уцелевшие мусульманские общины республик Северного Кавказа были объединены в ДУМ Северного Кавказа (ДУМСК) с центром в Махачакале. Несколько позже аналогичные структуры появились в Средней Азии и Закавказье. Таким образом, мусульманское сообщество СССР было окончательно упорядочено и по национально-географическому признаку разделено на четыре сферы влияния, контроль над которыми возлагался на четыре муфтията.
Среднеазиатское духовное управление мусульман (САДУМ) координировало деятельность мусульманских общин Средней Азии и Казахстана. По своему вероисповеданию подавляющее большинство входящих в него мусульман были ханафитами. Центральный аппарат САДУМа располагался в Ташкенте, а его председатель носил духовное звание муфтия.
Все председатели САДУМ были узбеками.
Фактически Совет по делам религий СССР рассматривал САДУМ как головную мусульманскую структуру страны, так как в его подчинении находилось наибольшее количество общин, а также единственные мусульманские учебные заведения страны – бухарское среднее медресе «Мир-Араб» и ташкентский Исламский институт. Кроме того, хорошо сохранившиеся памятники мусульманской культуры в Бухаре, Самарканде, Ургенче и Туркестане были особенно привлекательны для зарубежных делегаций.
Духовное управление мусульман Закавказья (ДУМЗАК), созданное на базе двух духовных управлений царского времени – Шиитского и Суннитского духовных – правлений, включало в себя мусульманские общины Азербайджана, Грузии и Армении. По своему религиозному составу оно оказалось на две трети шиитским, а на одну треть – ханафито-шафиитским. Ведущую роль в ДУМЗАКе играли шиитыджафариты, из которых избирался его председатель, носивший духовное звание шейх-уль-ислама. Все председатели ДУМЗАКа были азербайджанцами.
По традиции первым заместителем шейх-уль-ислама был суннит, носивший духовное звание муфтия. Впоследствии звания муфтиев получили также представители ДУМЗАКа в Тбилиси и в Батуми. Центральный аппарат ДУМЗАКа разместился в Баку.
Духовное управление мусульман Северного Кавказа (ДУМСК) объединяло мусульманские общины Дагестана, Чечено-Ингушетии, Кабардино-Балкарии, Северной Осетии, Ставропольского и Краснодарского края. По своему религиозному составу оно было шафиито-ханафитским с незначительной долей шиитов-джафаритов. Председателями ДУМСКа, носившими духовное звание муфтия, избирались представители разных, но преимущественно дагестанских, народов. Центральный аппарат ДУМСК располагался в Махачкале.
