Через месяц после смещения Бабаханова, в марте 1989 года, по аналогичному сценарию был спровоцирован кризис в Духовном управлении мусульман Северного Кавказа (ДУМСК).
Образованное в 1944 году ДУМСК на момент своего 45-летнего юбилея располагало более чем 100 мечетями, сосредоточенными преимущественно в Дагестане. Резиденция председателя ДУМСК первоначально размещалась в небольшом дагестанском городе Буйнакске, однако незадолго до описываемых событий была перенесена в Махачкалу. Несмотря на небольшое количество мечетей, структура ДУМСК предполагала выделение казыятов, территориально соответствовавших национальным и наднациональным административным образованиям Северного Кавказа. В период с 1944 по 1978 год ДУМСК возглавляли кумык Хизри Гебеков (1944-1950 гг.), аварец Магомед Курбанов (1950-1975 гг.), аварец Абдулхафиз Омаров (1975-1978 гг.).
В 1978 году председателем муфтията был избран балкарец Махмуд Геккиев, ставший первым муфтием-недагестанцем. К этому времени давление государства на ислам заметно ослабло, что, с одной стороны, позволило с меньшими проблемами открывать новые мечети и контактировать со своими зарубежными единоверцами, а с другой – привело к активизации «альтернативного» ислама.
Официальные лидеры советского ислама по мере сил старались содействовать исламскому возрождению, однако были вынуждены согласовывать свои действия с Советом по делам религий СССР. Нередко под давлением этой организации приходилось принимать сомнительные с богословской точки зрения заявления и фетвы, в угоду атеистической пропаганде бороться с противоречащими советской морали исламскими обычаями. Вряд ли такое «сотрудничество» с властью доставляло большое удовольствие имамам и муфтиям, однако иной возможности сохранить организованную мусульманскую жизнь у них не было.
В годы явных репрессий против духовных лидеров такая позиция находила если не одобрение, то хотя бы понимание простых верующих, однако в преддверии перестройки в их среде стало крепнуть недовольство соглашательством официальных структур. Оппозиционные настроения умело подогревались лидерами «альтернативного» ислама, который на Северном Кавказе был изначально представлен возрождающимися тарикатами – кадирийей, накшбандийей и шазилийей. Именно с ними в последние годы существования ДУМСК пытался бороться муфтий Махмуд Геккиев, однако исход этой борьбы не вызывал сомнений.
Ташкентский переворот, продемонстрировавший не столько слабость «советских» муфтиев, сколько нежелание властей вмешиваться во внутриисламские дела, стал весьма вдохновляющим примером для дагестанских оппозиционеров. Уже в начале марта 1989 года в мечетях Дагестана начали появляться листовки, которые призывали «сделать перестройку у себя в религии» и освободить муфтия Махмуда Геккиева от занимаемой должности по следующим причинам: а) муфтий является ханафитом, в то время как большинство дагестанских мусульман – шафииты, б) он значительно превысил срок пребывания в своей должности и ни разу не отчитался за проделанную работу, в) увеличил себе зарплату в три раза, купил себе четыре квартиры и три машины, г) не проявляет никакой инициативы в открытии новых мечетей, в частности, новой джума-мечети Махачкалы.
Впоследствии в вину Геккиеву были поставлены также беспорядочные половые связи и пьянство. Антигеккиевские листовки составили и распространили члены специально созданной инициативной группы по смещению председателя ДУМСК, во главе которой встал имам одной из махачкалинских мечетей Зайдулла Алибеков.
В эту группу вошли и «профессиональные революционеры», незадолго до этого отметившиеся в Ташкенте. Только через несколько лет стало известно, что и антибабахановская, и антигеккиевская акция были тщательно подготовлены специально обученными ваххабитскими эмиссарами, ставившими своей целью дискредитацию прогосударственных духовных лидеров ислама.
В течение марта и апреля 1989 года активисты оппозиционеров посетили почти все мечети Северного Кавказа и настроили их духовенство против Геккиева. Участники инициативной группы предлагали выбрать на пост председателя ДУМСК имама дагестанского села Тарки Магомеда-Мухтара Бабатова, который, по их мнению, соответствовал всем предъявляемым требованиям и стал бы идеальным муфтием. Сам Бабатов, правда, не принимал никакого участия в развязанной кампании и относился к уготованной ему роли довольно скептически. 12 мая 1989 года в село Тарки приехал лидер инициативной группы Зайдулла Алибеков и предложил Бабатову прибыть на конференцию мусульман Северного Кавказа, созванную противниками Геккиева, и занять по ее итогам (видимо, предрешенным) пост председателя ДУМСК, однако получил отрицательный ответ. Невзирая на позицию таркинского имама, 13 мая противники Геккиева провели в джума-мечети Буйнакска некую «Конференцию мусульман Северного Кавказа», в которой приняло участие около 300 человек. Главными результатами этого сомнительного собрания стали смещение Махмуда Геккиева и избрание на должность председателя ДУМСК Магомеда-Мухтара Бабатова (как уже говорилось, вопреки желанию последнего). В тот же день часть делегатов конференции направилась в Махачкалу, где захватила резиденцию ДУМСК. Поднятые по тревоге сотрудники правоохранительных органов едва успели отбить муфтия и его соратников у митингующих, которые уже собирались устроить самосуд. Этим вмешательство власти во внутримусульманские дела и ограничилось. После атаки резиденции ДУМСК наиболее радикально настроенные делегаты конференции начали стихийный митинг и потребовали встречи с правительством Дагестана.
