Октябрьский переворот 1917 года и события, последовавшие за ним, в корне изменили положение исламского сообщества страны. Первое десятилетие существования Советской России, а затем Советского Союза не сопровождалось серьезными притеснениями мусульман, и даже способствовало бурному росту политической активности в мусульманской среде.
Уже в апреле 1917 года в Уфе прошел губернский съезд мусульман, главной целью которого стала подготовка к I Всероссийскому съезду мусульман. На этом съезде, открытие которого состоялось 1 мая 1917 года, было выдвинуто требование об автономии «тюркско-татарских мусульман внутренней России и Сибири» и о создании представительного органа «тюркско-татарской нации» – Милли Меджлиса. 11 мая съезд принял резолюцию об образовании Всероссийского центрального национального совета мусульман (Милли Шуро) с целью координации действий мусульманских народов. На II Всероссийском мусульманском съезде, открывшемся в Казани в июне 1917 года, предложение о создании Милли Меджлиса было воплощено в жизнь. Исполнительным органом новой структуры стал Милли Идара, состоявший из трех ведомств – духовного, финансового и просветительского. При этом функции духовного ведомства были переданы ОМДС, переименованного в Центральное Духовное управление мусульман внутренней России и Сибири. К этому времени его возглавил новоизбранный муфтий Галимджан Баруди. По мере обострения ситуации в стране, на смену съездам мусульманского духовенства и мирян пришли всероссийские мусульманские военные съезды, на которых ведущую роль играли уже военнослужащие. I Всероссийский мусульманский военный съезд, созванный по их инициативе, прошел 17-26 июля 1917 года в Казани. На нем было решено создать Всероссийский мусульманский Военный Совет (Харби Шуро) с центром в Казани. В основной резолюции съезда отмечалось, что армия должна быть заменена народной милицией; в противном же случае ее надлежало переформировать по национальному признаку. 8 января 1918 года в Казани открылся II Всероссийский мусульманский военный съезд. Его главной целью стало создание Идель-Уральского (Волжско-Уральского) штата (республики). Провозглашение резолюции об образовании ИдельУральской республики было намечено на 1 марта 1918 года, однако советская власть пресекла эту инициативу, арестовав наиболее активных членов съезда. 24 марта 1918 года вышел декрет о ликвидации Харби Шуро, а 21 апреля появилось постановление Наркомнаца о фактической ликвидации Милли Идара (из трех его ведомств сохранилось только одно – духовное). Были также распущены все органы, избранные на I съезде мусульман. После разгрома Милли Идара и Харби Шуро российским мусульманам разрешалось проводить только сугубо религиозные съезды с узко ограниченным кругом рассматриваемых вопросов. В июле-декабре 1917 года в Оренбурге прошли три Все-; башкирских съезда, посвященные преимущественно проблеме формирования башкирской автономии. На третьем съезде (курултае) был принят закон «О религии Башкурдистана», который, в частности, предусматривал создание независимого Башкирского духовного управления мусульман (БДУМ). Формальной причиной создания нового муфтията была объявлена политическая ангажированность Центрального Духовного управления мусульман внутренней России и Сибири (ЦДУМ), однако в действительности образование БДУМ инициировали башкирские общественные деятели, недовольные «татарским засильем» в Уфимском муфтияте.
В течение 5 лет интересы БДУМ и ЦДУМ не пересекались, однако в 1922 году в преддверии II Всероссийского съезда мусульманского духовенства (I съезд прошел в сентябре 1920 года и особых последствий для жизни мусульман не имел) БДУМ попыталось распространить свое влияние на всю Башкирскую АССР (ранее оно действовало только в границах т.н. Малой Башкирии). 10 июня 1923 года – одновременно со II Всероссийским съездом мусульманского духовенства – открылся «духовный съезд представителей населения Башкирии», который принял решение о создании Башкирского центрального духовного управления (ЦДУМ БАССР), ставшего преемником практически бездействовавшего БДУМ. Открытую поддержку этому съезду оказали власти Башкирской АССР, особенно – НКВД БАССР. Главным же событием II Всероссийского съезда мусульманского духовенства, проведенного 10-21 июня 1923 года в Уфе, стало избрание нового муфтия ЦДУМ вместо умершего Галимджана Баруди. Преемником Баруди стал авторитетный богослов Ризаэтдин Фахреддин (Фахреддинов). Кроме того, съезд утвердил новый устав ЦДУМ, который учитывал те серьезные изменения, которые произошли в жизни российских мусульман с 1917 года. III Всероссийский съезд мусульманского духовенства, прошедший 6-10 октября 1926 года в Уфе, был посвящен в основном вопросам внешней политики российской уммы.
