Особое значение российские власти придавали институту военного мусульманского духовенства – полковые муллы служили при многих частях, получая аналогичное полковым священникам жалованье (а нередко и большее), рекруты мусульмане приносили присягу в мечетях. С 1845 года должности военных имамов были введены во всех портах Российской империи. Ко времени Первой мировой войны мусульманам-военным были предоставлены возможности питаться халяльной пищей и получать приемлемые для них награды – например, сделанный в виде медали Георгиевский крест. Мусульмане служили в гвардейских частях, их дети свободно учились в кадетских корпусах, а из лучших кавказских наездников была сформирована Дикая или Туземная дивизия, в составе которой было 6 полков – Дагестанский, Кабардинский, Чеченский, Ингушский, Черкесский и Татарский общей численностью до полутора тысяч человек. Следует отметить, что первая мечеть в Москве, ныне именуемая Исторической, была построена в ознаменование подвигов татарских и башкирских полков, доблестно сражавшихся в Отечественной войне 1812 года.
За хорошую службу муфтии и муллы получали те же привилегии, что и представители православного духовенства. Так, известно, что кавказский муфтий Хусейн Гаябов за особые заслуги перед государством был награжден высоким орденом Святого князя Владимира. Примечательно, что в 2001 году такой же орден был вручен Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II председателю Управления мусульман Кавказа шейх-уль-исламу Аллахшукюру Паша-заде.
Политика Российской империи по отношению к исламу была сформулирована в точной фразе из постановления Государственного Совета в 1887 году. «Мусульмане свободны в отправлении своего культа при условии, что это не будет вредить Православной Церкви», – говорилось в нем. Во второй половине XIX века в среде Поволжской интеллигенции возникло реформаторское движение джадидизм (от араб, «усул-и-джадид» – новый метод), которое изначально касаясь только области образования, впоследствии затронуло и другие стороны жизни мусульманского сообщества. К 80-м годам XIX века джадидизм оформился в мощное общественно-политическое движение, представители которого требовали реформировать духовное образование, а также призывали развивать науку, просвещение и книгоиздание– Именно джадиды стали в 1905 году инициаторами создания первой мусульманской политической партии – либерально-демократического движения «Иттифакаль-муслимин».
Принятый в 1905 году Закон о веротерпимости мало сказался на жизни мусульман, которые и без него пользовались большой свободой, однако именно в начале XX века им удалось построить мечети в некоторых городах Центральной и Северо-Западной России – Санкт-Петербурге, Твери, Ярославле и Костроме. С другой стороны, именно принятие этого закона привело к активизации политической жизни российской уммы. 15 августа 1905 года в Нижнем Новгороде на пароходе «Густав Струве» тайно прошел I Всероссийский мусульманский съезд, в котором приняло участие около 120 человек.
По итогам съезда был одобрен царский манифест от 6 августа о созыве Думы и принято решение о создании общероссийской организации мусульман. II Всероссийский мусульманский съезд также тайно состоялся в январе 1906 года в Санкт-Петербурге. На нем были приняты решения о создании политической партии «Иттифак-аль-муслимин» и поддержке кадетов на выборах в I Государственную Думу. Ключевым положением платформы «Иттифака» стало требование о предоставлении мусульманским народам России права на самоопределение. И после 1917 года они получили это право, что привело исламское сообщество к немедленному организационному коллапсу, последствия которого дают о себе знать до сих пор.
В августе 1906 года в Нижнем Новгороде уже вполне легально прошел III Всероссийский мусульманский съезд. В числе прочих документов он принял проект общего управления мусульман России из 13 пунктов. Так, муфтиев предполагалось переименовать в шейх-уль-исламов, а во главе их поставить раис-уль-улема, который бы имел право личного доклада императору о нуждах мусульман. При этом предполагалось также ввести пост шейх-уль-ислама для Туркестана и Семиреченской области и образовать там отдельное духовное правление. Последняя инициатива была воплощена в жизнь уже при советской власти, которая в 1944 году инициировала создание ДУМ Средней Азии и Казахстана. 3 декабря 1913 года 39 членов Государственной Думы внесли законодательное предложение об учреждении особого духовного управления для мусульман Северного Кавказа «по образцу Закавказского муфтията». Совет министров, приняв во внимание заключение министра внутренних дел, «нашел означенное предложение неприемлемым, как затрагивающего лишь часть поставленного уже Министерством внутренних дел на очередь общего вопроса об упорядочении высшего управления делами магометан в тех местностях Империи, где такового управления не имеется». В итоге Северокавказский муфтият был создан только в 1944 году.
