Ситуация, сложившаяся в пензенской умме, была посвоему типична и противостояние двух управлений могло продолжаться неопределенно долго без существенных изменений, если бы не один фатальный просчет Независимого ДУМ Пензенской области. Близкий соратник Юнкина Хафиз Акчурин во время губернаторских выборов 1998 года втянул муфтия в политическую борьбу и заставил его выступить в поддержку действующего губернатора Анатолия Ковлягина. Вопреки всем ожиданиям, Ковлягин выборы проиграл, а новый губернатор Василий Бочкарев припомнил муфтию его заявления, став открыто поддерживать ЕДУМ Аббаса Бибарсова, занявшего более дальновидную позицию во время предвыборной гонки. Вскоре ЕДУМ ПО было признано единственным легитимным управлением мусульман в области со всеми вытекающими последствиями. Подконтрольное Бочкареву Управление юстиции Пензенской области попыталось лишить муфтият Юнкина регистрации через суд, но после ряда неудач сменило тактику, просто отказывая подчиненным ему общинам в перерегистрации. В итоге к осени 2001 года Независимое ДУМ Пензенской области, некогда объединявшее две трети мусульманских приходов области, сохранило контроль только над 5 общинами из 46 зарегистрированных в регионе. Аналогичные просчеты допустил в 1997 году муфтий ДУМ Сибири и Дальнего Востока Зулькарнай Шакирзянов, вмешавшийся в борьбу между главой областной администрации Леонидом Полежаевым и мэром Омска Валерием Рощупкиным на стороне последнего, после чего губернатор отказался иметь с ним какие-либо дела и стал искать альтернативную фигуру. Неудивительно, что 1998 году лидеры ДУМАЧР встретили в Омской области теплый прием и смогли без труда заручиться содействием ее администрации в создании альтернативной Омскому муфтияту структуры.
Даже скандальный курултай августа 2000 года, серьезно подорвавший авторитет ДУМАЧР, не привел к нормализации отношений Шакирзянова и Полежаева.
В Свердловской области глава местного муфтията Сибгатулла Сайдуллин также включился в борьбу между губернатором области и мэром Екатеринбурга, однако его мотивация была совсем иной, чем у коллег из Пензы и Омска. В 1997 году губернатор Свердловской области Эдуард Россель принял делегацию новообразованного ДУМАЧР и одобрил предложенные инициативы по активизации мусульманской жизни в регионе, видимо забыв, что в области уже существует вполне дружественная ему мусульманская централизованная структура. Реализованная Нафигуллой Ашировым и Абдул-Вахедом Ниязовым программа «активизации мусульманской жизни» на деле привела к возникновению альтернативной Екатеринбургскому муфтияту структуры – Свердловского казыята ДУМАЧР, который был зарегистрирован летом 1999 года при деятельном участии советника Росселя по религиозным вопросам Виктора Смирнова. Обеспокоенный развитием ситуации верховный муфтий Талгат Таджуддин направил Эдуарду Росселю письмо с просьбой воздержаться от поддержки ДУМАЧР, аналогичные рекомендации поступили также из Управления ФСБ по Свердловской области, однако губернатор проигнорировал эти предупреждения, в итоге настроив против себя ранее лояльного муфтия Сибгатуллу Сайдуллина. На очередных выборах губернатора Сайдуллин поддержал кандидатуру мэра Екатеринбурга Аркадия Чернецкого, в то время как сторонники ДУМАЧР и лично Аширов вели энергичную агитацию за действующего губернатора. После победы Росселя положение екатеринбургского муфтия еще более ухудшилось. К середине 2000 года раскол затронул уже треть общин Регионального ДУМ Свердловской области и лишь скандал с арестом активиста Екатеринбургского казыята Махмуджона Сатимова несколько приостановил экспансию ДУМАЧР. В отличие от региональных муфтиев ЦДУМ, искушенные в политических интригах лидеры Совета муфтиев России предпочитали действовать более осторожно, не предпринимая рискованных авантюр в ходе предвыборных кампаний и поддерживая только заведомых победителей.
Единственным исключением из этого правила стали выборы губернатора Тюменской области, в ходе которых Нафигулла Аширов поддержал не явного фаворита – действующего губернатора Тюменской области Леонида Рокецкого, а его главного оппонента – Сергея Собянина, который в итоге и стал новым губернатором. Конечно, можно объяснить выбор Аширова особой политической прозорливостью, однако в действительности отношения «верховного муфтия Азиатской части России» с Рокецким были настолько натянутыми, что дополнительно испортить их было уже невозможно. С другой стороны, в случае победы Собянина ДУМАЧР имело неплохие шансы получить преимущество перед своими конкурентами и вновь установить контроль над мусульманским сообществом Тюменской области.
