Правоохранительные органы возбудили против инициаторов захвата здания бывшего медресе Габдуллы Галиуллина и ректора казанского медресе имени 1000-летия ислама Исхака Лутфуллина уголовные дела, инкриминировав им также захват мечети «Аль-Марджани» в 1994 году. Параллельно в республиканской прессе была развернута кампания по дискредитации Галиуллина и Лутфуллина, обвинявшихся в краже одноразовых шприцов, избиении пожилых прихожан и связях с криминальными структурами. Габдулла Галиуллин, в свою очередь, стал активно заниматься политикой и в июне 1996 года выступил инициатором создания движения «Мусульмане Татарстана» естественно, оппозиционного Шаймиеву. По мнению автора статьи «Омет» в справочнике по общественно-политическим движениям и партиям Татарстана, «до начала 1998 г. движение «Мусульмане Татарстана» потенциально обладало значительными электоральными возможностями» и, следовательно, представляло реальную угрозу для режима Шаймиева. Наличие в республике двух муфтиятов, лидеры которых были равно недружественны власти Татарстана, и потенциальная опасность политических инициатив Габдуллы Галиуллина подвигли президента Татарстана Шаймиева на прямое вмешательство во внутримусульманские дела. В конце 1997 года власти Татарстана начали подготовку к III съезду ДУМ РТ, на который возлагались особые надежды. Президент Татарстана организовал встречу Габдуллы Галиуллина и председателя ЦДУМ Талгата Таджуддина и заручился их поддержкой, пообещав обеспечить честные выборы единого татарстанского муфтия. Однако за 10 дней до открытия съезда муфтий Габдулла Галиуллин и лидеры партии «Иттифак» обвинили светские власти Татарстана в давлении на будущих участников съезда и пригрозили отменить его созыв. 14 февраля 1998 года, как и планировалось заранее, в Казани открылся III съезд ДУМ РТ, впоследствии названный Объединительным. Съезд прошел без каких-либо эксцессов и по заранее прописанному сценарию. Президент Татарстан Минтемир Шаймиев в своей программной речи достаточно прозрачно намекнул, кого он хотел бы видеть на посту муфтия единого ДУМ РТ. Вкупе с проделанной региональными администрациями работой и усилиями правоохранительных органов речь Шаймиева предопределила итоги голосования и новым председателем ДУМ РТ был избран заместитель Габдуллы Галиуллина Гусман Исхаков, сын духовной наставницы жены президента Шаймиева Рашиды-абыстай.
Интересно, что на пост татарстанского муфтия по предложению председателя центра «Иман» Валиуллы Якупова выдвигалась и всерьез рассматривалась кандидатура самого Шаймиева, однако президент Татарстан предпочел отказаться от сомнительного статуса «халифа». Муфтии Габдулла Галиуллин и Фарид Салман Хайдаров, председатель Регионального ДУМ Татарстана в составе ЦДУМ, по итогам съезда лишившиеся своих постов, заявили о подтасовке его результатов и непризнании Исхакова главой ДУМ РТ. 22 февраля в Нижнекамске прошел альтернативный съезд мусульманского духовенства, столь же представительный, как и III съезд ДУМ РТ. Принятую резолюцию – «признать решение объединительного съезда, организованного аппаратом президента, недействительным» – они направили муфтию Габдулле Галиуллину, считая его и впредь своим муфтием. Руководитель пресс-центра ДУМ РТ Зухра Гайсина пообещала, что подобные съезды пройдут и в других городах – в первую очередь в Набережных Челнах. Предсказанная лидерами «Иттифака» кампания неповиновения началась, однако желаемых результатов не достигла: зарождающийся бунт был быстро подавлен совместными усилиями лидеров единого ДУМ РТ и правительства Татарстана. На состоявшемся 18 марта 1998 года первом пленуме ДУМ РТ Фарид Салман и Габдулла Галиуллин добровольно сложили с себя полномочия и согласились работать в новом муфтияте. Галиуллин был избран председателем Совета улемов, а Хайдаров возглавил цензорскую комиссию, контролирующую издание религиозной литературы. В 1999 году и Хайдаров, и Галиуллин вновь перешли в оппозицию к ДУМ РТ и правительству Татарстана. Габдулла Галиуллин преобразовал движение «Мусульмане Татарстана» в партию «Омет», вступившую в союз с левыми силами, а Фарид Салман Хайдаров реанимировал Региональное ДУМ Татарстана в составе ЦДУМ. Движение «Омет», лидер которого лишился поддержки большей части мусульманского духовенства и блокировался с достаточно маргинальными организациями, уже не представляло прежней угрозы для татарстанских властей, а для нейтрализации Регионального ДУМ Татарстана и аналогичных организаций в июле 1999 года был принят Закон Республики Татарстан «О свободе совести и о религиозных объединениях», в 5-м пункте 9-й статьи которого было прописано, что «мусульманские религиозные организации в Республике Татарстан представляются и управляются одной централизованной религиозной организацией – Духовным управлением мусульман Республики Татарстан». Раскол мусульманского сообщества Пензенской области произошел еще в 1992 году, когда часть пензенских общин под руководством имама Аббаса Бибарсова вошла в созданное его сыном Межрегиональное ДУМ Среднего Поволжья (МДУМ СП). Большая же часть мусульманских приходов осталась в юрисдикции ЦДУМ, и в 1994 году на их базе было создано Региональное ДУМ Пензенской области, которое возглавил имам одной из мечетей села Средняя Елюзань Адельша Юнкин. Вялотекущая борьба между двумя духовными управлениями продолжалась до декабря 1997 года, когда при невыясненных обстоятельствах был собран расширенный пленум ДУМ Пензенской области с участием представителей общин юрисдикции МДУМ СП. Участники пленума освободили от занимаемых должностей муфтия Аделышу Юнкина и его ближайшего соратника Абубакра Бикмаева, имам-хатыба Пензенской соборной мечети, провозгласив единым муфтием Пензенской области Аббаса Бибарсова. В марте 1998 года на базе лояльных новому муфтию общин было создано Единое ДУМ Пензенской области (ЕДУМ ПО), вошедшее в состав Совета муфтиев России. В свою очередь, муфтий Адельша Юнкин зарегистрировал на базе оставшихся общин альтернативное Независимое ДУМ Пензенской области.
