В августе 1992 года активисты партий Всетатарский общественный центр, «Иттифак» и «Азатлык» сыграли решающую роль в созыве учредительного съезда независимого ДУМ РТ. По мнению Талгата Таджуддина, озвученному «Российской газетой», этот съезд финансировался лидерами Всетатарского общественного центра братьями Кашаповыми. После создания ДУМ РТ власти Татарстана без проволочек признали его легитимность и стали открыто отдавать предпочтение муфтию Габдулле Галиуллину, хотя лояльные ДУМЕС имам-мухтасибы все еще контролировали большинство общин республики.
В конце 1995 года Габдулла Галиуллин перешел в оппозицию Шаймиеву, и татарстанский президент, дороживший своим авторитетом в мусульманском мире, впервые открыто вмешался во внутримусульманские дела. По его инициативе в феврале 1998 года был созван III съезд ДУМ РТ, названный впоследствии Объединительным. Новым председателем ДУМ РТ стал полностью лояльный Шаймиеву Гусман Исхаков. Многие аналитики и мусульманские лидеры склонны считать, что итоги съезда были заранее предопределены работой, проведенной среди его делегатов местными администрациями по указанию республиканских властей. Чтобы закрепить достигнутый успех и застраховать мусульманское сообщество от новых расколов, в июле 1999 года был принят Закон Республики Татарстан «О свободе совести и о религиозных объединениях», в соответствии со статьей 10 (пункт 5) которого «мусульманские религиозные организации в Республике Татарстан представляются и управляются одной централизованной религиозной организацией – Духовным управлением мусульман Республики Татарстан». Эта статья (отмененная по решению Конституционного суда России летом 2001 года) фактически поставила вне закона все альтернативные ДУМ РТ мусульманские централизованные структуры. Попытки воссоздать в республике Региональное ДУМ Татарстана в составе ЦДУМ особым успехом не увенчались, и последняя община этого муфтията – казанская мечеть «Булгар» была силой переведена в юрисдикцию ДУМ РТ в октябре 2001 года.
В свою очередь, власти Республики Башкортостан имели другую мотивацию для раскола ДУМЕС. Более всего в этой организации их не устраивал крайне низкий процент башкир в руководящем звене. Данный факт особенно болезненно воспринимался на фоне бурного роста башкирских националистических движений, ставшего неизбежной издержкой первого этапа «суверенизации». Организации такого рода, будучи зависимыми от республиканских властей, в свою очередь, оказывали заметное влияние на формирование новой башкортостанской идеологии. Основным источником идей для нее стал недолгий период политической активности башкир в 1917-1918 году, в частности, ознаменовавшийся созданием национального ДУМ.
Возникшее в августе 1992 года независимое ДУМ РБ, несмотря на провозглашенный башкиро-татарский характер, стало точной копией башкирского ДУМ советских времен, осенью 1994 года почти дословно воспроизведя его требования об отчуждении всего недвижимого имущества ЦДУМ Внутренней России и Сибири в свою пользу. Со временем борьба ДУМЕС-ЦДУМ и ДУМ РБ приобрела затяжной характер, и власти Башкортостана предпочли от нее дистанцироваться. Политика невмешательства во внутримусульманский конфликт проводилась властями республики вплоть до весны 2000 года, когда Президент РФ В.В. Путин якобы намекнул президенту Республике Башкортостан Муртазе Рахимову о необходимости оказать поддержку ЦДУМ и по возможности устранить раскол исламского сообщества республики. 5 июня 2000 года госсекретарь республики И.А. Адигамов вызвал председателя ДУМ РБ муфтия Нурмухаммада Нигматуллина и его первого заместителя Айюба Бибарсова для приватной беседы и предложил им на «принудительно-добровольной основе» войти в состав ЦДУМ, в противном случае обещая провести работу на местах и инициировать воссоединение муфтиятов «снизу». Эту встречу предварил ряд статей в правительственных СМИ, направленных на дискредитацию ДУМ РБ.
Нурмухаммед Нигматуллин, весьма серьезно воспринявший угрозы Адигамова, поспешил обратиться за помощью к председателю Совета муфтиев России муфтию Равняю Гайнутдину. 9 июня Совет муфтиев России обнародовал заявление, в котором, в частности, утверждалось, что «попытка грубого вмешательства со стороны должностных лиц государственного аппарата Республики Башкортостан во внутренние дела верующих представляет собой явное нарушение Конституции и законов РФ и РБ и норм международного права». Оперативная реакция лидеров Совета муфтиев на попытку ликвидации ДУМ РБ и кампания в дружественных им СМИ вынудили башкортостанские власти объявить произошедший инцидент личной инициативой Адигамова и освободить его от занимаемой должности. Эта история наглядно продемонстрировала, что манипуляции с мусульманским сообществом не всегда заканчиваются победой местных властей. Впрочем, скорее всего скандал с объединением ЦДУМ и ДУМ РБ действительно был вызван личной инициативой Адигамова, не имевшего никакой санкции сверху.
