Чтобы избежать судьбы бывшего муфтия ДУМ Чечено-Ингушетии Шахида Газабаева, жестоко избитого, а затем похищенного боевиками, в феврале 1995 года Алсабеков бежал в Казахстан (С 1990 по 1991 год он был ректором Исламского института в Алма-Ате). Новым муфтием Чечни вновь стал Магомед-Башир Арсунукаев. Ненадолго.
В марте 1995 года в селении Ведено глава небольшого бандформирования Ахмад Кадыров на сходе ведущих полевых командиров был избран (а фактически назначен) новым муфтием Чечни. Вскоре он объявил России джихад от имени Исламской республики Ичкерия, образованной на том же сходе. По информации корреспондента «Новой газеты»
Анны Политковской, за это Кадыров был премирован несколькими нефтевозами и нефтескважинами на территории.
Ножай-Юртовского и Грозненского сельского районов. Как бы то ни было, новый муфтий Чечни надолго стал верным союзником Джохара Дудаева, а затем и его преемника Аслана Масхадова.
Такая «симфония» светской и духовной власти продолжалась достаточно долго – почти четыре года. Первые признаки нового кризиса в отношениях между муфтием и президентом Чечни Асланом Масхадовым проявились в 1998 году, когда резко активизировавшиеся в республике салафиты-ваххабиты начали наступление на традиционный ислам, избрав своей главной целью Кадырова. Пережив к маю 1999 года шесть покушений, Кадыров стал серьезно сомневаться в способности Масхадова справиться со сторонниками «чистого» ислама, на стороне которых находились уже почти все ведущие полевые командиры. Кроме того, в феврале 1999 года Масхадов, желая упрочить свою власть, ввел в республике шариатское правление и лишил Кадырова значительной части административных полномочий. После начала контртеррористической операции в Чечне Кадыров, которого больше ничто не связывало с Масхадовым и полевыми командирами, стал лидером промосковских чеченцев. Летом 2000 года он возглавил временную администрацию Чечни и одним из первых указов запретил деятельность в республике ваххабитов, законодательно закрепив разделение чеченских мусульман на «хороших» и «плохих». Сейчас именем Кадырова называют улицы, площади и школы, причем не только в Чечне.
В других субъектах Российской Федерации взаимоотношения светских и духовных властей протекали далеко не столь остро, как в Чечне, однако и в смягченном варианте попытки манипулирования исламским сообществом не^ редко приводили к тяжелым последствием.
Наибольший урон от политики региональных лидеров претерпело ДУМЕС, распространявшее свою юрисдикцию на территории от Камчатки до Молдавии. Развал Советского Союза и последовавший за ним «парад суверенитетов» внутри самой России имели для единства ДУМЕС фатальные последствия. Общины ДУМЕС, находившиеся в европейских странах СНГ – Украине, Молдавии, Белоруссии и странах Балтии, уже не могли юридически обозначить свое членство в этой структуре, что принудило их создавать собственные централизованные организации. Процесс становления новых муфтиятов сопровождался неизбежными расколами, особенно серьезно поразившими украинскую умму.
На территории России главную угрозу для целостности ДУМЕС стали представлять Республики Татарстан и Башкортостан, получившие особо привилегированный статус и всячески укреплявшие свою новообретенную государственность любыми, в том числе и весьма сомнительными, способами.
Изменения в статусе бывшей Татарской АССР привели к тому, что власти «суверенного государства» Республики Татарстан просто не могли позволить, чтобы их ведущие религиозные организации управлялось с территории «соседздании такой «церкви» на основе альтернативной Московскому Патриархату юрисдикции. На этом фоне мусульманское сообщество республики, на которое возлагались особые надежды, не имело никаких шансов избежать принципиальных реформ своего административно-территориального деления.
Президент Татарстана Минтемир Шаймиев в 1991 году попытался уговорить верховного муфтия Талгата Таджуддина перенести штаб-квартиру ДУМЕС в «центр российского ислама» – Казань, и, получив отказ, стал готовить почву для создания собственного муфтията. Роль «застрельщиков» сепарационного процесса была отведена татарстанеким националистическим партиям, в первой половине 90-х годов вполне подконтрольных республиканским властям.