В Омской области в 2000 году сотрудники ФСБ задержали сразу двух имамов ДУМАЧР – Хаджи Худжаева и Мохаммада Шоймуродова. Имам ишимской общины ДУМАЧР Хаджи Худжаев был объявлен в международный розыск за преступления, направленные на насильственный захват власти в Узбекистане.
Примечательно, что его задержание производилось во время проходившего в Омске II курултая ДУМАЧР и фактически привело к срыву этого мероприятия. В свою очередь, имам омской мечети «Хаир-Ихсан» таджик Мохаммад Шоймуродов был арестован в декабре 2000 года за сбыт героина.
При этом Управление ФСБ по Омской области отметило, что мечеть «Хаир-Ихсан» является местом притяжения для «экстремистски настроенных «прихожан» из других регионов страны и даже из-за границы» и что Шоймуродов является уже вторым ее имамом, задержанным за оборот наркотиков. Интересно отметить, что лидеры подконтрольной ДУМАЧР общины «Хаир-Ихсан» принимали активное участие в борьбе против недружественного Совету муфтиев России лредседателя ДУМ Сибири муфтия Зулькарная Шакирзянова, в том числе используя существующие в регионе трения между казахами и татарами.
В Томске одним из инициаторов раскола местной мусульманской общины выступил имам-хатыб Красной мечети Низамутдин Джумаев, таджик по национальности. Интересно, что его главным оппонентом оказался киргиз Нурулла Колыкахунов, также уроженец Средней Азии. Лидер Забайкальского (Читинского) казыята ДУМАЧР узбек Розумбай Сопыев своим поведением вообще дискредитировал в глазах читинских мусульман духовное звание имама. В 2004 году принадлежавший ему конь, содержавшийся в городской застройке и скудно питавшийся отбросами с помойки, сильно покусал маленькую девочку. По итогам судебного разбирательства Сопыев был признан виновным и обязывался выплатить пострадавшим 26 тыс. рублей. Впрочем, читинский казый обвинялся также в узурпации власти и в присвоении денег, собранных на строительство мечети в городе Борзя. В Республике Хакасия местные власти весьма настороженно восприняли информацию о том, что на пост главы Саянского казяыта ДУМАЧР претендует племянник первого чеченского президента Салман Дудаев. В сообщении Агентства деловой информации по этой теме, в частности, отмечалось, что «традиционно лидерами мусульман в Хакасии становились татары и узбеки». В ноябре 1993 года во Владивостоке была зарегистрирована первая мусульманская община – Приморская краевая религиозная мусульманская община «Ислам», которую возглавил узбек Алимхан Магрупов. Первоначально представители всех мусульманских диаспор города входили в «Ислам», однако со временем стало явно проявляться тяготение лидера «Ислама» к чечено-ингушской, узбекской и таджикской диаспорам в ущерб интересам татаро-башкир и азербайджанцев. В 1997 году в общине «Ислам» произошел первый раскол. Один из лидеров татаро-башкирской общины края Ринат Якупов из-за разногласий с Магруповым вышел из «Ислама» и предложил свои услуги ЦДУМ. Вскоре после этого Талгат Таджуддин назначил Якупова своим полномочным представителем в Приморском крае и поручил ему образовать Региональное ДУМ Приморья, которое, правда, было создано только на бумаге.
К весне 2001 года Магрупов, к этому времени возглавивший Приморский казыят ДУМАЧР, испортил отношения даже с северокавказской общиной Владивостока. Помимо этого, его деятельность спровоцировала в Приморском крае христиано-мусульманский конфликт, осложненный серьезными трениями между общиной «Ислам» и мэрией Владивостока. Лидеры дагестанской общины «Ватан» стали серьезно задумываться о выходе из ДУМАЧР и переходе в юрисдикцию ЦДУМ. 8 июня 2001 года Магрупов был освобожден от должности председателя общины «Ислама». Новым председателем общины стал татарин Риф Харисов, после чего жизнь приморских мусульман вошла в нормальную колею.
До 1999 года единственная мусульманская община Камчатской области, существовавшая с 1991 года, входила в юрисдикцию ЦДУМ, однако вскоре после образования ДУМАЧР перешла в его подчинение. Председатель петропавловской общины аварец Усман Усманов был назначен главой образованного на территории Камчатской области и Корякского автономного округа Камчатского казыята ДУМАЧР. Произошедшая смена власти не вызвала большого энтузиазма у татар и башкир, составлявших большинство мусульман области, тем более, что Усманов имел устойчивую репутацию одного из крупнейших бандитских «авторитетов» региона. Масла в огонь подлила и ссора между Усмановым и приехавшим по его приглашению татарским имамом Маратом Разуваевым, который не получил достаточного денежного содержания и был вынужден устроиться на работу в порт. Подобно Магрупову, Усманов успел спровоцировать в Петропавловске-Камчатском межрелигиозный конфликт и надолго испортить отношения с местными властями. Не избежали проблем с мигрантами и другие духовные управления – члены Совета муфтиев России. Особенно не повезло Региональному ДУМ Ульяновска и Ульяновской области муфтия Тагира Шангареева. В середине 90-х годов он пригласил трех арабов-преподавателей для работы в своем медресе. К 1999 году деятельность гостей, по мнению Шангареева, приобрела формы, несовместимые с первоначальными договоренностями. Альтернативный муфтий Ульяновской области попытался избавиться от своих гостей, что в итоге привело к распаду его карликового муфтията. Летом 1999 года на базе 3 из 5 общин Регионального ДУМ Ульяновска и Ульяновской области было создано Центральное ДУМ Ульяновской области, которое возглавил сподвижник арабских преподавателей муфтий Фатых Алиуллов.
