Вскоре Центральное ДУМ Ульяновской области стало главным оппонентом Регионального ДУМ Ульяновской области юрисдикции ЦДУМ. Летом 2001 года Фатых Алиуллов смог даже сместить председателя РДУМ УО муфтия Айюба Дебердеева и на несколько недель установить контроль над его муфтиятом. Деятельность, направленная на раскол российского ислама, инкриминировалась также арабским преподавателям октябрьского и бугурусланского медресе.
В июле 2001 года в аэропорту «Шереметьево-I» был задержан уроженец Ленинабадской области Таджикистана Аббос Мирахмедов. Помимо подложного заграничного паспорта, у него была обнаружена большая доза героина, спрятанная между страницами Корана. Аббос Мирахмедов работал имам-хатыбом пермской Соборной мечети – единственной на то время мусульманской общины Пермской области, находящейся в юрисдикции ДУМЕР, и занимал должность заместителя полномочного представителя ДУМЕР в области по работе с имамами. В ноябре 2005 года депортированный в Таджикистан Мирахмедов был арестован по обвинению в террористической деятельности и других крупных государственных преступлениях. Этому соратнику муфтия Равиля Гайнутдина инкриминировалось создание террористической ячейки печально известного Исламского движения Узбекистана. Летом 1998 года начались серьезные трения между общиной пермской Соборной мечети и новым муфтием Пермской области Мухаммедгали Хузиным. Большая часть прихожан этой общины состояла из этнических чеченцев, азербайджанцев и таджиков, что привнесло в конфликт этнический фактор. В полемике со своими оппонентами Хузин обвинил фактического лидера общины Соборной мечети Аббоса Мирахмедова в распространении ваххабизма и участии в наркомафии. В ответ пресс-секретарь общины Радик Гарипов заявил, что «имеют место попытки противопоставить татарское население прихожанам мечети других национальностей. Результаты этой работы мы тоже видим, потому что татары, действительно, не так часто заходят, как азербайджанцы, таджики, узбеки», и определил информацию Хузина относительно ваххабизма и наркотиков в мечети как клевету. В 1999 году мятежная община вышла из ЦДУМ и подала документы на перерегистрацию в ДУМЕР. Зимой 2000 года председатель ДУМЕР муфтий Равиль Гайнутдин посетил Пермь и основал в ней постоянное представительство ДУМЕР во главе с Хамидом Галяутдиновым. Галяутдинов, Гарипов и Мирахмедов развернули в области активную работу по привлечению мусульманских общин на свою сторону и даже попытались открыть в Перми отделение Московского исламского университета. Случай с Мирахмедовым сильно затруднил их работу и только после второго визита Равиля Гайнутдина в Пермь ДУМЕР удалось примириться с областными властями.
Предположительно в 1999 году русский мусульманин Олег (Мустафа) Стародубцев и студент-медик палестинского происхождения Эль Бардвил Висам Али Мохамед Ибрагим начали активно формировать новую мусульманскую общину в Петрозаводске, привлекая в нее преимущественно людей православной культуры (русских, карелов, финнов) и арабских студентов, обучавшихся в вузах города. В 2000 году община была зарегистрирована в составе ДУМЕР, а ее имамхатыбом стал Висам Бардвил. К концу 2000 года Бардвил перевел в юрисдикцию ДУМЕР костомукшскую махалля, а также сформировал в Кондопоге этническую чеченскую общину, зарегистрированную в начале 2001 года. Тем самым имам-хатыб создал необходимую базу для регистрации централизованной мусульманской структуры.
Петрозаводская община сразу привлекла к себе пристальный интерес правоохранительных органов Карелии – заместитель Висама Бардвила Мустафа Стародубцев открыто заявлял о своей принадлежности к ханбалитскому мазхабу суннизма, да и биография самого палестинского имама оказалась весьма интересной. Эль Бардвил Висам Али Мохамед Ибрагим родился в 1975 году в Ливии, там же окончил среднее медресе. В 1993 году он приехал в Карелию, получив визу для обучения на медицинском факультете Петрозаводского университета. До этого некоторое время путешествовал по России, в частности, проведя два месяца в Астрахани. В 1994 и 1996 годах Бардвил дважды отчислялся за неуспеваемость, выезжал за рубеж, однако впоследствии восстанавливался. Постепенно Бардвил стал неформальным лидером небольшой мусульманской общины, состоявшей преимущественно из студентов-медиков арабской и пуштунской национальностей. В 2000 году он был окончательно отчислен из медицинского университета, однако к этому времени успел жениться на русской немке Виктории-Фатиме Вебер и получить российское гражданство.
