Попытки мигрантов обратить внимание на свои проблемы редко находили понимание, зато нередко провоцировали недовольство чрезмерно активными «пришельцами». Не найдя поддержки, они были вынуждены либо создавать собственные мусульманские общины, либо приходить к власти в татарских махалля. Во втором случае мигранты автоматически включились во внутримусульманские конфликты, осложняя их новым фактором. Наиболее активными на этом поприще стали узбеки, таджики, чеченцы и аварцы, наиболее пассивными – азербайджанцы. Особое место среди новоприбывших мусульман заняли арабы, нередко приезжавшие в Россию из вполне благополучных стран в качестве инструкторов по идеологии.
Противоборствующие мусульманские структуры довольно быстро научились извлекать выгоду из сложившейся ситуации. Мусульмане-мигранты были востребованы ДУМАЧР, ДУМЕР и ДУМ Поволжья, в то время как ЦДУМ и ДУМ РТ предпочли вести «ксенофобскую» линию.
Выходцы из Средней Азии и Северного Кавказа приняли активное участие в становлении ДУМАЧР, составив заметную часть его региональных лидеров. Авторитет имеющего криминальное прошлое «верховного муфтия Азиатской части России» Нафигуллы Аширова среди татарских и башкирских имамов оказался не слишком высок, поэтому его главными союзниками на Урале, в Забайкалье и на Дальнем Востоке стали узбеки, таджики, аварцы, вайнахи и арабы. Представители этих народов возглавили Челябинский, Приморский, Саянский (Хакасский), Томский, Забайкальский (Читинский), Саха-Якутский и Камчатский казыяты, весьма заметно их влияние стало в Курганском, Свердловском и Омском казыятах.
Муфтий Умар Идрисов о миграции.
«Одним из вызовов татарской нации является усиливающаяся миграция кавказских и среднеазиатских мусульман во внутренние районы России. На протяжении веков наша нация была единственной мусульманской силой в этих регионах; с учетом менталитета татар, и с учетом того, что во многих землях внутренней России татары являются коренным народом, у нас никогда не было такого уровня межэтнической напряженности, которая возникла в последние годы и грозит усилиться в ближайшем будущем. Фактически продолжение этого процесс грозит татарам утратой их статуса второй по численности нации в России, со всеми вытекающими последствиями. Изменяется облик наших мечетей, мы вынуждены переходить на русский язык в общении с прихожанами во время даже пятничных проповедей. Они гораздо более пассионарны, чем татары, и уже сегодня требуют пока еще не числом, но, как говорится, качеством – а именно своей напористостью и энергичностью. Если сегодня татары все еще находятся в большинстве в тех или иных общинах, то с учетом дальнейшего роста миграции уже в ближайшее время это может привести к тому, что во главе мечетей и духовных управлений мусульман станут представители совсем других наций, воспитанные в совершенно иных условиях и даже не представляющие всей истории взаимоотношений мусульман и христиан в том или ином городе».
Курганская область долгое время находилась вне арены мусульманского противостояния. Раскол в ней начался лишь в 1997 году, когда усилиям эмиссаров Аширова курганская община вышла из состава ЦДУМ и выступила одним из соучредителей МДУМСДВ-ДУМАЧР. Вскоре эта община стала центром Курганского казыята ДУМАЧР, который возглавил имам-мухтасиб Салават Каримов, ранее занимавший аналогичный пост в Челябинско-Курганском муфтияте ЦДУМ. Смена юрисдикции не принесла татарину Каримову ожидаемых благ – фактическое руководство казыятом стали осуществлять имам-хатыб курганской общины таджик Зейдулло Мизропов и члены чеченской диаспоры. Вскоре они окончательно оттеснили имам-мухтасиба на второй план, «отлучив» его от пятничного намаза за «несовместимое с нормами ислама поведение». Впоследствии был смещен со своей должности и председатель курганской общины Габдулла Исакаев, обвиненный в присвоении 15 тысяч долларов, выделенных на строительство Курганской соборной мечети. В итоге среди курганских мусульман начался межнациональный конфликт.
Выразителем интересов Нафигуллы Аширова в Челябинской области стал сириец Салех Абдель Рахман Гази, получивший пост казыя Челябинского казыята. Методы его работы отличались большой оригинальностью, и вскоре в адрес казыя были выдвинуты документально подтвержденные обвинения в приверженности к экстремистской идеологии и разжигании межнациональной вражды. К 2000 году деятельность Салеха спровоцировала несколько стычек между сторонниками ДУМАЧР и ЦДУМ, чем сильно осложнила ситуацию в мусульманском сообществе области. В итоге администрация Челябинской области подписала соглашение о сотрудничестве с ЦДУМ, по которому его приоритетным партнером стало Региональное ДУМ Челябинской и Курганской областей. 4 июля 2000 года сотрудники УФСБ по Свердловской области задержали преподавателя медресе при мечети деревни Нижние Ари Ачитского района Махмутжана Сатимова. За месяц до этого генеральный прокурор Узбекистана официально обратился в Генеральную прокуратуру России с ходатайством о задержании и выдаче Сатимова, подозреваемого в совершении преступлений по статье 159 УК Республики Узбекистан «Посягательство на конституционный строй». В постановлении указывалось, что Сатимов с 1990 года активно занимался ваххабитской пропагандой среди населения Ферганской долины, а также принимал участие в массовых беспорядках, организованных религиозными экстремистами. Арест Сатимова наряду с появившимися слухами о связи лидеров Свердловского казыята ДУМАЧР и самого Аширова с идеологами свердловских сторонников «чистого ислама» чеченцем Ахметом Абуевым и алжирецем Рашидом Бенсхтиером испортили репутацию ДУМАЧР в глазах региональных властей, которые перестали оказывать ему приоритетную поддержку.