Первую реальную угрозу единству ДУМ КЧРиС создала, как это ни парадоксально, деятельность карачевского активиста Мухаммада Биджиева, известного также как Мухаммад Биджи-уллу и Мухаммад Карачай. 17 ноября 1991 года Биджиев со своими сторонниками принял участие в митинге, посвященном годовщине провозглашения Карачаевской Республики, и объявил его бессрочным. 30 ноября в Доме Советов Карачаевска их усилиями открылся I съезд мусульман Карачая, по итогам которого было объявлено о создании новой централизованной мусульманской организации – Имамата Карачая во главе с Биджиевым. Попытка создания Имамата Карачая, независимого от ДУМ КЧРиС, совпала с борьбой за обособление Карачаевской республики.
Начало центробежных тенденций в республиканской умме побудило руководство ДУМ КЧРиС к оперативным и решительным действиям. 11 декабря 1991 года в Черкесске открылся III внеочередной съезд мусульман Карачаево-Черкесии и Ставрополья, на котором были осуждены и признаны незаконными все мероприятия Биджиева и его сторонников. Существенную помощь в преодолении начинающегося раскола оказали ДУМ КЧРиС и республиканские власти, видевшие в «имаме Карачая» воинствующего сепаратиста.
Проводя параллель с аналогичными событиями в других субъектах Федерации, нужно отметить, что целостность ДУМ КЧРиС спасло только отсутствие в описанном конфликте этнической составляющей, в противном случае этот муфтият разделил бы судьбу ДУМ Дагестана и ДУМЕС.
В течение еще полугода Биджиев продолжал бороться против республиканского муфтията, однако наиболее значимым его достижением стало образование в Малокарачаевском районе республики первых ваххабитских общин. Со временем их активисты составили костяк влиятельного салафитского движения, охватившего к 1999 году весь юг республики. Руководство ДУМ КЧРиС, достаточно успешно справившееся с политическим экстремизмом под знаменем ислама, оказалось бессильно против экстремизма религиозного. Распространение ваххабизма происходило преимущественно среди карачаевцев, что было эффективно использовано активистами черкесского национального движения, растиражировавшими в своих СМИ скандальные репортажи тележурналистов Елены Масюк и Сергея Доренко по этой теме, а также наиболее острые публикации центральной прессы. «Ваххабитский фактор» стал косвенной причиной нового вызова единству ДУМ КЧРиС, исходившему от правительства Ставропольского края. Идеология «чистого ислама» проникала в Ставропольский край и через граничащий с ним Малокарачаевский район Карачаево-Черкесской Республики, что свидетельствовало о малоэффективной борьбе ДУМ КЧРиС с исламскими экстремистами. Именно слабость ДУМ КЧРиС побудила ставропольские власти инициировать процесс создания собственного муфтията.
С другой стороны, к 1999 году исламское сообщество Ставропольского края уже располагало достаточным количеством общин для организации собственной централизованной структуры, тем более что доминировали в нем не представленные в руководстве ДУМ КЧРиС ногайцы и даргинцы. 20 марта 1999 года в селе Канглы Минераловодского района была проведена встреча шести ставропольских имамов, выступивших с инициативой проведения в крае съезда всех руководителей мусульманских общин с целью создания самостоятельного ДУМ Ставропольского края. Начавшийся процесс сепаратизации, достигший своего апогея летом 2004 года, резко обострил взаимоотношения даргинцев и ногайцев, равно претендующих на лидерство в будущем Ставропольском муфтияте, и создал угрозу возникновения в Ставропольском крае национальных ДУМов.
Таким образом, ДУМ КЧРиС сейчас пребывает на грани полиэтнического раскола, грозящего затронуть не только его ставропольскую часть, но вызвать цепную реакцию в нестабильном мусульманском сорбществе самой КарачаевоЧеркесии. Особенностью этой ситуации является невозможность для руководства ДУМ КЧРиС как-либо воздействовать на развитие процесса и принять эффективные превентивные меры.
Исламовед Магомед Магомедов об этнической составляющей раскола в Дагестане.
В общественном сознании за Дагестаном прочно закрепилась репутация республики, раздираемой межэтническими и внутриконфессионалъными конфликтами. И если межнациональные конфликты в полиэтничном Дагестане являются следствием борьбы этнических группировок за власть, то религиозный конфликт как между представителями «традиционного» ислама и фундаментализма, так и внутри этих течений во многом является отражением этой борьбы.
