Столь воциющее нарушение прав других этнических групп Дагестана, каждая из которых теперь могла рассчитывать только на одно место в Совете алимов, вкупе с весьма сомнительными обстоятельствами избрания Дарбишгаджиева, привело к бойкоту выборов кумыкскими и даргинскими делегатами, поспешившими покинуть съезд. Багаутдин Исаев денонсировал все решения своих оппонентов, однако, не имея возможности восстановить status quo, заявил о начале формирования национального кумыкского ДУМ. 4 марта 1992 года перед штаб-квартирой ДУМ Дагестана прошел митинг кумыков и даргинцев, которые заявили о создании оргкомитета по подготовке альтернативного съезда и начале создания альтернативных духовных управлений – кумыкского и даргинского. Вскоре их примеру последовали лезгины и ногайцы. Начался раскол ДУМ Дагестана по национальному признаку, приведший к появлению, по, меньшей мере, 4 моноэтнических муфтиятов. Ситуацию еще более усугубили многочисленные межнациональные конфликты, ставшие следствием масштабных миграций внутри Дагестана. Этот период новейшей истории стал для исламского сообщества Дагестана наиболее драматичным. Полиэтнический раскол отбросил крупнейшую региональную умму на периферию исламского мира России, надолго заставив ее замкнуться на решении собственных проблем. Долгое отсутствие в Дагестане единого духовного центра создало режим максимального благоприятствования для проникновения в республику эмиссаров «чистого ислама».
К 1997 году дагестанские власти смогли формально преодолеть полиэтнический раскол, упразднив национальные ДУМы и замкнув всех традиционных мусульман на аварское ДУМ Дагестана. Многие исламоведы, правда, отмечают, что противоречия в религиозной сфере между основными этническими группами Дагестана сохраняются и духовная монополия ДУМ Дагестана основана только на поддержке власть имущих.
Полиэтнические конфликты нанесли тяжелый урон и другой мусульманской централизованной структуре Северного Кавказа – ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья (ДУМ КЧРиС). Зона его юрисдикции, как следует из названия, распространялась на территорию Карачаево-Черкесии и Ставропольского края, чьи мусульманские сообщества оказались крайне неоднородными в этническом плане.
Первые несколько лет истории ДУМ КЧРиС на ситуацию внутри этого муфтията влияло только мусульманское сообщество Карачаево-Черкесии – умма Ставрополья была слишком неорганизованна и располагала незначительным числом общин. Выделение Карачаево-Черкесии из Ставропольского края в отдельный субъект Федерации вызвало всплеск национальной активности в пределах новообразованной республики и привело к обострению отношений между ее титульными этническими группами – карачаевцами и черкесами.
Карачаево-черкесский конфликт имел давнюю предысторию и во многом был спровоцирован идеологами советской национальной политики. В 1990 году его обострила борьба за власть между черкесской и карачаевской национальными элитами, закончившаяся победой карачаевцев, явно доминировавших по своей численности. Черкесы, управлявшие Карачаево-Черкесией в советское время, не смирились с поражением и продолжили борьбу, пытаясь добиться паритетного представительства в высших органах власти. В сентябре 1989 года в ауле Псыж Прикубанского района Карачаево-Черкесской автономной области состоялось собрание мусульман Ставропольского края, на котором было решено образовать независимый казыят мусульман Ставропольского края на правах Духовного центра. Организационное оформление казыята произошло на I съезде мусульман Ставропольского края в январе 1990 года. В марте 1991 года на II съезде казыят был преобразован в муфтият, который после изменений в административно-территориальном делении Ставропольского края стал именоваться ДУМ КЧРиС.
В 1990 году казыем Ставропольского казыята был избран карачаевец Исмаил Бердиев, в 1991 году получивший духовное звание муфтия. Карачаевцы заняли и другие руководящие посты в ДУМ КЧРиС, однако серьезных трений на этой почве с черкесами, абазинами и ногайцами не возникло. Бердиев приложил все усилия, чтобы не допустить перенос карачаево-черкесских противоречий в религиозную сферу, благодаря чему сохранил целостность своей структуры.
