Благодаря недюжинному дипломатическому таланту Германа, эта цель была достигнута. Будущее прусское государство оказалось участником великого соперничества между империей и папством, был его участником и сам Герман, а суть этого соперничества отражала природу самого ордена. Герману не суждено было лично выйти на поле боя, на котором сложили головы три поколения братьев, строя свое государство. Но, руководя издалека, он сделал главное — выработал основы будущей государственности, указал прусскому государству его место в духовном и политическом устройстве Запада, которое то занимало до самой своей гибели, и определил закон, руководивший его судьбой. По своей конструкции новое государство едва ли напоминало какое-либо государственное образование Западной Европы. Для него были «заочно» определены основные законы, идея, задача и путь развития, а оно само между тем уже включилось в мировые полюса времени. В прусском государстве мирская и духовная власть сливались воедино, на этом единстве и основывалось его существование. Основой государственной идеи по-прежнему была христианская миссия, оружие, служащее вере. Власть государства распространялась на германских поселенцев и на только что покоренных пруссов, но эта власть, а с нею и само государство зависели исключительно от ордена. Государство адаптировалось к новой местности и собственному историческому пространству, но оно подчинялось еще и своей судьбе, судьба его зависела от успеха прусской миссии. Таковы были основы ордена, поэтому гибель его была неизбежна. Созидание оставалось главным для орденского государства, которое является одним из величайших примеров чистого воплощения идеи. Прусское государство, закон жизни которого определил Герман фон Зальца, подпитывалось идеей рыцарского служения вере и следовало этому самому закону. Поэтому как только основополагающая идея утратила свою ценность, погибло и само государство. Являясь органическим порождением великой концепции, государство было подвластно и органическому закону смерти: согласно этому закону, орденское государство пало после трех веков великих исторических свершений.
Используя величайшие идеи своего времени, Герман фон Зальца подводил теоретический фундамент под здание прусского государства; тем временем в самой Пруссии братья развернули борьбу, благодаря которой эти идеи должны были воплотиться в жизнь. Это было настоящее колониальное государство, однако возникло оно в глубине материка и теперь разрасталось в сторону побережья. В 1237 году Немецкий орден основал город Эльбинг и включил в свой состав Орден меченосцев — так Пруссия начала превращаться в балтийское государство. Братья продвигались вдоль побережья на восток; в 1255 году был основан Кенигсберг. Теперь миссионерские государства занимали земли от Вислы до Даугавы, и сухопутный перешеек между ними охранял город Мемель. Он был основан Курляндией еще в 1252 году и лишь в XIV веке перешел от ливонской ветви ордена к прусской. Затем братья двинулись на восток от Вислы и Ногаты и на юг от побережья. Три восстания насильно обращенных в христианство пруссов каждый раз подчистую уничтожали то, что было достигнуто прусским государством.
Государство требовало от ордена жестких политических решений, орден должен был выбрать между миссионерской деятельностью и государственными обязанностями; подавив уже третье восстание пруссов, орден решился на вынужденные меры: государство строилось на принципе силы, а развитие его должно было подчиняться определенным законам; этого требовали задачи ордена. Последнее восстание, разразившееся в 1260 году и окончательно подавленное лишь в 1283 году, не только разрушило административную систему, которая была создана для управления покоренными пруссами, но и нанесла непоправимый ущерб уже немецким колониям — стремительно развивающимся городам и открытым поселениям. К концу века Пруссия была полностью покорена, а население ее приняло христианскую веру.
Пока резиденция великого магистра находилась в Акконе, а сам он жил в Средиземноморье или в Германии, прусскую ветвь ордена и тамошнюю административную систему возглавлял ландмейстер. Роль главной резиденции ордена играл Эльбинг. В Кульмской земле, управляемой настоятелем-комтуром, орденом было образовано множество мелких комтурств, территории которых совпадали с прежним (действовавшим при польских правителях) делением. В самой Пруссии комтурства либо примыкали к Ногате, как Мариенбург и Кристбург, либо простирались от побережья до границы с Мазовией по всей ширине территории. Так, комтурства Эльбинг, Бальга, Бранденбург и Кенигсберг узкими и длинными полосами тянулись в глубь страны, а их административные центры располагались на побережье. Поэтому на юге понадобилось создать еще несколько комтурств. Наконец, и те комтурства, что были созданы на Мемеле — Мемель и Рагнит — обрели свою водную артерию. Сами комтурства, в свою очередь, делились на более мелкие территориально-административные единицы, подвластные фогтам, и далее (или параллельно) на попечительские и лесные службы. В каждом комтурстве в замке была резиденция конвента, состоявшего как минимум из 12 братьев, по числу апостолов. Такие замки, весьма немалых размеров, выполняли одновременно две функции — крепости и монастыря; крепости поменьше предназначались для менее значимых административных задач и служили скорее военным целям.