Р. Г. Скрынников подобно А. А. Зимину считает, что опричнина не уничтожила общего значения Боярской думы как высшего органа государства, ибо в думу на место казненных бояр пришли новые лица, представлявшие те же самые аристократические фамилии. Но такая постановка вопроса противоречит положению, обрисованному самим исследователем. Важно не то, что царь продолжал вводить в состав Боярской думы наряду с худородными служилыми людьми представителей аристократических родов. Важно, что в думе задавали тон «ближние» люди царя — опричники. Важно, что (дума как учреждение перестала быть «высшим органом государства» и превратилась в покорную, низшую по сравнению с царским опричным правительством инстанцию. Важно, наконец, и то, что ни думцы аристократического происхождения, ни выходцы из служилых низов, ни все вместе, ни каждый в отдельности не были властны ни в своих собственных, ни в чьих бы то ни было головах и «животах». Трудно вести речь о самостоятельном значении такого высшего органа при данных обстоятельствах. Решающее влияние в этом постоянно обезглавливаемом земском учреждении получили опричники — бояре из опричнины, думные дворяне и думные дьяки царя.
В начале 1570-х гг. Грозный ополчился на верхи посада Новгорода, Москвы, Пскова, Твери и других городов как на еще одну силу, противостоящую неограниченной власти самодержавия.
Трудно представить себе что-либо политически более чуждое самодержавию, чем вечевой порядок правления в Новгороде, опирающийся на экономическую самостоятельность купеческих и промысловых верхов. Враждебным было отношение к московской великокняжеской, а затем царской власти и «меньших» людей — основной массы посадского населения Новгорода. Она, замечает Р. Г. Скрынников, была носительницей «демократических традиций новгородской старины».
Масла в огонь подлили и события в Стокгольме, происшедшие накануне новгородского похода царя. Стокгольмский посад оказал поддержку мятежным силам королевича Иоанна, осадившим город, и отворил им ворота. В результате измены «стокгольмских посадцких людей» союзник Грозного Эрик XIV был свергнут с престола.
Царь в конечном счете ликвидировал как политическую, так и экономическую независимость русских «торговых людей». Новгородскую торговую сторону он взял в опричнину силой. Вслед за новгородцами царь подавил «самовольство» в Пскове, расправился с непокорными из московских купцов. Верно оценив ситуацию, Строганов записался в опричнину добровольно. В опричнине оказались купцы и промышленники северных районов страны. Таким образом, последний «островок» самоуправления (в представлении Грозного, самовольства) был подавлен силой опричнины.
Высказанные здесь соображения не снимают вопроса о конкретных поводах, вызвавших опричный поход на Новгород. Речь идет о полученных царем сведениях о «новгородской измене», о намерении новгородцев и псковичей «поклонитися королю литовскому».
В начале царствования Грозного казалась перспективной идея подчинения царского государства церковной иерархии. Церковь стремилась к тому, чтобы самодержавие оказалось по отношению к ней в том положении, в каком позднее она сама оказалась по отношению к самодержавию, а именно, в полном фактическом подчинении при полном к себе внешнем почтении.
Идея подчинения самодержавия церкви, как известно, не прекращала своего существования и в более поздние времена, несмотря на то что Иван Грозный не поддался воспитанию в ее духе и повел против притязаний церкви на мирскую власть беспощадную борьбу и словом, и делом. В самый разгар опричнины, т. е. во время яростного утверждения царем своего единовластия, в защиту названной идеи посмел выступить митрополит Филипп. Царь с помощью опричнины руками Малюты Скуратова свирепо расправился с ним. И все же идея подчинения самодержавия церкви надолго пережила своего свирепого врага — первого царя Ивана Грозного. Она возрождалась в различных вариантах в течение всего XVII в. Когда официальная церковь рассталась с ней и окончательно перешла на беспрекословную службу самодержавию, ее подхватила религиозная оппозиция. В начале XVIII в., как бы признав свое бессилие в борьбе с властью «царя-антихриста», идея эта подвергла себя самосожжению на раскольничьих кострах, угли которых тлели еще долго. Не раз пытались их раздувать во времена многочисленных бунтов и восстаний угнетенного люда против царского произвола. Однако обращение к обветшалому, зовущему назад, а не вперед знамени только затемняло смысл и подлинные цели народных движений.
