Помимо этого РСХА располагало спецгруппами для диверсий и ликвидаций. Этим занимался отдел «С-6» (или «Зондерреферат» № 6), возглавляемый асом диверсионной работы Отто Скорцени, бывшим в 1945 г. считанные дни после отстранения Шелленберга и главой СД-Аусланд. Абвер имел свою диверсионную группу А во главе со Штольцем и «Соединение К» боевых пловцов-диверсантов во главе с Гейе. При охране Гитлера существовало подобие группы антитеррора «Лойбштандарт Адольф Гитлер» во главе с Дитрихом, а затем Ратенхубером.
РСХА и Абвер занялись диверсиями, охотой на оппозицию и тайными ликвидациями. В 1934 г. именно они провели «Ночь длинных ножей», когда были уничтожены противники НСДАП из консервативной прусской оппозиции и фанатики штурмовых отрядов СА во главе с Ремом, Хейенсом и Эрнестом. Лишь единицам из руководителей СА разрешили перейти на службу в СД или Абвер: Штеннеса направили работать в Китай по линии Абвера советником Гоминьдана, где его завербовал советский НКВД.
С 1933 г. спецслужбам разрешены ликвидации за рубежом эмигрантов, выступающих против фюрера. В том же году в Австрии убит доктор Белл, в Португалии готовили ликвидацию известного оппозиционера Штрассера.
Операциями за пределами рейха занималась СД-Аусланд. Из самых известных акций, описанных в мемуарах Шелленберга — книге «Лабиринт», изданной после войны в Нью-Йорке, можно выделить неудачную подготовку похищения в Португалии бывшего английского короля Эдуарда, фабрикацию фальшивки о заговоре военных во главе с Тухачевским в СССР и передачу ее Сталину через чешского президента Бенеша. В 1939 г. СД-Аусланд имитировала антигитлеровский заговор в армии, заманила на переговоры в традициях «Треста» британских разведчиков Беста и Стивенса, захватила их в городе Венло и вывезла в Германию. Сама Вторая мировая война началась в 1939 г. с провокации РСХА против Польши. Группа агентов СД во главе с Мельхорном и Абвера во главе с Херцогом под видом поляков напала на радиостанцию в Глейвице, дав повод для немецкого вторжения в Польшу.
В ходе всей мировой войны диверсионная и тайная работа в РСХА была поручена отделу «Зондерреферат» во главе со Скорцени. В своей книге «Секретные операции» после войны Скорцени писал о более чем 20 крупных акциях под своим руководством, ставших классикой диверсионной войны:
операция «Тевтонский меч» в предвоенной Европе, когда руками иностранных террористов ликвидировали ряд неугодных Германии политиков (югославского короля Александра, румынских премьер-министров Дуку и Калинеску, австрийского канцлера Дольфуса) и готовили покушения на короля Бельгии Альберта и президента Чехословакии Бенеша.;
операция «Дуб», 1943 г. Похищение плененного в Италии Муссолини командой Скорцени и переправка его в рейх;
операция «Легион». Подготовка похищения в Риме занявшего двойственную позицию папы римского Пия, отмененная по приказу Скорцени;
операция «Лисья нора». Предотвращение покушения на французского союзника Гитлера Петена. Связана с разгромом группы Сопротивления в Виши;
операция «Цеппелин». Подготовка группы русских власовцев для покушения на Сталина в Москве; заброшенная в СССР группа Таврина ликвидирована НКВД на дальних подступах к столице;
операция «Орел», 1943 г. Подготовка совместно с Абвером покушения на Черчилля в Лондоне; заброска группы диверсантов Штайнера. Отменена Скорцени в последний момент в связи с поступившими известиями об отъезде Черчилля из города;
операция «Дальний прыжок», 1943 г. Подготовка покушения на Сталина, Черчилля и Рузвельта во время их встречи в Тегеране. Группе диверсантов фон Пфлюга удалось проникнуть в Иран, но заложить бомбу во дворце заседаний они не успели в связи с изменой их иранского агента Эбтехая;
еще одна неудачная попытка организовать покушение на Черчилля, на сей раз руками арабских террористов в ходе ближневосточного визита премьер-министра Великобритании;
операция «Бернгард». Наводнение рынка стран — противников Германии фальшивыми долларами США;
операция «Гриф», 1944 г. Диверсии в тылу высадившихся в Европе американских войск в Арденнском лесу;
