ДГИ с самого начала своей деятельности использовала самые жесткие методы в борьбе с внутренней оппозицией и эмиграцией. Об этом рассказали многие эмигранты, прошедшие ее застенки и мрачные центры дознания на острове Пинос. Использовались и тайные похищения с убийствами несогласных.
Созданный внутри ДГИ отдел по диверсиям и ликвидациям долгое время возглавлял главный «кубинский Судоплатов» Ла-Гуардиа, бывший затем шефом ДГИ вплоть до своего расстрела в 1989 г. Помимо него отделом командовали такие мастера тайных дел, как Руис, Кончитес, Эстрада (под кличкой «Черная пантера» известный подполью всей Латинской Америки, Гаити и Ямайки, в дальнейшем руководитель УА, а с 1982 г. посол в Южном Йемене). Спецкоманда Ла-Гуардиа уничтожила в США и Европе более десятка активных эмигрантов, в 1963 г. готовила взрыв здания ООН в Нью-Йорке. Направлялся Ла-Гуардиа и в Испанию в 1973 г. для подготовки ликвидации бывшего диктатора Батисты, но тот успел умереть своей смертью.
Сотрудников этого засекреченного подразделения обвиняли в причастности к убийству Кеннеди, хотя доказательств их связи с Освальдом не нашли, за исключением перехваченных депеш ДГИ агенту Родригесу, работавшему под прикрытием представительства Кубы в ООН. Зато установлена связь ДГИ с французскими левыми студентами «Красного мая», правда, кубинские агенты успели покинуть Францию.
Размах подрывной работы кубинцев в США был значителен, и в акциях против эмигрантов-«гусанос», и непосредственно против американских властей. Только в 60-е годы в США арестована группа кубинцев, готовивших диверсии (Кабрера, Касанова, Дистос, Орельяно), из страны высланы помогавшие им профессиональные разведчики Монтеро и Абад, работавшие под дипломатическим прикрытием.
В среду эмигрантов агенты спецслужб Кастро внедрялись под видом беглецов с Кубы. Эти агенты часто шли на откровенные провокации и втягивали кубинцев из групп «А-66», «Эль-Коммандос», «Омега» и др. в террор, дабы обвинить Штаты в поддержке террористов. Так, агент ДГИ Рокке в 90-е годы спровоцировал на Кубу десант ряда умеренных групп, которые сразу же были обезврежены его соратниками. В конце 90-х в эмигрантской диаспоре Майями выявлена целая сеть кубинских агентов, готовивших взрывы на американских военных базах. Возглавлявший ее Вирамонтес из военной разведки арестован в Майями в 1998 г.
Разумеется, тайные ликвидации наиболее решительных бойцов эмиграции также поощрялись, ДГИ и Разведывательное управление привлекали к этой работе уголовников. Заброшенный в США для ликвидации батистовцев штатный диверсант и киллер ДГИ Курбело перешел в 1963 г. на сторону последних и предложил свои услуги ЦРУ. Было решено, что Курбело сымитирует выполнение задания и вернется на Кубу, где организует ликвидацию самого Кастро в момент награждения сотрудников ДГИ. Но план выдал законспирированный осведомитель ДГИ Бехерт: по возвращении на Кубу Курбело был арестован и сгинул в лагерях.
ДГИ не ограничивалась Северной Америкой. Масштаб работы спецслужб сравнительно небольшой страны поражает воображение. Куба поддерживала революции, левый и сепаратистский террор и партизанское движение по всем континентам. Кубинские агенты, разведчики, инструкторы, спецназовцы прошли всю латиноамериканскую сельву, джунгли Анголы и Конго, пески Йемена и горы Афганистана. Даже офицеры КГБ, ГРУ и советского спецназа «Вымпел» не считали зазорным учиться у кубинских коллег, особенно подпольной деятельности в крупных городах и тайным операциям в джунглях. Кубинские офицеры выезжали для таких «семинаров» и в Сибирь, и ь Афганистан (где обучали кадры афганской госбезопасности ХАД), и в Эфиопию, и в ГДР, и в Чехословакию, где в тайном лагере под Брно обучали террористов из стран Южной Америки. Во время войны в Анголе боевики УНИТА боялись кубинцев, безжалостно ликвидировавших их командиров в тропических лесах. По воспоминаниям ветеранов советского спецназа «Вымпел», в 80-е годы кубинцы из диверсионной группы «Унидад» в ходе учений в СССР прямо на улице Риги похитили и увезли в неизвестном направлении высокопоставленного офицера латвийского КГБ; впрочем, чекиста затем с извинениями вернули домой.