Кроме КНБ в республике с 1992 г. действуют Военная разведка и АБН (Агентство борьбы с наркотиками). С 1992 г. обстановка внутри страны вынудила правительство создать разветвленную систему спецназа — этих групп насчитывалось до десяти. Главными из них и наиболее подготовленными считались «Особый полк КНБ», «Бригада быстрого реагирования» в армии и «Оперативный полк» (антитеррористический спецназ при МВД).
КНБ и другие спецслужбы не смогли предотвратить весной 1992 г. массовых выступлений оппозиции — Демократической партии и Исламской партии возрождения (ИПВ), переросших в гражданскую войну. Президент Набиев был захвачен повстанцами по пути в аэропорт и принужден к отречению от поста. Многие офицеры спецслужб и спецназовцы погибли в майских боях с оппозиционными отрядами исламистов и памирцев. В их числе и первый командир спецназа «Оперативного полка» Джаборибов, которому сторонники ИПВ при штурме президентского дворца в Душанбе перерезали горло.
В последующие два года кровопролитной войны КНБ запятнал себя массовыми убийствами сторонников ИПВ, Демпартии и просто выходцев из Памира и Бадахшана. В карательных походах по Памиру, Гарму и Горному Бадахшану участвовали спецназовцы «Оперативного полка» во главе с новыми командирами Чоловым и Касымовым, «Особого полка КНБ» во главе с Шамоловым и армейской «Бригады быстрого реагирования» во главе с Худойбердыевым. Заброска диверсантов этих спецгрупп, КНБ и Военной разведки уже при Рахмонове в тыл объединившейся исламско-племенной оппозиции (ОТО) осуществлялась даже на территории Афганистана, где командиры и боевики ОТО находили приют у местных моджахедов. Несколько лидеров ОТО были убиты в лагерях беженцев на севере Афганистана, здесь же готовили покушения на главу ИПВ муфтия Туранжон-Зода и главного командира бойцов ОТО Садирова. Садиров впоследствии вернулся в страну, в 1997 г. его выследила и ликвидировала спецгруппа КНБ на окраине Душанбе. Его младший брат, тоже известный террорист, захвачен КНБ живым.
Покушения на эмигрантов из ИПВ и Демократической партии происходили и в республиках СНГ В России агенты КНБ несколько раз покушались на лидеров оппозиции, в том числе и на ее идеолога Автулло. В 1993 г. милиция в Москве задержала таджикского гражданина с автоматом в сумке, им оказался кадровый сотрудник КНБ, прибывший в российскую столицу для устранения нескольких эмигрантских лидеров.
КНБ принял активное участие в свержении в 1993 г. президента «южан» Искандарова и приведении к власти очередного правителя Рахмонова. КНБ в это время возглавлял Сафарли Кенджаев, активный сторонник кулябцев и Рахмонова. Кенджаев лично участвовал в уличных боях с памирцами в Душанбе и даже был ранен. Он успел побыть спикером таджикского парламента, а после ухода из КНБ работал в правительстве Рахмонова и был депутатом нового созыва. В 1999 г. Кенджаева застрелили возле его дома в Душанбе, подозревают, что с ним расправились бывшие бойцы ОТО из числа непримиримых, не простившие гибели своих товарищей в 1992–1993 гг. Кенджаев стал третьим в СНГ руководителем спецслужб, убитым в связи с его деятельностью, до него так погибли грузин Бахия и азербайджанец Рагимов.
После Кенджаева КНБ руководил Камолов, сторонник президента Рахмонова, его сменил генерал Зухуров. К 1994 г. кровопролитная война закончилась, основная часть вооруженной оппозиции ОТО подписала с Рахмоновым перемирие, некоторые непримиримые командиры (Сафаров, Ибрагим, Саидов) были ликвидированы. Остальные лидеры боевиков ОТО даже вошли в правительство или заняли видное место в спецслужбах, как, например, Сангинов или Зийоев. Сангинову службы в КНБ не простили бывшие непримиримые соратники, в 2001 г. он был убит на улице Душанбе. Последней была ликвидирована группировка братьев Садировых. После захвата ими в заложники иностранных граждан на переговоры с Резвоном и Бахромом Садировыми в горы ездил председатель КНБ Зухуров, но самюказался в заложниках у братьев-разбойников вместе с сопровождавшими его сотрудниками КНБ. Этот недолгий и уникальный в истории спецслужб плен руководителя государственной безопасности продлился недолго, Зухурова вскоре освободили. Бахром Садиров был взят в плен спецгруппой КНБ и бойцами «Особого полка КНБ» здесь же в горах. Резвон Садиров убил француженку-заложницу и с небольшим отрядом выбрался из окружения, но вскоре его выследили и убили в бою в пригороде Душанбе.
