Только в Москве сотрудники туркменского КНБ совершили несколько покушений на своих политических изгнанников и попыток их похищения. Такие акции предпринимались в России и против лидеров оппозиционного движения в изгнании Хадырова и Нурмурадова. В самом Туркменистане их соратники по руководству Демпартией и народным фронтом «Агзыбирлик» Анурмамедов и Ковшутова брошены в тюрьму. В 1994 г. в Москве спецгруппа КНБ при содействии российской ФСБ захватила и доставила в Ашхабад лидеров союза «Туркменистан» в изгнании Эсенова и Союнова, оба осуждены за заговор против Туркменбаши. Их соратник Кулиев, бывший в первые годы независимости министром иностранных дел при Ниязове, обманом выманен в Ашхабад и схвачен в аэропорту.
Затем такие операции перенесли в Узбекистан, здесь при помощи узбекской СНБУ захвачены лидеры союза «Туркменистан» Гараев и Аймурадов. В 1999 г. из Ашхабада поступило известие о том, что Гараев покончил с собой в следственном изоляторе города Туркменбаши (бывшего Красноводска), но оппозиция твердо заявляла об имеющихся у нее доказательствах убийства Гараева в камере сотрудниками КНБ. Его подельник по следственному делу Аймурадов сумел бежать вместе с двумя уголовниками.
Режим Ниязова постоянно находил новых врагов даже среди правящей элиты. Несколько чисток в конце 90-х обновили ближний круг Туркменбаши, эти чистки коснулись и силовых структур, и спецслужб. Последний случай искоренения «великого заговора против Ниязова» имел место в 2001 г. Теперь в роли главного заговорщика выступил недавний министр иностранных дел страны Шихмурадов и ряд его соратников. Шихмурадов успел выехать из республики и избежал ареста, как и отказавшийся вернуться в страну туркменский посол в Турции Ханамов. Другие высокопоставленные чиновники были арестованы в конце 2001 г. по обвинению в соучастии в заговоре, в их числе были такие известные в стране политики, как Нурыев и Кулиев. В числе арестованных был и действующий на момент ареста глава МИДа Бердыев, это уже третий глава внешнеполитического ведомства, попавший в опалу. У многих арестованных или бежавших из страны «заговорщиков» были задержаны или репрессированы близкие и дальние родственники. К марту 2002 г. в стране по делу Шихмурадова и его соратников арестовано более 100 человек.
Шихмурадов в изгнании стал одним из главных врагов Ниязова. К концу 90-х из уст эмигрантов в адрес режима Туркменбаши прозвучало и новое обвинение: в поощрении племенного разделения туркмен внутри страны и в наборе во власть и спецслужбы представителей приближенных к власти племен (текинцев, сарларов и т. д.).
Туркменская разведка контактировала с талибами в Афганистане. Ашхабад единственный не выступал против средневекового режима талибов в Кабуле и не помогал в борьбе с ним ни России, ни США, нй Ирану, ни «Северному альянсу» с его таджикскими и узбекскими покровителями.
К 1992 г. были созданы новые спецслужбы независимого государства. Для функций разведки, контрразведки и обеспечения госбезопасности было сформировано МНБ (Министерство национальной безопасности), его руководителем был назначен популярный в республике милицейский генерал Кулов. В армии выделена в отдельную структуру Военная контрразведка. В связи с нелегальным наркооборотом в Кыргызстане была создана Комиссия по борьбе с наркотиками, которую возглавил милицейский генерал Мамеев.
Киргизский спецназ при МНБ включал в себя группу антитеррора и специальные войсковые части — Силы безопасности Кыргызстана. Позднее с подачи Кулова в МНБ появилось засекреченное формирование «Калкан» для спецопераций, предполагавших силовое и тайное воздействие.
При Кулове МНБ устанавливало связи с коллегами в СНГ по старым каналам, налаживало внешние связи с другими соседями (Китай, Афганистан), преследовало оппозицию режиму Акаева (националистов с юга республики, исламистов, коммунистов, национальные меньшинства), оказывало помощь коллегам из Узбекистана и Таджикистана в операциях против их эмигрантов, находившихся на киргизской территории. В 1999 г. большая группа узбекских граждан была арестована МНБ и выдана Ташкенту. Киргизский спецназ был задействован в операциях против исламистов ИПВ в Таджикистане.
