Внутри страны несколько митингов радикальных националистов и исламистов расстрелял спецназ из антитеррористической группы СНБУ, например манифестацию партии «Бирлик» («Единство») в 1992 г. в Ташкенте. В 1999 г. антитеррористическая команда СНБУ штурмовала автобус в Ургенче, захваченный исламскими террористами из «Хезба-Тахрири». if ходе штурма погибли несколько заложников и три сотрудника штурмовой группы, трое террористов были убиты и пятеро захвачены в плен.
За этими действиями в республике видят руку первого руководителя СНБУ и ветерана еще советского КГБ в Узбекской ССР Гулямова. Генерала Гулямова обвиняли в создании в Узбекистане отлаженной машины для политических репрессий и во множестве других грехов, включая связи с чеченскими и афганскими группами торговцев наркотиками и личную дружбу с крестным отцом узбекской наркомафии по кличке «Шах». В личных друзьях Гулямова числился и известный полевой командир афганских узбеков Достум, он имел на территории Узбекистана надежную базу для подготовки своих отрядов и, по некоторым сведениям, соучаствовал в транзите афганского опия. На территории Узбекистана, которую сам Достум неоднократно посещал инкогнито, находились и базы для обучения и лечения боевиков его группировки. После того как в середине 90-х годов Достум был разгромлен талибами и ранен в бою, СНБУ приютила его в 1997 г. в узбекском Термезе, где Достум залечил рану и отбыл в Турцию. Эти контакты с лидерами афганских группировок и банд также приписывали Гулямову. С 1994 г. Гулямов возглавил узбекское Управление охраны, а позднее стал и государственным советником президента по безопасности. Его наследники на посту руководителей СНБУ Салихбаев, Камилов, Иноятов не отличались кротким нравом.
Узбекские спецслужбы в сравнении с другими спецслужбами среднеазиатских республик являются самыми активными на внешней арене. Хорошо налажена внешняя разведка, используемая не только против собственной эмиграции, но и для продвижения позиций Ташкента в регионе. Инструкторы СНБУ работали в отрядах моджахедов Шах-Масуда и Достума в Афганистане, а сама СНБУ причастна к тайным операциям режима талибов в Кабуле. Недаром режим Каримова одним из первых поддержал операцию США и их западных союзников в Афганистане в 2001 г. и даже предоставил для американской авиации свою авиабазу в Ханабаде. С этого момента СНБУ работает в тесном контакте с западными спецслужбами против радикальных талибов. Такую же «интернациональную миссию» узбекские спецслужбы выполняли и в соседних среднеазиатских государствах СНГ. В Таджикистане в 1992–1995 гг. они помогали громить исламистские отряды ИПВ на Памире и в Горном Бадахшане. В 1999 г. узбекские инструкторы помогали киргизским спецслужбам подавлять мятеж исламистов в Боткене. В операциях в киргизских горах участвовали узбекские спецназовцы и отряды пограничной охраны СНБУ во главе с Рахметкуловым.
При необходимости спецслужбы Ташкента не останавливаются и перед тайными операциями против стран СНГ. Начав с охоты на своих эмигрантов без уведомления спецслужб сопредельных стран, Узбекистан стал создавать свою агентурную сеть в диаспорах узбеков и открыто поддерживать союзные Ташкенту оппозиционные силы. Таджикское руководство с 1998 г. обвиняет Каримова в поддержке сепаратистского движения узбекского населения в Таджикистане. После мятежа узбеков Худойбердыева в таджикском Ходженте и его подавления армией Таджикистана лидеры повстанцев Худойбердыев и Абдулоджанов укрылись в Узбекистане, где с помощью СНБУ начали готовить партизанские базы. На требования Душанбе выдать Худойбердыева официальный Ташкент не ответил.
К началу XXI века в Узбекистане сложился классический авторитарный режим Каримова с присущей ему охранительной функцией спецслужб.
Новые таджикские спецслужбы образовались в 1992 г. Главной из них стал КНБ (Комитет национальной безопасности), сформированный на базе бывшего республиканского КГБ. Первым председателем стал ветеран таджикских органов КГБ Турсунов. Он наладил хорошие связи с другими осколками бывшего гиганта КГБ на постсоветском пространстве, особенно с российскими и узбекскими спецслужбами. В 1993 г. в разгар гражданской войны в республике Турсунов ушел в отставку и уехал в Россию, где некоторое время работал консультантом российской ФСБ по связи между ней и новым руководством КНБ Таджикистана.
